學術：地理考100分，長大學考古
在泉州培元中學上高中時，李亦園對地理特別感興趣，都考100分，數學卻不及格。入學台灣大學時，因為當時該校未設地理係，所以選擇了相近的曆史係就讀。
“這是有原因的。”李少園介紹道，哥哥李亦園從小在晉江永寧（現屬於石獅市）跟外祖父林登賓住一起。很小的時候，外祖父就常常帶李亦園一起到偏遠的鄉下行醫，行醫時都是坐轎子，亦園就常常想：為什麼人會有這麼大的差別，都市裏有錢人就住得很豪華，鄉下卻有人這麼窮？“所以到高中時，他就特別喜歡人文地理，他對人文地理的興趣就是從那時候開始的。”
1949年後，李亦園與家鄉斷了聯係，唯一的生活來源是獎學金。在台灣大學曆史係二年級時，李亦園選修了著名學者李濟的“考古人類學導論”。開始，李亦園並不知道什麼是人類學，經過接觸後，學習興趣油然而生，李亦園進而申請轉入考古人類學係。
當時考古人類學係剛成立一年，還沒有三年級，轉係必須從二年級讀起，學校又規定降級生不能再拿獎學金。正在為難之時，教務長錢思亮建議李亦園去見唯一能改變此事的校長傅斯年。
見麵後，傅校長說：“學考古要吃苦，要到野外去，這條路很寂寞，你已經立定意誌了嗎？”
李亦園答：“是。”
傅校長點點頭，特批保留李亦園的獎學金。校長的話影響了李亦園一生，使他能耐住寂寞與辛苦，熬過許多田野工作的時光，並且一直保持著這一專業興趣。
有了考古學作基礎，李亦園很快深入人類學的研究，以全球化大視野關注曆史，研究當代，關心未來。在李亦園看來，人類的智慧會因為環境而不同，但不會有根本的差別。全人類是平等的，雖然有膚色、高矮的差別，但在智慧上絕對沒有差別，隻要環境一樣，人類的智慧也是一樣的。所以，他認為，大區域的合作是全球化必然要走的道路。
除了人類學，李亦園還將學術研究的觸角延伸到文化比較學、比較宗教學、神話研究以及華僑社會文化學研究等領域，出版專著30餘部，論文180餘篇，為中國人類學爭取了國際聲譽，成為享譽海內外的文化大師。
軼事：與費孝通一見如故，相差20多歲成忘年交
在台灣的李亦園與在祖國大陸的著名社會人類學家費孝通，是兩岸高層學者學術交流的最早推動者。
原來，1979年，李亦園去美國匹茲堡大學做訪問教授，正好費孝通也訪美領取一個高層次的學術獎。通過匹茲堡大學楊慶堃教授（人類學係主任，費老燕京大學同班同學）引薦，兩岸兩位同行有幸結緣會晤，李亦園以拜見費老為榮，費老則誠懇謙遜，兩人靈犀相通，相見恨晚。令費老意外的是，李亦園對他的著作竟然十分熟識。費老說：“我的書在台北是受禁的。”李答：“受禁也要讀。”原來，在哈佛讀書時，李亦園寫研究報告，經常參考費先生的書，《鄉土中國》、《江村經濟》這些書李亦園都研讀過。兩位大師在美國的不期而遇，一見如故，當時費老已70歲高齡，李亦園隻有49歲，他們成了忘年交。
當時，兩岸之間壁壘森嚴，他們深感隔絕對學術研究的危害，決意衝破藩籬，發起兩岸學術交流。在他們籌劃下，1983年春天，第一屆“中國文化與現代化”研討會終於在香港中文大學舉辦。費孝通作為大陸代表團團長、李亦園作為台灣首席代表在會上作了主旨發言，開創了兩岸高層學者攜手合作的先例，《人民日報》等各大報紙都作了報道。
1989年，李亦園第一次回大陸，從那時起李亦園幾乎年年都要回大陸。其後20多年，他與費孝通有20多次在各地開會碰麵。後來，《李亦園自選集》出版前夕，李亦園請費老寫序，費老說不必寫序了，題字吧：“海峽分西東，學同誼自通；九州多開闊，比翼遨長空。”短詩意蘊深長，寄望李亦園努力推動海峽兩岸學術交流比翼齊飛。果然，在兩位大師的共同努力下，高層次的“中國文化與現代化”研討會召開了10次。