接著，北宋名儒司馬光、範仲淹、韓維等也相繼到此講學。二程兄弟因此有機會與司馬光、呂公著、張載等，在洛陽煮酒論詩評時政，批評王安石的新法與新學。
程顥不僅在嵩陽書院寫下了《代少卿和王宣徽遊崇福宮》的瑰麗詩篇，而且二程兄弟的一批名著大都在洛陽形成。
在二程的著作中，涉及王安石的新法與新學近四十多處。在評論王安石治《易》時，二程除肯定了王安石《易義》在易學史上的地位，即讚同其治《易》方法，稱其為百家爭鳴中的一家外，但對王安石《易義》中的具體詮釋多持批評態度。同時，也抨擊了王安石的“道分為二”的思想。
二程指出，理便是道。王安石把道分為天道與人道，就不成其為道。從而二程兄弟通過在洛陽的講學活動，建立了與王安石新學相抗衡的洛學。朱熹後來指出，程顥居洛幾十年，“在仕者皆慕化之，從之質疑解惑；閭裏大夫皆高仰之，樂從之遊；學士皆宗師之，講道勸義”。
不僅如此，二程兄弟走到哪裏便在哪裏傳經布道，培育了一批知名弟子。元豐元年（1078年），程顥在著知扶溝縣時，亦設館授業。
這時，程頤在京師遇見學人遊酢（字定夫）“資可進道”，決定收其為徒，遊酢欣然前往扶溝拜二程為師。1081年又陪同楊時同往潁裏，就學於程顥。元豐五年，遊酢一舉進士及第。後來他與楊時均成為著名理學家、教育家、書法家、詩人。元豐元年冬，上蔡縣學者謝良佐（字顯道），慕名前來程顥門下從學。謝顯道學識過人，尤其記聞該博，對人稱引前史，可以不差一字。他自律甚嚴，聽了“明道玩物喪誌”的警語，背汗麵赤。有人問勢利，他說“打透此關十餘年”了，又問色欲，則說“斷此二十年”了。其平時修為如此。元豐年間中進士，官至朝奉郎散騎尉。與遊酢、呂大臨、楊時一同受業於“二程”，被時人稱為“程門四先生”，著有《論語集解》等書，事跡載《宋史·道學傳》。
1079年，藍田人呂大臨也前往扶溝拜二程為師，《元豐己未呂與叔東見二先生語》（《二程遺書》卷二）中專門記載了呂氏求學的經過，二程關於“理”或“天理”的論斷，以及著名的《識仁篇》即載於其中。他說：“學者須先識仁。仁者，渾然與物同體。義、禮、知、信皆仁也。”（《二程集》p16）程顥成名後，當地將此校命名為“大程書院”，時至今日，該書院仍具有相當規模。
元豐四年（1081年），二程兄弟寓穎昌（今許昌），著名詩人、仁宗時副宰相韓億的兒子、王安石的密友韓維（字持國）知穎昌府，與二程兄弟交遊密切。
是時，學人李端伯專程前來從學於二程，李氏撰寫的《端伯傳師說》不僅記錄了二程與韓維的問答語，還被收入《二程遺書》卷首。在對話中，明道指出，“道即性也”，要去性外找一個客觀規律的道，自然是不可能的。他說：“上天之載，無聲無臭，其體謂之易，其理則謂之道，其用則謂之神，其命於人則謂之性，率性則謂之道，修道則謂之教。”同時指出：“富貴驕人，固不善；學問驕人，害亦不細。”
同年，程顥以奉養年邁的父親為由，辭官居洛陽，與弟弟一起全身心地講學布道。頓時，四方弟子雲集，房屋顯得不夠用。程頤看在眼裏，急在心頭。
此時天下承平，求學士子日益增多，官學無法負擔教育的任務，書院的地位更顯重要，成為取代部分官學的重要教學機構。書院的創建如雨後春筍般紛紛設立。
於是，程頤就與程顥商量，決定擴大辦學規模，籌建書院。得到程顥的支持後，程頤於元豐五年毅然上書當朝宰相文彥博，希望將洛陽城南10公裏處——龍門山勝德庵上方寺附近的“荒蕪無用之地”，撥給其作為學田，以供著書講學資用。
文彥博不僅是三朝元老，也是程家世交。同時，還是同情與支持二程的政治主張的當朝權貴之一。所以，當程頤提出上述要求後，文彥博立即複信：“先生斯文己任，道尊海宇，著書立言，名重天下……吾伊闕南鳴皋鎮，小莊一址，糧地十頃，謹奉構堂，以為著書講道之所……”（見盧連章著《程顥程頤評傳》）毅然把自己在鳴皋鎮鳴皋村一處莊園贈給了程頤。
