好不容易等到大水消退，外出逃荒要飯的人陸續返回家鄉。由於拋屍荒野的餓死的人無人收殮，加上腐爛的殘枝敗葉，淹死的牲畜在烈日的曝曬下蒸起的腥風惡臭，迅速地釀成了傳染病的流行。一個又一個家庭，一個又一個的村落被傳染病侵襲著。
父親的診所在成百上千病人的包圍中顯得蒼白無力。他從早到晚診治病人，弄得精疲力竭。但是病人仍然越來越多。一天晚上，父親看完最後一個病人，回到家中，已是半夜時分。李時珍在大門外等著父親，把他接到堂屋坐下，興奮地說：“我在瓦硝壩試行了一套驅逐瘟疫的新方法，很奏效。現在瘟疫在蘄州城南的15個村莊已經製止住了。明早我陪你去看一看。”
父親心想：要是真能抑製住瘟疫，百姓就有救了。現在瘟疫流行，而統治者卻不顧人民死活，不理不問。一個好醫生應該負起濟世救人的責任。
於是，第二天清晨，父子倆各飲了一杯能避瘟疫的鬆葉酒，便出門了。他們順著瓦硝壩街麵上的石板路緩緩而行，隻見街道兩旁的房屋已修葺一新，飯店、茶館、當鋪、貨攤，重新出現在街上，早已互不來往的人們，又熙熙攘攘地在大街上徜徉。這是大瘟疫流行以來少見的喜慶景象。
父子倆隨意踏進一座四合院，隻見院內彌漫著一縷淡淡的煙霧，飄散著一陣陣煙熏的香味。李時珍告訴父親：街上家家戶戶每日都要用蒼術熏煙。父親點頭道：“蒼術可以除山嵐瘴氣，去鬼邪。”四合院的主人看見熟識的醫生父子進院，忙迎了出來。這是一對老年夫妻。老漢身體很結實。老婆婆正在往院落中的一口大灶中添柴加薪，灶上的大鐵鍋中放著一副蒸籠，正冒著騰騰的熱氣。老漢見李月池詫異，忙笑著說：“蒸籠裏蒸的不是饃，而是按貴公子的吩咐，把病人的衣服用蒸籠蒸過，這樣一家人都不會染病。”
李時珍接著告訴父親自古醫書上都沒有記載這種方法，是我自己琢磨出來的。我想，為什麼一人生病，全家會傳染上呢？病通過什麼途徑傳染呢?我以為，一是衣物，二是食物。要是能夠隔絕病人的衣服、食物，一定能對疾病的傳播起到阻抑作用。於是我就用蒸籠蒸病人衣物，用蒼術熏煙避瘟疫，用蘭草（澤蘭）燒湯沐浴，把麻子仁、赤小豆放到井水中驅邪，飲鬆葉酒、椒目酒除瘟病。采用這一套辦法後，瘟病的傳播就逐漸緩慢下來。”
此後，父親讓李時珍將這一套辦法在疫區推廣。果然瘟疫被迅速地撲滅了，百姓重新安定了下來。
李時珍認為，一個醫生為人治病固然重要，但預防疾病更重要。他在《本草綱目》中，僅“瘟疫”一病，就收集具有預防傳染流行的中草藥達130種之多。並製立即有煮沸消毒，也有煙熏避疫，湯浴除瘟，又有內服防病等多種多樣的預防措施。在16世紀中葉，李時珍能夠提出蒸汽煮沸消毒的方法，這是一個曆史的創舉。
這樣，李時珍的名氣開始在蘄州一帶傳開了。
李時珍是一個醫藥都精通的大家。他對中醫的基礎理論《內經》和中醫辨證論治規範的經典著作《傷寒論》（張仲景著）尤為精通，並在此基礎上，博覽群書，去粗取精，去偽存真，形成了自己的既繼承又發展了諸家學說的有係統的中醫藥理論。他在自己的行醫中，靈活地運用於臨床實踐。