李時珍自從練內功之後，醫理、醫術進步很快，他一麵在顧問的藏書樓裏博覽群書，一麵又隨父親臨床治病。在玄妙觀仍然是父親診病開方，李時珍抓藥。每次遇見病人，李時珍總是切脈後自己先開個藥方，然後再與父親開的相對照，找出不同，向父親詢問其中原因。
有一天，父親外出巡診，留李時珍守藥鋪。忽然，幾個官差風風火火地來到玄妙觀，說是荊穆王的寵妃胡氏得了急病。見李月池不在，拉了李時珍就走。
李時珍來到荊穆王府，隻見王妃躺在床上不停地呻吟，痛苦得在被褥中翻滾。荊穆王在屋內急得團團轉。原來，因為王妃飯後與家人發生爭吵，一生氣，引發了心痛病。隨後，又三日不通大便.腹痛難忍。王府請了不少醫生，吃了不少藥，都不見效。荊穆王已下令準備後事。有人說瓦硝壩玄妙觀的李月池醫術高明，便派了官差來請，誰知李月池不在，抓了一個青年後生來交差。荊穆王顧不得許多，便叫李時珍治病。
從前給王妃看病的醫生開的藥方都很複雜，少則幾味，多則十幾、十味藥，一大包，可李時珍的藥方隻有一味藥，藥量又少。王府的差人拿著藥方，非常猶豫，便去請示荊穆王。荊穆王想，也隻有這樣了，叫人快去抓藥。藥抓來後，李時珍讓人溫好一壺酒，用溫酒調好延胡索末，請王妃服下。奇跡出現了。王妃服藥下去一會兒，便解了大便，心腹痛全部止住了。荊穆王大喜，留李時珍在王府住下.直至治好了王妃的病，才重重地酬謝了他，送他回家。到家之後.李時珍把治療荊穆王妃心痛病的經過，向父親敘說之後，父親大為讚賞。於是父親在玄妙觀內為他專門設了一個醫案，讓他單獨診病。但為了病人的安全，李時珍要把開的處方給父親過目以後，才抓藥給病人。
一天，一個年過五旬的重病人被人抬進玄妙觀。李時珍一麵為病人切脈，一麵聽病人親屬敘述病史。原來，病人平時喜歡飲酒。這年冬天，母親病逝，他悲痛欲絕，一麵飲酒，一麵哭母，結果受寒病倒。由於沒有及時治療，拖成慢性病，時時發作。一發作便上吐下瀉，以至昏厥，李時珍診病後，開了一劑升麻葛根湯加四君子湯，外加蒼術、黃芪，一共12味藥的方子，交給父親過目。
父親看了藥方後問李時珍你為什麼用升麻為君，柴胡為臣？”
李時珍說這個人的病症主要是因為過分優傷引起元氣大損，導致腎陽下陷，各種症狀的出現。隻有從升發陽氣人手，才能根治此病，不能頭痛醫頭，腳痛醫腳。升麻有升陽解毒的功效，柴胡有治陽氣下陷、平三焦相火的作用，因此，我用升麻為君，柴胡為臣做主藥，再配以治療其他症狀，減輕主藥副作用的藥物作輔藥，開了這個藥方，不知對不對?”父親連連點頭，稱讚兒子診病準確，對症下藥得當。這個病人在李時珍精心治療之下，幾服藥服用後，便全好了。父親從兒子的這一醫案，看出兒子已經成熟，可以出山了。
公元1542年（明嘉靖二十一年），25歲的李時珍，正式開始行醫了。
公元1545年（明嘉靖二十四年），蘄州一帶發生大水災。山洪暴發，江河橫流，淹沒了方圓幾百裏地的房屋樹木，吞沒了無數的村莊。無邊無際的水麵上漂浮著茅草、枯枝敗葉、桌椅板凳、死豬、死牛，餓死的人被水泡得脹鼓鼓的，在水中一沉一浮。