七月二十三日（9月5日）到天津。二十七日（9日）接任署理北洋通商大臣職務。
一般大臣遇到父母親亡故，都要請示開缺回籍，也就是辭職回家守孝三年，而他卻隻用了三月，嚴格說來，剛剛超過一百天。在傳統道德裏，孝固然重要，但是與忠比較，畢竟是私事，要服從於忠。因為盡忠是國事。李鴻章此番回津素服辦事，民俗叫做“移孝作忠”。
隨著日本在朝鮮勢力的迅速擴張，朝鮮王廷分化為新舊兩黨。舊黨以大院君李是應為首。他因兒子李熙入嗣為王，得以本生父地位主持朝政10年，對外堅持閉關自守政策，尤其反對日本滲透。新黨以王妃閔氏家族為核心，對內力主國工收回大權，對外親信日本。在黨爭中，李是應失敗家居，新黨依靠日本教官訓練新軍，裁汰士兵。軍隊自然不穩。
光緒八年（1882年）六月初九日（7月23日），新黨閔謙鎬管財政，虧欠數月軍餉，另有發放餉米不足和發黴等事，激起兵變。變兵得到李是應的同情，衝入王宮，王妃閔氏帶傷逃走；變兵又襲擊了閔氏家族的宅邸，殺死了閔謙鎬和國相宰臣多人。然後焚燒了日本使館，殺死日本教官等13人。日本公使花房義質逃回國去。李是應乘機重新掌權，號稱“國太公”。
中國駐日公使黎庶昌得到朝鮮兵變的消息，急電天津。李是應也以朝王的名義谘文給清廷禮部。李鴻章這時正好了母憂離任。他的職務由張樹聲代理。張召集幕僚商議，”認為事機緊迫，間不容發。如果遲疑一點，朝鮮王被日本擄走，或者王京被日本占據，將會出現第二個琉球事件。於是立即派道員馬建忠與水師提督丁汝昌帶領威遠、揚威和超勇３艘軍艦去朝鮮觀察。這時，日本已先到了一艘軍艦，調集水兵７００人和陸軍７００人入朝鮮了，其中５００人入駐王京漢城，露出趁機侵朝的野心。馬建忠初步了解情況後，稟告國內說，大院君李是應利用兵變，翦除國王羽翼及新黨，徐窺王位，中國如觀望，後患不可言。清廷調派張樹聲派水陸兩軍入朝保護藩封，遏製日本的侵略“隱謀”。
七月初七日（８月２０日），吳長慶率淮軍６個營到朝鮮南陽。兩天後，日本公使花房義質也帶兵艦４艘來到朝鮮。馬建忠明確告訴花房義質，中國此次派兵來是為了平亂，不是來給朝鮮鬥爭雙方調停的，日本不要與朝鮮亂黨交涉。表現出宗主國保護藩屬國的姿態。花房義質不得不收斂了他的狂態，希望早日解決。馬建忠等為了不給日方留下借口，決定把大院君作為亂黨首領，拘捕起來，恢複秩序。十三日（２６日），吳長慶入漢城誘捕李是應，將他解送到天津。
李鴻章回到天津時，是七月二十三日（９月５日）。在了解情況以後，於八月十日（９月21日），他奏請把李是應安置到保定省城，永遠不許回國。朝廷同意，並諭令他辦理朝鮮善後事宜。
吳長慶率軍剿捕參預兵變的１７０餘人，幫助朝王複權。 八月二十日（１０月ｌ日），李鴻章與朝鮮國代表趙寧夏、金宏集等議訂了《中韓通商章程》８條。在前言中特別聲明凡本章程內給予朝鮮的各項權利，皆“係中國優待屬邦之意，不在各國一體均沾之例”。以此申明中國對韓的宗主權。章程內除對已往中朝互市舊章進行適當改革外，又增辟口岸，規定朝鮮國可派大員駐於天津，並分派其他人員至中國其他口岸，中國也由北洋大臣派商務委員駐朝鮮開放口岸。這個條約於九月十二日（１０月２３日）經朝廷批準。能夠迅速平定朝鮮兵變，使日本無機可乘，這明顯是得力於多年來辦理洋務的結果。所以朝廷在分別獎勵平亂的張樹聲、吳長慶、丁汝昌、馬建忠等人以外，九月初一日（１０月１２日），特地表彰李鴻章說：“李鴻章創練水師，深資得力，著交部從優議敘。”
