教學上。清統一台灣之初，教師極缺，清朝政府多從福建調派教師入台，其中也有不少閩北籍教師。據南平台辦羅小平《續閩北與台灣文化習俗》書中《清代入台的閩北教職》的統計，從康熙四十三年到清末，閩北籍入台的教職有69人，其中邵武府16人，建寧、延平二府各23人，另有7人地籍不明。陸登選，歐寧（今福建建甌）人，舉人出身，他在康熙四十三年（1704年）任台灣縣學教諭，是閩北入台執教的第一人。他在教學中，始終把傳播程朱理學作為教學的一項重要內容。他拒絕教授奇邪文體，每天召集學子隻學習程朱理學，講學深入淺出，闡明程朱理學奧義，以及先正作文關鍵。他的教學內容和教學方法在台灣得到肯定和推廣。清朝人王禮、陳文達在《台灣縣誌.藝文誌》中說：“今台屬四庠（指台灣、鳳山、諸羅、彰化四縣學）之士，絕去奇邪文體，一歸於正者，夫子（陸登選）力也”、“夫子（陸登選）秉鐸台邑，四稔於茲矣！風厲有方，台之人士學崇經書、行遵先民，自我夫子（陸登選）始。”清宣宗道光十五年（1835），福建順昌歲貢遊全迪赴台任淡水廳學訓導（署），教以程朱理學。入台閩籍教職都是一代名儒，他們有的出身舉人，有的出身副榜，至少也是貢生，學問淵博，對程朱理學造詣極深。因此，他們的教學，促使了程朱理學在台灣的迅速而廣泛地傳播。
藏書上。朱子學從元代開始成為官學，係科舉考試的重要內容，清朝康熙皇帝力主表彰程朱，崇尚朱子學，並以“禦纂”的名義下令著名理學家熊錫履、李光地主持纂修《朱子大全》、《性理精義》，作為學校的必讀教材，以灌輸朱子學思想。乾隆皇帝也借編纂《四庫全書》的機會，全力剪除危及封建統治思想基礎的“異端”學說，以保證朱子學的獨尊地位。因此，台灣官辦的府學、縣學自然要重視收藏程朱理學著作。於是，台灣府、廳、縣儒學藏書除了有《十三經注疏》、《史記》外，還有正誼堂本的44種程朱理學著作：《周濂溪集》、《二程文集》、《張橫渠集》、《遊豸山先生集》、《楊龜山集》、《羅豫章集》、《李延平集》、《真西山集》、《熊勿軒集》、《朱子語類》、《濂洛關閩書》等；台灣縣學的藏書，除了有《十三經注疏》、《聖渝廣訓》、《禦製訓飭士子文》等儒家必備的典籍外，還有《小學纂注》、《近思錄集解》、《大學衍義輯要》、《大學衍義補輯要》、《小學實義》、《豫章學約》、《人臣敬思錄》、《鼇峰書院條規》等。台灣府、廳、縣學的這些藏書的來源，主要的渠道有：一是從福建調運和入台官員攜帶大批閩版程朱理學著作到台灣。如建陽稟貢袁宏仁，雍正十二年（1734年）任台灣府學訓導時，就捐書600餘本，“多置書籍存學宮，以教士子”。道光六年（1826年），福建巡撫孫爾準赴台巡視時，從福州鼇峰書院的藏書中調撥45種166部理學要籍入台。二是台灣官府機構從福建購買圖書。台北府試院的“台灣通誌局”，有古今參考圖書萬餘卷；唐景崧道署藏書處號稱“萬卷堂”；還有府、廳、縣學和書院藏書，都有不少從福建購買來的，特別是從閩北建陽麻沙、書坊圖書之府那裏購買來的，據學者考證，台灣有善本書籍16萬冊，其中就有不少是建陽刻本。三是台灣學者自己撰著出版許多學術著作，以供府學、縣學、書院教學藏書之需。如張星微著有《春秋四書管窺》、《先儒精義會通》，盧安椿著有《學庸講義》等。
康熙六十年（1721年），“治台宗匠”藍鼎元跟隨堂兄南澳鎮總兵藍廷珍入台，對台灣社會、教育進行考察，著論說“台灣地數千裏，其民數百萬……民逸居而無教”，提出“化導整肅……設義學，興教化，獎孝弟，力田畝”的主張。藍鼎元任台灣道後，又提出“信賞罰，懲訟師，除草竊，治客民，禁惡俗，儆吏胥，革規例，崇節儉，正婚嫁，興學校，修武備，嚴守禦，教樹畜，寬租賦，行墾田，複官莊，恤澎民，撫土番，招生番”的19條治台方略。於是，孔子“有教無類”的思想在台灣教育中得到全麵貫徹，縣學、義學、社學、蒙塾在台灣得到迅猛發展，台灣理學教育進入了嶄新時期。台灣知府蔣毓英在藍鼎元之前率先捐俸建起了3所義學，接著諸羅、鳳山等縣群起效仿。到藍鼎元治台時，義學、社學發展迅猛，乾隆初年全台已有土番社學47所。乾隆年間，澎湖通判胡建偉以振興文教為己任，在他的倡導下，“澎島十三澳內，每社皆有蒙塾，書聲相聞……雖貧民亦送其子弟入塾”。社學、義學仿照大陸教育製度，以《小學》、《四書》為教材，每個社學聘設掌教主講正副各一人，掌教主講都是由有聲望的賢士碩儒來擔任。通過社學、義學、蒙塾的教育傳播，使台灣社會形成了“父老日夕所聞無非仁義之音，子弟終歲所習盡是聖賢之語”的良好社會風氣。朱子理學在台灣社會得到普及宣傳，並得到社會最基層民眾的普遍接受。