當時台灣很多受過西式教育的中產階級對基督教和天主教的好感比較濃厚，有些基督教徒甚至寫書攻擊佛教。聖嚴法師有一段時間專門為此寫文章、出書，回應這些攻擊，可見佛教在台灣衰弊到了何種程度。
聖嚴法師在日本念博士的論文選擇了明朝末年的佛教研究，那時候的佛教環境與現代類似，理學家對佛教的撻伐也與基督教、天主教和佛教的對抗相像，而佛教集團內部也是一片腐敗。他做這個研究，就是想看看能不能為今天中國佛教的發展找到一點啟示。
對於一般讀者而言，《明末佛教研究》可能會有些艱深。這本書是一本有水準的學術著作，體現的是做學問的嚴謹態度和精密的考證功夫。很多人認為，中國佛教在唐宋以後進入衰敗期，雖然中間也曆經幾次複興，很多高僧大德都試圖出來改革佛教，但似乎總是沒有辦法徹底扭轉這個局麵。
以禪宗為例，禪師修證經驗的真偽與深淺，縱然需要自信，也必須經過其他人的勘驗和認可，而有資格和能力驗證他人的人，通常是指導你修行的人，他可能僅僅在一麵之間便承認了你的修行功夫，就此將法脈傳承下去。所以禪宗雖說“不立文字”，而偏偏佛教累計下來的文獻又以禪宗最多，因為你是不是得到了認可，這個證法過程要被記錄下來，一般稱為《燈錄》[5]。
到了明朝末年，佛教衰微。很多禪師為了維護寺院在形式上的世代相傳，避免趨於滅亡的厄運，雖然有些接班人功力不行，也勉強認可，這種認可被稱為“冬瓜印證”，意思是很不值錢的一種印證。
當時很多高僧大德都極力反對這種法脈承襲的陋習，覺得在這種情況之下所謂的法脈已完全被搞亂了。同時，淨土宗開始流行。淨土宗主要講念佛，在他們看來，一個人即使根器不好、不夠聰明，也一樣可以修習佛法，隻要你能堅持天天從早到晚一心念佛就行。淨土宗不像禪宗那樣嚴守門戶，有那麼多卷案和記錄，要清理世譜以證明其身。但淨土宗也並不像我們所理解那麼簡單，其法門雖不問根器，卻也不是人人都能夠修成的。念佛不是光用嘴巴念那麼簡單，同時還需要去思考“念”的本身是什麼？為什麼念？誰在念？我又是誰？等等，這就有點像禪宗了。
明朝末年佛教的又一個特色是出現了很多居士，對此後佛教的發展產生了重大影響。這些居士大多是些傳統的讀書人，受儒家影響很深，在修習佛法時也難免會用儒家的孔孟之道去理解佛經，有時候還會和道教沾上邊。比如明末有位袁了凡居士，他在佛祖麵前發願要扶危濟困，居然還說希望諸佛能夠賜給他神丹或仙草，讓他在世間活得更長久一些，以便更好地救度眾生。聖嚴法師說，這分明是將道教的神仙信仰與修習佛法混為一談。
那麼這麼做到底好不好呢？其實也很難說，它雖然使佛教能夠更加順利地融入中國傳統，但佛教的本來麵目卻也漸漸喪失了。而且很多人對佛教的期許本來就不夠清淨，明朝末年宦官弄權，政治黑暗，人們想從佛教中找到一些精神依托，以此來幫助自己麵對叵測不安的命運。
（主講梁文道）
中國曆史中的佛教
頓漸之爭
芮沃壽（ArthurF．Wright，1913-1976），二十世紀中葉美國漢學研究的領軍人物之一，與費正清同為美國漢學研究的奠基人。1947年畢業於哈佛大學並獲哲學博士學位，之後任職於斯坦福大學和耶魯大學。著有《中國曆史中的佛教》（BuddhisminChineseHistory）《行動中的儒教》（ConfucianisminAction）《儒家與中國文明》（ConfucianismandChineseCivilization）等。
佛教在漢朝的時候就已傳入中國，但那時候還沒站穩腳跟，直到南北朝時代，整個社會形成了一種新秩序，它才真正穩定下來。
佛教為什麼在南北朝時期能夠在中國紮下根呢？芮沃壽教授在《中國曆史中的佛教》中提出了一些有趣的觀點。他認為，對當時的人來說，佛教傳說是一個寶庫，它能夠提供君王行為的新典範，比如印度阿育王就是通過皈依佛陀而成為統治有方的君主；同時，佛教也提供了慷慨布施的典範。當時的世家大族掌握了大量的物質財富和實際的政治權力，而佛教經典中的維摩詰居士本身也是個有權有勢的貴族，是受人尊敬的家長和父親，但他的生活又非常純淨和嚴謹，有著無礙的辯才，智慧超群，這樣的人自然成為當時世家大族們模仿的對象。