1537年，李時珍20歲那年，蘄州鬧大水，蘄河兩岸淹得一片汪洋大海。後來，水退了，地方上接著發生了各種各樣的流行病。那個吃糧不管事的惠民藥局，還是照著它的樣子辦事，愛開就開，愛關就關。關門的時候，任憑病人們在門外叫呀，吵呀，一概不管。因此，城裏城外的幾個私家醫生的擔子，也就更重了。
玄妙觀裏，從早到晚擠滿了病人。李時珍幫著父親打發了一批又一批，父子倆忙得連吃飯的時間都沒有。李時珍怕父親過於勞累，總要爭著多看幾個病人。每天晚上，他還要出去給那些病得不能來的人診治。
那時候，沿城濠地方，水還沒有退盡，進出城都要坐船。李時珍按照過渡的規矩給擺渡的留下一文錢。那擺渡的馬上把錢拿起來，使勁兒塞還給他，埋怨他怎麼也給錢啊。
李時珍夜診歸來，擺渡的遠遠地看他手裏提的那盞白紙燈籠，便馬上把船搖過去接他。他招呼了一聲後，坐在船靜靜聽著船槳水的聲音，想起這裏街坊人們對他家的情意，想起了自己現在享受的，正是他父親享受了多年的東西，心裏有說不出來的感動。第二天，李時珍又開始為眾人治病，就把什麼疲勞都忘記了。
那時，地方上害脹病的人很多，這是水災後很容易出現的毛病，也是醫生曆來感到頭痛的病。李時珍把他從《外台秘要》那些醫書上得來的治脹的知識，重新作了一番分析，結合具體情況，靈活運用。這樣，他治好了很多人。他的這種出色的療法，不久就在蘄州醫生間流傳開來。
有一位很要好的醫生，跑來向李月池祝賀說：“我不是因為你有一個好兒子高興，我是高興咱們這一行中，又出來一個人才。這孩子膽大心細，將來一定會幹出一番大事業來。老兄，恭喜你呀。這都是你培養出來的。”李月池聽了，真是高興極了。
自從李月池答應讓兒子跟著自己學醫以後，他在自己身旁放了個座位。他看病診脈，口授藥方，讓李時珍開藥拿藥。李月池還告訴兒子不同方劑藥物的配伍用量情況、藥物的協同作用以及如何抑製藥物的毒性等。
比如，方劑的組成，必須按照“君、臣、佐、使”的配合規則。“君”藥是方劑中治療主症、起主要作用的藥物，根據需要，可用一味或幾味。“臣”藥是協助主藥以加強其功效起治療作用的藥物。“佐”藥是協助主藥治療兼症或抑製主藥的毒性和劇烈的性味，或是反作用的藥物。“使”藥是引導各藥直達疾病所在或有調和各藥的作用。
李時珍跟隨父親開藥、抓藥，不僅認識了許多藥物，還了解到藥的四氣、五味、升降浮沉等特性。“四氣”就是寒、熱、溫、涼四種藥性。藥性的寒涼和溫熱是與病證性質，熱性病證、寒性病證相對而言的。李時珍了解到，能夠治療熱性病證的藥物.屬於寒性或涼性。如黃連是寒藥，治熱病瀉痢；茵陳蒿微寒，即是涼藥，治黃疸身熱。能治寒性病證的藥物，屬於熱性或溫性。如附子是熱藥，能治因大汗而陽氣衰竭、四肢寒冷等；草果是溫藥，即是微熱，能治因胸腹冷痛而發冷較重的症疾。藥物還有辛、甘、酸、苦、鹹五種味道。辛味能散能行；甘味能補能緩；酸味能收能澀；苦味能瀉能燥；鹹味能軟堅潤下；淡味能滲濕利小便。藥物作用的趨向又有升降浮沉。升是上升，降是下降，浮是發散上行，沉是痢疾下行。升浮藥上行而向外，有升陽、發表、散寒等作用；沉降藥下行而向內，有升陽、降逆、收斂、清熱、滲濕、瀉下等作用。
父親還常常結合過去治病時發生的情況，給李時珍講一些治病救人的道理。
有一天，天昏地暗，電閃雷鳴，一場偏東雨下起來。一個漢子全身濕透，抱著一個六七歲的小孩子衝進玄妙觀來。小兒雙目緊閉，已經昏迷過去。那漢子驚慌地告訴李月池，他的孩子最怕雷，打雷就不省人事，請郎中相救。
父親趕緊叫李時珍取出一瓶高粱酒，倒了一小杯，灌進小兒口中。那孩子頓時蘇醒過來，哇哇地哭。父親對李時珍說，這個小孩是受驚恐而昏迷，醇酒是治驚恐而昏厥的良藥，這個小孩如此怕雷鳴，隻因氣虛。要是能治好氣虛，今後就不會再怕雷鳴。
那漢子聽說郎中能治兒子聞雷即昏的怪症，忙求郎中賜藥。父親一麵口述藥方叫李時珍開藥，一麵向他講述配方的道理。這個小兒氣虛兼血虛，應以人參為君，做主藥以補氣虛，安魂魄，止驚悸，除邪氣。以當歸為臣，輔助人參補血虛，以麥門冬、五味子為佐，麥門冬可以輔佐當歸防止補後血熱侵肺，五味子可以輔佐人參鎮心、潤五髒。
李時珍開好藥方，用心記住父親的話，抓好藥。於是那漢子抱著又活潑起來的兒子走了。後來，那漢子又來抓了幾服藥，並告訴時珍父子，兒子的病好了，再也不怕打雷了。