胡佛卷入總統刺殺案
包斯為什麼要刺殺總統？是個人原因，還是受他人所指使。
從調查結果看，包斯曾自稱是一位“馬克思主義者”，1959年到蘇聯住了3年，並在那裏娶了個妻子。當時，他還曾公開宣稱要取得蘇聯國籍，可不知怎麼後來居然改變主意，回到了美國。許多人由此猜測，包斯可能是聽命於蘇聯“克格勃”，他回到美國就是為了刺殺肯尼迪的。
包斯回國後在新奧爾良工作，並曾與一些親卡斯特羅的組織有來往。而此前肯尼迪曾支持過一批流亡的古巴人，這些人企圖顛覆古巴政府。因此，有些人就認為，刺殺肯尼迪一事可能與親卡斯特羅的古巴人有關。
在調查過程中有證人提到，包斯曾受雇於聯邦調查局，代號為S-172或S-179，每月領200美元的酬勞。由此人們推斷：包斯可能是受聯邦調查局的“委托”暗殺了肯尼迪總統。而從案發後對此事的調查情況以及當時聯邦調查局長胡佛與肯尼迪的關係來看，這種可能性確實很大。
肯尼迪死後，林登·約翰遜接替了他的總統職位，並任命以美國首席法官厄爾·沃倫為首的特別委員會負責調查此事。奇怪的是，那份調查結果——《沃倫報告》居然被美國政府封存起來，說是要在公元2038年，即所有與此案有關的人全死了以後才能公布它。由此許多人都推測，此案可能與政府中的某些人有牽連，而且牽連還很大，否則幹嘛要搞得這麼神秘？
另一方麵，據說胡佛自1924年任聯邦調查局局長以來，他的地位一直是穩如泰山。但自肯尼迪的弟弟羅伯特擔任司法部長後，聯邦調查局首次被迫服從司法部的領導，由此引起胡佛很大的不滿。總統遇害後，約翰遜總統雖曾令聯邦調查局協助沃倫委員會調查，但胡佛卻明確警告負責此事的吉姆·蓋爾不要深究。同時在聯邦調查局的調查人員中，與總統暗殺有關的人也都先後離開了原來的位置。案發後聯邦調查局、中央情報局及軍方情報部門收集的有關凶手的關鍵性材料，也突然之間不是被人全部銷毀，就是不翼而飛。由此，一些人推測胡佛可能就是這次暗殺的策劃者和組織者。
鮮為人知的內幕
1990年，有個叫珍尼佛·懷特的女人讓她的兒子李奇·懷特召開了一個記者招待會，披露了一些鮮為人知的內情：
珍尼佛的丈夫羅克斯曾在美國中央情報局裏專門擔任殺手的秘密任務，包斯和魯比都是他的好友。有一次，珍尼佛偷偷聽到他們在說暗殺肯尼迪總統的事。而在總統遇刺的當晚，羅克斯回家時也顯得非常激動，並叫她躲回娘家。3天後羅克斯接她回家，說沒事了。1971年，羅克斯突然對她說，中央情報局出賣了他。沒過幾天，他就死於一個非常奇怪的爆炸事件中。
1982年，珍尼佛的兒子李奇在家裏的儲藏室裏發現了羅克斯的幾本日記本，其中記載了他在海軍訓練和在遠東地區執行特別任務的情形以及他與包斯的友情。尤其是詳細寫下了1963年他和另外兩個人暗殺肯尼迪總統的過程。
1988年，珍尼佛和兒子李奇把羅克斯的日記告訴了美國聯邦調查局，聯邦調查局立即來了3個人。他們把那些日記全都拍攝下來後就走了。可過了幾個小時，其中的一個人回來說，他的記事本忘拿了。結果他拿走記事本以後，羅克斯的那些日記本也不見了。
顯然，珍尼佛的證詞為揭開肯尼迪遇刺之謎提供了重要的線索，可是隨著與此案有關的人因各種緣故先後死去，以及與此事有關的絕密資料或失蹤，或被銷毀，現在誰也說不清在暗殺肯尼迪事件中，誰是真正的幕後指使人。而幾十年來，為了收集肯尼迪總統被暗殺的證據，追查案件的真相，又有二十多個人葬送了性命。所以，這個案件從此也被人們稱為是“20世紀最大的謎案”。