科學家也是社會權力網絡的一部分，他們的科學研究難免會受信仰和政治立場的影響。
很多人都把實驗看做尋求真知、發現真理的有效方法，甚至是唯一途徑。有人說著名科學家斯蒂文·霍金[14]至今沒有得諾貝爾物理學獎，是因為他所提出的理論還沒有得到實驗的證實。《利維坦與空氣泵》這本書試圖解答這個問題，為什麼實驗被認為是尋找科學真知的必要工具或程序呢？
這本書主要關注的是科學史上的一個重要爭論，就是17世紀兩個著名英國學者，霍布斯[15]和波義耳[16]之間的爭論。霍布斯的名著《利維坦》是一部政治哲學經典，至今仍有很多學者通過這本書去討論民主與獨裁等政治哲學問題。而空氣泵則是波義耳用來證明著名的波義耳定律的重要實驗工具。
兩件事看起來風馬牛不相及，怎麼會被拉到一起呢？首先我們要了解，那個時候所謂哲學的定義與現在是不一樣的，像伽利略、牛頓這些搞自然科學的當時也被叫做哲學家。17世紀的時候，一個合格的哲學家被認為應該有能力去探討各個領域的知識。
霍布斯的很多著作都是科學史上的必讀書目，而波義耳參與締造的英國皇家學會也是科學史上的重要機構。他們之間的爭論表麵上看是波義耳利用空氣泵製造出了真空，而霍布斯反對他的結論，認為空間之中不可能什麼都沒有，至少還有“以太”[17]。當然現在我們知道，霍布斯的觀點是錯誤的，“以太”這個東西在科學史上流行了那麼久，最後被證實並不存在。作者說，他們爭論的焦點與其說是空氣泵能不能製造真空，倒不如說是實驗本身到底有多重要。
這個爭論所代表的也是兩種科學方法——演繹法和歸納法之爭。演繹法的典範當然是數學，隻要將一些定義作為基本前提，就可以一步步推出結果，這叫演繹；而歸納則是從各種可見的事實和例證中總結出一個說法。兩種方法各有利弊，演繹法的缺點是，如果一開始這個定義就有問題，就算中間的步驟邏輯再怎麼合理，推出來的結果仍然可能是錯的。但是歸納法的問題更嚴重，它從大量的事實中推出一個好像客觀不變的規律，卻沒有人能夠保證這個事實是否永遠如此。
在這場爭論中，為什麼實驗最後能夠勝出呢？實驗在今天被看做是不證自明的方式，而當時卻飽受攻擊，並不被科學界信任，因為它看上去太像一種表演。我們知道從前的煉金術士也做實驗，但是在自己的鬥室中秘密進行，煉金術與現代科學實驗的區別就在表演。
波義耳的空氣泵就是一種科學表演，當時的皇家學會為了擴大自己的影響力，最常做的兩個公開展示是虎克[18]的顯微鏡和波義耳的空氣泵。空氣泵就像17世紀的加速器，看起來非常壯觀。它首先是一個技術上的進步，讓我們了解到儀器的重要性。比如我們用顯微鏡去觀察螞蟻的足部，就會相信儀器是人類感官的延伸，可以幫助我們做到眼睛、耳朵、鼻子做不到的事，甚至糾正人類感官的謬誤。波義耳的空氣泵可以說服大家，相信通過儀器看到的比眼睛看到的還要真實。
其次，波義耳的空氣泵將實驗變成一種公共行為。從前的煉金術士都很神秘，但科學實驗理論上是一個公共空間，必須有人去見證實驗結果。這些人最好受過專業訓練，能看懂實驗的關鍵。此外，這個實驗還必須是能夠重複操作的，任何人按照同樣的方法和步驟都會得出同樣的結果。波義耳當年作科學報告的時候設計得十分周詳，讓大家盡可能多地了解實驗過程。當然這個實驗一般人很難做到，設備本身就不大可能輕易製造出來，一旦出現漏洞，就很難抽成真空了。
所以霍布斯對波義耳的批評還是有一定道理的，他說空氣泵實驗根本錯漏百出，並沒有達到哲學真理所要求的嚴格程度，而且他對真空是否存在也有不同看法。這其實是兩套哲學觀爭議的焦點。波義耳通過實驗證明他找到了真空，但霍布斯認為空間中一定會有東西存在，不存在玄學意義上的真空。就這個意義而言，波義耳堅持以實驗為本，是將現代科學與自然玄學分開的第一人。