宋晉是老資格的官僚。他的意見引起朝廷重視，當即由總署奏請讓有關督撫議奏。福建大吏文煜和王凱泰複奏傾向於停造；兩江總督曾國藩則堅決反對停造。轉年，軍機處再次要求直隸總督李鴻章、陝甘總督左宗棠、閩浙總督文煜、閩撫王凱泰和船政大臣沈葆楨複議。曾國藩這時已經作古。左、沈是與船政局最有直接關係的人了，左、沈二人的複奏都從自強大計出發，堅決反對停止製造軍艦，但對於如何解決經費問題沒有提出可行性辦法。 李鴻章也在五月十五日（７月２日）奏說不能停止製造。他首先高屋建瓴地辨析時代，說：中國正麵臨著“三千年一大變局”，工業革命的浪潮已由歐洲襲來，中國如果坐守舊法，必然被這個革命浪潮所吞沒。麵對革命浪潮，求生的辦法隻有順應潮流，自我革命，用西方工業的法寶，改造中國的傳統生產方式。“彼方日出其技與我爭雄競勝”“則我豈可一日元之哉？”
因此，他批評宋晉的主張是書生議論，不明世界大勢：“士大夫囿於章句之學而昧於數千年來一大變局，狃於目前苟安而遂忘二三十年前之何以創巨而痛深，後千百年之何以安內而製外，此停止輪船之議所由起也。”由此，他斬釘截鐵地說：“國家諸費皆可省，惟養兵設防、練習槍炮、製造兵輪之費萬不可省。” 這番議論確屬遠見卓識。在帝國主義時代，哪個國家不增加國防投入，那個國家就要坐等挨打。誰不增強國防觀念，誰就不是愛國、保國。當然，這些思想在沈、左的奏折裏也有了，隻是沒有他說的這樣透徹。
李鴻章這時的思想十分活躍和敏銳。宋晉反對造船的奏折要害是根本反對大機器生產。李鴻章則趁勢強調，不但大機器生產不能取消，而且還要在中國搞一場工業革命，要用洋法代替土法，用機器代替人力，用現代化代替傳統化。
李鴻章幾乎是在泣血地呼籲：獨立自主的現代化是保衛國家，防禦侵略的必由之路。他說：“船炮機器之用，非鐵不成，非煤不濟，英國所以雄強於西土者，惟借此二端耳。”中國閩、滬各廠每天需用外國煤鐵極多，一旦中外失和，關係緊張，外國對華采取禁運措施，各鐵廠就勢必“廢工坐困”，所有輪船也必然要因無煤而不能行駛。
僅從抵製經濟侵略的需要也應該大搞現代化。因為，中國煤鐵極富，外國人早就垂涎三尺，挖空心思地要攫取中國的煤鐵開采權。如果中國能夠自行使用洋法“此等日用必需之物，采煉得法，銷路必暢，利源自開，榷其餘利，且可養船練兵，於富國強兵計，殊有關係。”反之，若不及時改革，“徒墨守舊章，後患將何所底止耶！”
深入開展大機器生產，經費問題如何解決？李鴻章提出了兩項具體辦法。第一，裁撤沿海沿江各省的舊式師船，而代之以兵輪，把修造艇船的費用撥歸製造兵輪；第二，建議今後江南局和金陵局兼造商船，供華商雇用，華商為與洋商競爭應自立公司，自建行棧，自籌保險。
他相信獨立自主的現代化是能夠辦到的。他的獻策是“設法官督商辦，但用洋器洋法而不準洋人代辦”。後來的曆史證明，“官督商辦”並非是萬應良藥，但“用洋器洋法而不準洋人代辦”的確是獨立自主的工業現代化的要義。
一個半月後，總理衙門對這次大辯論進行了總結，充分肯定了曾左李沈等人關於繼續進行大機器軍工生產的意見。經過這次辯論，在政府決策層裏造成了新的觀念：愛國，則要讚成工業化；反對工業化，就不是愛國。明確了一個指導思想；搞工業化可以引進洋設備，洋機器，聘用洋人，但不準洋人主持，要由中國人自操主權。構想出兩條發展途徑：一，拓寬生產領域，興辦民用工業，以民用養軍工，以富國而致強兵；二，改革經營方式，在官辦之外，還可以“官督商辦”，甚至由“華商雇領”進行“商辦”。