日本政府看到清廷迅速出兵定亂，而且人數超過日軍，不敢
擅動。但他要找一個台階下，遂製造一個“變兵焚館逐使”的借口，要求朝鮮賠償損失。朝王派官員與日使談判，馬建忠等於幕後幫助規劃談判要點，簽訂了《日韓濟物浦條約》，韓方賠償日方損失５５萬元，懲辦肇事凶手，日方不提割地、開礦及陸路通商等要求。但日方也爭得了一點權利，第五款規定日本公使館可置兵若幹，如果朝鮮仍能守約，日兵可撤。由此，日兵得以長駐於朝鮮。
光緒九年正月二十六日（１８８３年３月５日），李鴻章因母親的葬禮於三月進行，上奏懇請給假回籍營葬。朝廷給假二個月，北洋通商大臣一職仍由張樹聲代理。二月十七日（３月２５日）李鴻章交卸公事後，次日乘輪船南下合肥。
三月二十日（４月２６日），李鴻章兄弟將母親葬於合肥東鄉葛洲新墓，與他們的父親合葬在一起。李鴻章作《葛洲墓誌》，寄托哀思，文中稱頌父親李文安為人剛方厚重，在刑部為官１８年，有包公再世的美稱；說母親李太夫人是合肥李處士的女兒，事公婆孝敬，持家勤儉，教子報國，死後經諭旨尊為賢母。
正在辦理葬事。李鴻章又接到朝廷一連串的軍機處緊急寄諭：三月十五日（４月21日），命他即刻回北洋大臣署任；二十五日（５月１日），命他前往廣東督辦越南事宜；四月初七日（５月１３日），又命他暫駐上海統籌全局。最後這道寄諭是在四月十一日（５月１７日）收到的。
他見事情來得緊急，趕緊收拾上路。十六日（２２日）起程，二十二日（２８日）到達上海。
李鴻章感到留在上海，無所施展。正好，四月十八日（５月２４日），署都察院副都禦史張佩綸上一奏《製敵安邊，先謀將帥折》，認為在此緊急之時，應召重臣以顧北洋，而李鴻章已經服喪一年，應令其以署理直隸總督的名義辦理法越事宜，其次，應令張樹聲回兩廣。
壬午兵變使日本對朝鮮公開擴張受到遏製，日本知道自己的實力還不足以與中國爭鬥，又看到俄國的勢力正在向朝鮮擴張，因此希望用中國抵製俄國，也就暫不反對中國在朝鮮加強力量。
李鴻章派前駐舊金山領事陳樹棠為駐韓商務委員，讓他操縱朝鮮外交事務。又推薦原任天津領事的德國人穆德鱗（Ｐ。Ｇ。ＶｏｎＭｏｌｌｅｎｄｏｒｆ）駐朝襄辦稅務，另派馬建忠到朝鮮監視內外情形。吳長慶派員代朝鮮訓練新軍。吳長慶派定袁世凱和王得功等分別訓練兩個營，共１０００人，稱為新建親軍左右營，以後又由江華省抽出舊有的額兵５００人，立為鎮撫營加以訓練。另於北洋撥出槍炮交給朝鮮分配給各軍使用，贈送朝鮮新式機器，圖書模型，協助設立機器局廠。另挑選朝鮮學生到中國的北洋機器局學習機械製造。中國自己財政困難，卻還要幫助朝鮮，履行宗主國義務，乃由招商局向國內商人湊股，貸款給朝鮮。一時間，清廷頗致力於朝鮮國防力量的提高和現代化的開展，以共同防禦日本。
朝鮮的國旗也在這時製定出來。據說是由朝鮮樸詠孝等製，式樣為白方旗為底，中畫紅黑相間的太極圖，旁列乾坤坎離四卦，經李鴻章審定後推行使用。這種國旗正是現在韓國國旗式樣。
《濟物浦條約》簽訂以後，朝王派樸泳孝、金玉均、洪英植等赴日謝罪。日本政府乘機引誘朝鮮背華親日，退還《濟物浦條約》償款中的未付部分４０餘萬元，減少駐朝日軍。這一來，朝鮮君臣多為之所動，以為日本很友好，增聘日人為顧問，樸泳孝還糾合留日學生金玉均、洪英植等組成親日的“開化黨”。日本在野名流福澤諭吉等大肆鼓吹朝鮮獨立論，並派人到朝鮮暗中活動。自由黨領袖後藤象二郎等向金玉均等開化黨人許諾給予財力和武力的援助。
