討伐李克用的失敗使藩鎮對朝廷更加藐視，最直接和最可怕的對手就是李茂貞。此時的李茂貞已經加封為隴西郡王，勢力有了大的發展，他開始對朝政關心起來，有了當皇帝的意思。一些大臣認為他指手畫腳，眼中沒有君主，便對他加以斥責。李茂貞不肯服軟，立即修書一封反擊。朝中一些大臣為了鞏固自己的權勢，也和李茂貞聯合，對抗其他大臣，這使李茂貞更加驕橫，言語當中經常有不恭敬之詞。
景福二年（公元893年）七月李茂貞在一封寫給昭宗的信中嘲笑朝廷的軟弱態度，信的結尾這是那句明言，“未審乘輿播越，自此何之！”，唐昭宗勃然暴怒，與宰相杜讓能商議懲罰李茂貞，杜讓能卻進諫道：“陛下初登大寶，國難未平，茂貞近在國門，不宜與他構怨，萬一不克，後悔難追。”昭宗大罵讓能：“王室日卑，號令不出國門，這正誌士憤痛的時候，朕不能坐視陵夷，卿但為朕調兵輸餉，朕自委諸王用兵，成敗與卿無幹。”戰爭是打響了，但朝廷的軍隊還是以失敗告終，李茂貞領兵進軍長安問罪。忠心的宰相杜讓能站出來，用性命為昭宗化解了一難。此後大臣們也和昭宗走的遠了。
至於第十章寫到的兵柬事件發生在乾寧元年（公元894年），李克用也正是因為這件事，把觸角首次插入了京畿道，因為國庫空虛，昭宗隻好把後宮的絕色美女作為禮品獎給李克用。
乾寧二年，李茂貞又指使宦官殺死了另一個宰相崔紹緯，再次移師長安，昭宗被迫逃往河東去尋求李克用的庇護。而走到半路被李茂貞的盟友，華州刺史韓建追上，韓建恐嚇昭宗說：“車駕渡河，無複還期。”挾持昭宗於乾寧三年七月十七抵達華州，堂堂一國之君就這樣被大臣幽禁了將近三年，期間皇室宗親覃王嗣周，延王戒丕，通王滋，沂王禋，彭王惕，丹王允，及韶王、陳王、韓王、濟王、睦王等十一人被殺，直到乾寧五年。
這一年朱溫占據了東都洛陽，局勢發生了重大變化。這導致李茂貞、韓建和李克用建立暫時的聯盟，他們決定寧可讓昭宗回到長安，也不能讓他落到朱溫手裏。於是昭宗在乾寧五年的八月回到長安，同時宣布改元“光化”，以資慶祝。
一回到長安，在宦官和官僚們之間的舊有矛盾又引起了另一場危機。以中尉劉季述為首的宦官垂死掙紮，進行最後的抗爭，他們策劃廢黜昭宗，擁立太子。光化三年（公元900年）十一月，宦官們實現了他們的計劃，將昭宗關在了他最熟悉的少陽院，為了防止昭宗逃跑，又熔鐵澆在鎖上，每日的飯食則從牆跟挖的小洞裏送進去。
但是宦官們害怕李克用，李茂貞和韓建等人會興師問罪，將包袱拋給了朱溫。而朱溫並不想在殘酷的宮廷政治中使自己陷得太深，相反他派人將實行政變的宦官們一個一個都暗殺了，於光化四年擁立昭宗複位，昭宗改元天複，加封朱溫為東平王。
而李茂貞聽說昭宗複位，特意從鳳翔趕到長安，厚顏無恥的請求加封歧王，無功受祿，顯得異常跋扈。此後宰相崔胤想借朱溫的力量誅殺宦官，大宦官韓全誨則和李茂貞聯合，請來李茂貞的幾千兵馬駐守京城，保護長安。半年後朱溫領兵討伐韓全誨，韓全誨便迫使昭宗一起逃到了鳳翔。朱溫緊追不舍，將鳳翔城包圍起來。一直圍困了一年多，李茂貞守得糧草用盡，從冬到春，雨雪又多，城裏每天餓死和凍死的就有一千人，唐昭宗在宮中弄個小磨，每天磨豆麥喝粥，喝得他一點力氣也沒有。宮人們每天也有三四人死亡，百姓更慘，吃人的現象都很普遍了，“人肉每斤值百錢，犬肉值五百錢，每日進奉禦膳，就把此肉充當。”直到天複三年（公元903年）正月李茂貞實在沒法再守下去了，和昭宗商量了一下，便將韓全誨等二十多名宦官斬殺，將他們的首級送給城外的朱溫，同時將昭宗也交給了朱溫。朱溫帶著到手的皇帝撤兵東去。
回到長安，朱溫命令他的士兵將幾百名剩下的宦官趕到內侍省，在那裏將他們殘酷地殺掉，困惑中晚唐的宦官問題終於被朱溫解決了。但是昭宗也完全落入了朱溫的監控之下，苟延殘喘的度過了他生命中的最後時光。大概是為了報答朱溫，昭宗任命朱溫為諸道兵馬副元帥，相當於軍隊副總司令。又加封朱溫為梁王，並賜“回天再造竭忠守正功臣”的榮譽稱號，還有禦筆《楊柳詞》五首。朱溫早就利欲熏心，看重的怎會是這些呢。
天複四年正月，朱溫將昭宗遷到由他控製的重建的東都洛陽。在途中殺害了所有剩下來的皇帝侍從。八月，朱溫密令朱友恭、氏叔琮等人弑殺昭宗。
縱觀昭宗的一生，他頗想有番作為，整頓內政，但是事與願違，大唐事實上早已經支離破碎，任何一個手中有些兵力的藩鎮幾乎都能隨心所欲地置大唐於死地，昭宗所作的，隻是勉強使大唐多存在了幾年而已。