長沙區星起義
中平四年（187），長沙郡（今湖南長沙）人區星自稱將軍，聚眾萬餘人，攻打郡縣，起兵反漢。漢廷以孫堅為長沙太守，進剿區星義軍。孫堅至郡，施設方略，身先士卒，一月之間，即將區星軍討平。孫堅因其功得封烏程侯。
黃巾餘部複起
中平五年（188）二月開始，中原黃巾餘部紛紛起事。二月，郭太等於西河白波穀（今山西襄汾永固鎮）起事，攻略太原郡（今山西太原）、河東郡（今山西夏縣西北）等地。四月，汝南郡（今河南平輿北）葛陂（古湖泊名，在今河南新蔡北）黃巾軍再起，攻沒郡縣。十月，青州（今山東淄博）、徐州（今山東郯城）黃巾軍又起，攻略郡縣。十一月，漢廷派遣下軍校尉鮑鴻進討聲勢最大的葛陂黃巾。雙方大戰於葛陂。鮑鴻軍敗。次年二月以征戰無功下獄死。黃巾各部此伏彼起，聲勢複盛。
巴郡板楯蠻複反
中平五年（188），巴郡（今四川重慶北嘉陵江北岸）黃巾軍起，巴郡板楯蠻乘勢再起，攻打郡縣，抄略城邑。漢廷派遣西園上軍別部司馬趙瑾率軍進討，隨即將板楯蠻平定。
刺史改置州牧
中平五年（188）三月，太常劉焉以天下兵寇不息，上書靈帝，建議改刺史為州牧，以重其職。刺史本為監察官。東漢以來，漸向地方行政官轉化，擁有一州軍政大機，靈帝為鎮壓此起彼伏的農民起義，遂從劉焉之議，改刺史為州牧，並選派列卿、尚書出任州牧。於是，州牧成於居於郡之上和行政長官，握有一州行政大權，職位甚重。從此州牧各據一方，形同割據政權。這種狀況最終演化成為漢末諸侯割據分爭的局麵。
馬相、趙祗起義
中平五年（188）六月，益州（今四川成都）百姓馬相、趙祗等於綿竹（今屬四川）起兵，自稱黃巾，殺益州刺史卻儉，進攻巴郡（今四川重慶北嘉陵江北岸）、犍為郡（今四川彭山東）。一月之間，攻略三郡，馬相自稱天子，有兵數萬人。益州從事賈龍集聚州郡兵進討，馬相軍很快失敗。