另一方麵，日本又起用能通漢文漢詩的竹添進一郎為駐韓公使。該人曾任駐天津領事，與李鴻章有文字交，而且最了解李鴻章的心理。此舉在於麻痹李鴻章。與此同時，竹添與朝鮮外務督辦閔泳穆等簽署，由丹麥大北電報公司敷設，從釜山的日本居留地到長崎之間的海底電線條約、韓日通商章程、海關稅目、日鮮通漁規則、朝鮮國間行裏程條約等。這些活動都曾得到美國駐韓公使福德（Ｈ。ＦＯＯｔe）和穆鱗德的幫助。這個穆鱗德受李鴻章的派遣到朝鮮，卻與竹添勾結，使日本取得了仁川租界及仁川、元山、釜山等朝鮮港口的海關稅收業務，委托日本國立第一銀行各分行的契約權利。日本在不動聲色之中取得了遠比中國更實際的權益。
竹添在簽訂了這一係列條約後回國，表麵上朝鮮仍由傾向中國的閔黨當政，獨立黨人隻能在暗中活動。日本的勢力好像不太大。
光緒九年（１８８３年），中法因越南問題失和。次年，中國福建海軍在馬尾被法軍殲滅，清政府向法國宣戰。清廷將駐朝士兵由６個營抽為３個營。日本朝野極其興奮，認為時機到來了，輿論一片乘機奪取朝鮮的聲音。後藤象二郎等直接與法方接洽，希望用法國軍艦和法國借款奪取朝鮮。竹添進一郎也在這時回到朝鮮。
朝鮮閔黨在壬午兵變後，依靠中國扶植重新掌權，放棄了親日政策，強化了對華的屬國立場，被稱為“事大黨”。他們對中國撤兵深感不安。而獨立黨金玉均、樸泳孝等則異常活躍，與竹添進一郎秘密策劃殺掉事大黨起事。竹添答應給予財力和兵力上的援助，並且給他們打氣說：中國隻有三個營了，“絕無能為”。朝鮮國王李熙被金玉均說動，也不表示反對。
十月十七日（１２月４日）下午六時許，獨立黨金玉均等借漢城郵政局落成典禮之機，縱火製造混亂，乘機大殺事大黨，並劫持國王，矯王命召“日使入衛”。而後竹添率早已準備好的200名士兵衝進王宮，第二天宣布成立新政府。中國駐軍在袁世凱等率領下急商對策。十九日（6日），朝鮮大臣多方要求救主，恐稍遲國王將被劫走。下午，袁世凱等分兵三路衝入王宮救護朝王，與日軍激戰。日軍敗退。金玉均、樸泳孝等與竹添企圖劫國王和王妃逃到仁川。國王及王妃堅決不從，避入吳兆有營中。竹添和金玉均等看到王牌失掉了，趕緊自焚使館，率眾逃到仁川，沿途日兵及日僑飽受韓民襲擊。
由日本一手策劃的甲申兵變，沒過三天就被擊潰了。
此時中國正在與法國作戰，李鴻章不願擴大事態。發電給駐日公使黎庶昌，要求他“設法功息”；另電袁世凱等“堅壁勿動，以待調停”。此後，中日雙方都派兵到朝鮮。日本外務卿井上馨親自到朝鮮締結了漢城條約，由朝鮮向日本賠償損失，並承認日本今後有權設兵營護衛使館，這為日後埋下了禍根。
光緒十一年二月十八日（1885年4月3日）至三月初一日（4月15日），李鴻章與日本專使宮內卿伊藤博文在天津談判，共議七次。他來時所奉的訓令是請求中國同意中日同時撤兵。李鴻章沒有很好地利用中國這次壓倒性勝利，不強調中國的宗主權問題，所要條件太低。以致伊藤臨時添出中國應懲辦肇事禍首的要求。初四日（4月18日），天津條約簽訂，規定兩國軍隊自朝鮮撤兵，今後朝鮮有重大變亂，中日兩國或一國要派兵，應先行文知照，事定仍撤回，不再留兵。
但在談判中，李鴻章的氣焰很高，有時讓伊藤很難接受。伊藤來時，原想再趁機解決中日琉球懸案問題。李鴻章怕日本有意再製造一個陷井。所以當伊藤請李鴻章親自赴日談判，表示日本可以對琉球作一些讓步。李鴻章心想，日本哪能那麼大方，一口回絕，說“法事未了，礙難分身。”伊藤對於這次談判中受到的羞辱，十年後還耿耿於懷。