李鴻章的意見對政府決策起了決定性的影響。
李鴻章在進行工業化辯論時，就在考慮設立輪船局的事情了。
他縱觀世界趨勢，看到經濟的發展與流通和信息關係極大。
第二次鴉片戰爭以來，西方資本主義列強壟斷了中國沿海沿江的航運業，排擠了傳統的沙船運輸，嚴重地侵蝕了中國的航運利權。為了爭回利權，早在同治六七年（１８６７年、１８６８年），國內就有自辦輪船公司的要求。這次宋晉因經費短缺提出停止造船，李鴻章就想，何不由船政局造些商船呢，收回利權，自然就有了經費。同治十一年（１８７２年）的春天，他當麵指示盛宣懷起草一份《輪船章程》。盛宣懷主張，應由國家將輪船租給商人經營，聲稱中國“轉弱為強，在此一舉”。為了這個自強大計，就應該體恤商情。他擬道：中國官商久不聯絡，在官莫顧商情，在商莫籌國計。夫籌國計必先顧商情。倘不能自立，一蹶不可複振。試辦之初，必先為商人設身處地，知其實有把握，不致廢弛半途；辦通之後，則兵艘商船並造，采商之租，償兵之費。息息相通，生生不已。務使利不外散，兵可自強。
他的這個章程是主張商辦企業的。
七月，李鴻章在驗收海運的餘暇，與朱其昂和朱其詔等研究輪船招商辦法。朱其昂擬定《招商節略》，計劃官商合辦，但充分照顧商情。序言中說，成立輪船招商局的目的是使機器局所造船隻不至於空耗經費，而能運兵利商。在序言後擬定了《章程》２０條，十分詳盡。李鴻章看了表示很滿意，將其谘報總署，同時命朱其昂等回上海再與有關方麵妥商，以便早日舉辦。九月，朱其昂再回天津，向李鴻章報告上海江南製造局和江海關等方麵都沒有不同意見。但發現閩、滬兩局所造輪船沒有商船可領，所以主張將依附於洋商名下的華商輪船資本招徠，歸並官局公辦，也就是官督商辦。朱其昂的主張得到了李鴻章的代表天津海關道陳欽和天津河間兵備道丁壽昌的認同，遂令朱其昂擬定條規２８條。李鴻章準許朱其昂從直隸借用官款２０萬串錢，不為資本，隻作貸款，年息七厘，扣除利息，實領１８。８萬串。所以，輪船招商局最初是靠李鴻章撥借的官款創辦起來的。九月間，委派朱其昂為總辦，在上海設總局，在各口設分局，開始招商。不過，朱其昂再回上海，多方奔走，隻募到沙船商鬱熙繩的一萬兩現銀，上海商人認股十餘萬兩卻未繳現銀。他發現上海官方對辦輪船招商局並不熱心，甚至掣肘。李鴻章知道這種情況後，親自給署理南洋大臣何瞡寫信，勸他向各方麵疏通，使之“和衷妥籌，勿膠成見，致此美舉又複中止，百年後永無振興之機矣。”十月下旬，何瞡丁憂離職。張樹聲奉命署理南洋大臣，他又為招商局事給這位老部下寫一信，請他堅定信心，共建曆史功業。信裏說得很客氣：與閣下從事近二十年，幾見鄙人毅然必行之事，毫地把握？又幾見毅然必行之事，阻於浮議者乎？……茲欲倡辦華商輪船，為目前海運尚小，為中國數千百年國體、商情、財源、兵勢開拓地步，我輩若不破群議而為之，並世而生、後我而起者，豈複有此識力？
