畢自肅確實是非同一般的倒黴，做為一個立場比較中立的非閹黨官員，能夠魚躍龍門當上一任巡撫，靠的完全是自己的卓越政績和公正廉明，還有曾經擔任過寧前道參議的經曆和寬仁慈厚的性格，所以才被派到遼東來擔任巡撫，給熊廷弼和毛文龍這兩個狗熊脾氣的炮筒子當和事老。隻是畢自肅他做夢也沒想到的是，自己會在上任不到十天情況下，竟然就被兵變逼得自殺身亡。
畢自肅是在三月二十八這天從前任遼東巡撫手裏接過這個職位的，卸任後，前任遼東巡撫立即打馬連夜去了山海關，到恩師熊廷弼麾下祈求庇護，根本就沒象其他官員一樣，按照不成文的規矩給畢自肅介紹同僚，幫助繼任者迅速熟悉情況。不過還好，孫承宗擔任遼東督師時，畢自肅此前曾經在寧遠幹過一段時間，對大部分的文武官員還是比較熟悉的，所以畢自肅也沒去指責前任什麼，隻是老老實實的召開會議，與同僚部下互相熟識，準備迅速融入角色。不曾想四月初一這天召開會議時，寧遠諸將剛一到齊，伸手就向畢自肅討要軍餉——四月份的軍餉。
“各位將軍，軍餉當然發。”畢自肅也沒推辭刁難，還很誠懇的說道：“隻是本官剛剛到任，對軍隊情況還不了解，士兵的人數也還沒有清點過，等本官確認了各支軍隊的編製，還有清點了士兵的數字，就馬上把軍餉發給你們。”
畢自肅決定統計了士兵準確數字之後再發軍餉，也是有原因的，因為寧遠軍隊的士兵數量，對大明朝廷來說一直都是一個迷，不管是魏忠賢派到這裏來攙沙子的寧遠監軍胡良輔，還是一直看前任遼東巡撫不順眼的寧前道禦史李應薦，都始終沒有摸清楚過寧遠軍營裏到底有多少士兵，朝廷給前任遼東巡撫的四萬五千編製，到底被吃了多少空額，所以借著這個遼東巡撫換人的機會，不管是魏忠賢還是兵部尚書王永光，都想通過畢自肅摸清楚寧遠軍隊的真實情況。而且畢自肅也不是故意刁難，三月份的軍餉已經發了，現在才四月初一，四月份的軍餉即便拖到月底發也是理所當然——畢竟，寧遠軍隊每個月發軍餉的時間，也要由畢自肅說了算。
盡管畢自肅已經做好了苦口婆心對寧遠眾將解釋的準備，可畢自肅絕對沒想的是，他的話音未落，在場的寧遠將領居然二話不說，一下子走得幹幹淨淨，絕大部分文職官員也是一個比一個跑得快，隻剩下畢自肅和寧遠監軍胡良輔、寧前道禦史李應薦三人，在會場裏大眼瞪小眼。麵對這樣的局麵，畢自肅當然是怒不可遏又束手無策，無奈之下，畢自肅隻得和比較靠得住的胡良輔、李應薦商量，商量怎麼對付這些丘八。可是讓畢自肅措手不及的是，剛過了午飯時分，寧遠城中的軍隊就發生了嘩變！一群接一群如狼似虎的亂兵闖進巡撫衙門，高喊著欠債還錢的口號，在巡撫衙門裏見人就打，見東西就搶，畢自肅也在措手不及下被亂軍綁架，捆到了寧遠城的城樓上。
畢自肅被五花大綁捆到城樓的柱子上時，寧遠城裏已經徹底亂了套，成群結隊的亂軍在街道上橫衝直撞，高喊著‘畢自肅故意不發軍餉，我們不如反了算了’的口號，到處的打家劫舍，殺人放火，畢自肅從京城帶來的仆人和親隨首先遭殃，當街被砍成了肉醬，私人財物被搶劫一空；還有寧遠的糧倉錢庫也被亂軍砸開，官倉裏儲存的糧食和銀錢同樣被掃蕩一空。不過最慘的還是前任遼東巡撫的對頭李應薦，他被亂軍堵在巡撫衙門的後花園裏，當場活活打死，他在寧遠的家人也被殺得幹幹淨淨，居住的宅院更是被一把火燒得精光，同樣和前任遼東巡撫做對的寧遠監軍胡良輔則在混亂中不知所蹤，生死不明。與此同時，畢自肅本人也在城樓上遭受了難以想象的殘酷折磨，數以百計的亂軍士兵借口他故意克扣軍餉，對他不僅是百般侮辱，拳打腳踢，還喪心病狂的把他的耳朵和鼻子割掉，又拎來馬桶，將桶中大便小便澆滿他的全身，素有清廉直名的畢自肅遭受如此侮辱，自然是羞憤欲死。
四月初三，收到消息的熊廷弼率領大軍兵臨寧遠城下，鎮壓叛變，隻可惜此刻的寧遠城早已經落到了叛軍手中，熊廷弼若要強攻，勢必就是兩敗俱傷的局麵，而且畢自肅也在叛軍手裏，如果強攻，必然危及畢自肅性命。無可奈何之下，熊廷弼隻得派遣使者入城談判，要求叛軍放下武器，開城投降，叛軍首領楊正朝和張思順則向熊廷弼提出了三個投降條件，第一，立即下發軍餉；第二，保證不追究叛軍所有成員的任何責任；第三，要求熊廷弼上書朝廷，嚴格懲處克扣軍餉導致兵變的畢自肅，請袁巡撫回來，繼續當遼東巡撫。而熊廷弼當然隻能答應第一個條件，還有保證隻處理少量手上沾有命案的叛軍士兵，叛軍同樣不答應，結果談判破裂，熊廷弼也隻能下令攻城。