第二季裏，和也、小梅和達也都遭遇了愛情，雅也出國遊學，文也的畫技受肯定，最不幸的點落到了小雪身上，她被檢查出身患白血病，病情不斷惡化，必須立即治療。小雪同母異父的妹妹小慧救了小雪，為她捐贈骨髓治療，小雪扛過這一劫活了下來，並最終認識到最愛自己的是雅也，在遊樂場和他舉行了浪漫的婚禮。
第二季的《同一屋簷下》相比第一季，六兄妹都走向成熟，在愛情與事業麵前有自己的主張，並漸漸地了解到自己的力量和愛之所在，整體更溫情和平穩，電視劇平均收視率 26.4%，大結局第12集收視率高達34.1%。《同一屋簷下2》獲得第十三回日劇學院賞最佳作品獎，叫好又叫座，圓滿結局。
1998年，野島伸司再次推出現實暗黑風格的電視劇《聖者的行進》，石田壹成、酒井法子、廣末涼子、安藤政信主演，加藤愛客串。故事描寫一群在庇護工廠工作的智障人士的生活和經曆，由於題材敏感、尖銳，在播出時即引起相當大的回響與媒體輿論，野島伸司再一次挑動了人們的脆弱神經，逼迫大家直麵弱勢群體的不幸。
飾演這一群智障人士的有石田壹成、雛形明子、鬆本惠、渡邊慶、小林正寬，首次飾演心智不健全角色，是難度相當高的挑戰。為了演好劇中的角色，他們特地到殘障中心見習，揣摩智障者的角色。酒井法子所扮演的角色是與這群智障者站在同一戰線上的啟德學園音樂老師，一向有“鄰家女孩”之稱的廣末涼子飾演她的學生——個性叛逆的問題少女，母親早亡，市長父親娶回的繼母心如蛇蠍。
故事前半段主要在描寫石田壹成扮演的町田永遠和廣末涼子扮演的土屋愛麗絲之間的純純之愛，隨劇情發展慢慢帶進智障者的生活點滴，將智障者不為人知的黑暗經曆掀露出來。町田永遠是個智障少年，媽媽把他送去收留智障者的工廠竹上製作所做工，認識了一幫智障朋友，安藤政信扮演的廉君等。永遠還認識了來做智障義工的酒井法子扮演的音樂老師葉川桃。永遠偶然機會看到逃跑的紅頭發的土屋愛麗絲，一見鍾情。愛麗絲的父親是市長，但長寧忙於政務顧不上關心愛麗絲，繼母更是冷漠陰險，愛麗絲為了爭取關注與愛，把頭發染成紅發，特立獨行，引起同班女生排擠欺負，縱然是市長的千金，不遵守社會規則也一樣被打壓。幾次偶然相遇，永遠遇見愛麗絲，被她深深吸引，有一次永遠還撿到她的手機，還救下了自殺的愛麗絲，慢慢地兩個人開始了單純的愛情。
在世人看來充滿愛心的福利工廠，善意接納可憐的少年們，社長更是被當地的政府奉為德高望重的善人，被智障者家屬奉為神明般的救世主。然而實情是，智障孩子完全是社長全家的泄憤工具。隻有稍跛的廠長對他們有些愛心，卻迫於社長的壓力，也成了害人的幫凶。 社長光輔不但對弱智少年施予暴力，還向妙子等智障少女性騷擾。直到妙子懷孕，玲被打至雙目失明，工廠的惡行才得以曝光。葉川桃聯同律師宇野告發光輔的惡行。
野島伸司借用智障者弱勢群反思了正常人的無知和無情：“軟弱也沒什麼不好，因為變堅強了，可能會因此感受不到別人的痛苦，所以就一直保持軟弱吧，這樣才能一直感受到自己的痛苦，也才能感受到別人的痛苦。”如此善良和悲憫的愛與包容，出自弱勢者口中，更叫人反省。
最後一集，萬惡的社長在起火的工廠裏，坐在永遠身邊，坦白為何會對智障者施暴：“本來是個失敗者，看過更弱的你們，我就失去了同情心，想變得更強。”這是野島伸司通過社長的嘴譴責社會中那些受挫的失敗者，不能直麵失敗和挑戰自我，也不能接受現實和自己，隻敢靠踩著更弱的人的身體製造自己變強的假象和尋找發泄口。這樣的所謂“強者”和所謂“更弱”的弱者，正是社會中的每個人。每個人既是施虐者又是受虐者，卻以為別人的傷害與自己無關。
所以安藤政信扮演的廉君最終死了，他為了保護智障妹妹玲，一直呆在玲身邊，假裝智障但又看不起智障，不跟他們交朋友，甚至栽贓永遠偷竊社長太太的珠寶，眼看永遠被暴打而袖手旁觀。他會寫巴赫的樂譜，會做東大的微積分試題，能清楚的拚出“自尊”的英文單詞，最後不堪忍受別人真把他當智障而說出了“其實我是正常人”的話，卻苦惱於自己早就在朝夕的相處中變得既不是智障者也不是正常人，在他的眼裏，劃分清晰的界限模糊了，最後他也沒能保護住妹妹，玲的雙眼失明，他自己也死了。這個人物代表的正是以為自己“正常”的社會中的每個人。觀看這個劇變成受虐，但又不忍放下他們的命運不顧，想知道下一集會發生什麼。還好這部劇的結局是圓滿的，給了大家一個安慰。收視率方麵，平均收視率20.90%，最高收視率在第三集22.1%。