用曆史責任感激勵這位老部下。十一月中旬，張樹聲終於回信了，李鴻章才正式舉辦。十月向英國購進一艘“伊頓”號輪船。十二月十六日（１８７３年１月１４日），正式開辦，初名為輪船招商公局。當時僅有４條船。李鴻章給總署去信說明開辦目的：一、將華商附搭洋行的船隻資本逐漸收回；二、收回長江、外海航運利權，攬載客貨，運輸漕糧。
朱其昂是一個舊式沙船航運者，既招不到商股，又不善於新式輪運經營。在半年左右時向內，輪船招商局就虧損了４。２萬兩銀。他不得不辭去總辦職務。李鴻章又飭令盛宣懷再議章程。該章程強調要以有道府頭銜的“精明殷實可靠”者管事，以杜絕官場習氣；要仿外洋辦法，實行股份製，招集商股５０萬兩，每百兩為一股，認票不認人，具有資本主義公司的性質；在經營上采用資本主義原則，規定“官場往來搭客搭貨，亦照例收取水腳”，不得以官勢損害公司利益。考慮到開辦之初，需要扶持。盛宣懷建議：一、租給的輪船減少租價；二、每年由國家將４０萬擔漕糧交局裝運，以增強其競爭力量。李鴻章又通過盛宣懷在上海羅致了怡和洋行買辦唐廷樞和寶順洋行買辦徐潤來參加輪船招商局。李鴻章有意讓盛宣懷主持局務，“總其成”，後來考慮到招集商股是輪局成敗關鍵，改派了擁有雄厚資金，並在華商中具有很大號召力，在招集商股上確有把握的唐廷樞。
同治十二年六月（１８７３年７月），李鴻章改組全局，派唐廷樞為總辦，朱其昂、徐潤、盛宣懷、朱其詔為會辦，局名改為“輪船招商局”。名義是商辦，實際是官商合辦。重訂的章程為募資１００萬兩，先收５０萬兩，分為１０００股，每股５００兩。每１００股舉出一個商董，諸商董推舉出一位商總。除上海設總局外，還在天津、牛莊（營口）、煙台、福州、廈門、廣州、香港、汕頭、寧波、鎮江、九江、漢口等及海外長崎、橫濱、神戶、新加坡、檳榔嶼、安南、呂宋等處共設１９個分局。總局和各分局分別由商總和商董主持，如不勝任，可以撤換。更換時須稟請大憲（即李鴻章）。由此可見，事實上仍是官督商辦。值得注意的是該局股票及取息手折均編列號碼，填寫姓名和籍貫，詳細注於股份冊，“以杜洋人借名”。股東如轉讓股票時，必須到局注冊，“不準讓與洋人”，意在保證輪船招商局歸中國人所有。到現在為止，人們還沒有發現外國人持有輪船招商局股票的任何記載。表現了輪船招商局的強烈的民族性質。
李鴻章對這一番規劃相當滿意。同治十三年十一月十三日（１８７４年１月ｌ日），他給江西布政使劉秉璋寫信說： 招商輪船實為開辦洋務四十年來最得手文字。兄創辦之始，即借運漕為詞，各國無不懾服，謂中國第一好事。現僅分運蘇浙漕米二十萬石，沾潤較少，製輪船僅五隻，猶可運米三十萬；若運米漸增，添船漸多，國計民生均大有裨。委員四人……皆熟習生意、殷實明幹，兄所次第委派者。 李鴻章劄委的總辦和會辦雖有五名之多，但因各種原因實際主持局務的是唐、徐二人。
在唐、徐二人主持下，招股活動有了長足的進展。到第二年，就實收股金４７。６萬兩，再加上朱其昂認股而未繳的３萬兩，預定先招５０萬兩的目標已經實現。股東會決定再招新股，每股１００兩，以便湊足總資本１００萬兩。第二年，又因中英馬嘉理交涉所引起的時局不安以及外國輪船公司的競爭，輪船招商局再次走入困境。外國人說輪船招商局沒有洋人經理，“斷難自立”；國內封建勢力也對該局大加攻擊，甚至主張依照福州船政局那樣設立一位大臣管理，或者僅“存商局之名，由南北洋通商大臣統轄”。