鳴皋的地名源於《詩經》中“鶴鳴九皋”，九皋山主峰有鶴鳴觀。《詩徑·小雅·鶴鳴》雲：“鶴鳴於九皋，聲聞於天。它山之石，可以攻玉。”古人把九皋山看做是離天最近的地方。《史記·周本紀》記載周武王卜定洛陽王城時，曾“南望三塗，北望嶽鄙，顧瞻有河，粵瞻伊洛，毋遠天室”。“三塗”即九皋山，周武王把它看作天室。九皋山是古都洛陽南邊的屏障，有泰山之雄、華山之險、黃山之奇。“九皋白雲”蔚為奇觀。
一次，二程兄弟沿著一條形如天梯的小路攀登九皋山主峰，直上直下，十分險峻。當他們登臨主峰極目遠眺，頓時陸渾河水宛如一麵寶鏡，伊闕龍門似天室之門，伊川及其鄰縣的秀麗風光盡收眼底，飄飄然有如成仙。他們不禁想起唐代大詩人李白到此一遊，發出的“欲臥鳴皋絕世塵”的感歎。進而，程顥口裏念念有詞，吟誦起李白登九皋山所吟《鶴鳴九皋》。詩曰：
“昭化成仙質，長鳴在九皋。排空散清淚，映日委霜毛。萬裏思寥廓，千山望鬱陶，香凝光不見，風積韻彌高。鳳侶攀何及，雞群忽思勞。升天如有應，飛舞出蓬蒿。”
當他們俯瞰九皋山下的酒後村（又名海角鎮），又讓他們想起了當年秦始皇“焚書坑儒”，孔子九世孫孔鮒避難於此，使孔子著作得以保存下來的典故。後來宋代宰相張齊賢，曾在此建立“和樂書院”，並安息於此，有《宋司空張文定公墓神道碑》。
再看九皋山西邊的鳴皋村，位於洛陽古城南百餘裏，離伊川縣城相距17公裏。它東隔伊河與巍巍九皋山遙首相望，西依卷蒼牛芒山。境內地勢西高東低，屬丘陵狀淺山區，最高處海拔931米。這裏交通四通八達，東與汝陽毗鄰，可通往平頂山、魯山、南陽、安徽等處；北至洛陽，西又可達三門峽、西安、甘肅等地。
程頤通過對城鄉進行一番調查後發現，城內居民眾多，工商各業活動繁雜，對士子們研究學問、潛修德業造成不良影響。而這裏“綠滿千層皋山秀，碧平萬裏伊水明”，如此風景清幽，遠離塵囂，可避免物質引誘，得以潛思力學，涵養德性，師生在此山明水秀、鳥語蟬鳴的幽靜環境中，以達變化氣質之效。於是，他接受文彥博所贈的莊園後，立即在此建立伊皋書院（現為伊川書院）。經過緊鑼密鼓的建設，一個擁有12個房間的書院建成了。其中正房5間為講堂，東西廂房各3間，是弟子居住的地方，大門一間。另有宅田10畝，糧地10頃，以贍生徒。
書院草創時，由程顥擔任“山長”（即書院的主持。有人解釋山長是從“山中長老”一詞中簡化而來）。山長負責書院的管理工作，又承擔書院主要的教學工作。程頤開始擔任副山長，主持日常工作，程顥逝世後繼任山長。書院還設有堂長、助教、講書、學長、管幹、典謁、引讚等職。其中堂長、管幹、典謁、學長、引讚都是由書院中的學生挑選出來的，可以領取報酬。典謁是書院專門設置的接待人員；引讚相當於禮生，類似今天周會時的司儀；堂長則擔任教職員主管一職。
由於二程按照“學校是興國治邦之本、養賢育才之地、移風易俗之所”的教育理念長期精心打造，伊皋書院逐步從傳統私學的窠臼中脫離出來，在講學、藏書、祭祀、教學管理、課程設置等方麵趨於製度化、正規化，呈現出如下特色：
在招生對象上，致力於弘揚孔子“有教無類”的精神，擴大平民享受教育的機會。對學生之入學年齡，無任何限製。隻要有心向學，不論年齡長幼，均可入院就學。書院學生之修業年限，也不作任何規定，天資聰穎者，不必修業太久，有的則自願追隨名師長達數十年，是以完全尊重學生之意願。
在教育內容上，二程繼承了孔子“文、行、忠、信”（《二程集》p1146）的教育思想，發展成為尊師重教、讀經明理、教之以德和獎勵優秀四大方麵。其教材內容以四書及五經為主，兼以政法、史書、訓詁、音釋等。
在教育方法上，程顥曾引用孟子的話說：“教亦多術矣。予不屑之教誨也，是亦教誨之而已矣。”（《二程集》p389）主張教育方法的多樣性與靈活性。在長期的辦學實踐中，二程探索出養正於蒙、因材施教、窮經致用、循序漸進、由博及約、憤悱而發、窮追善問、默識心通、立誌於學等行之有效的教育教學方法。
書院講學通常采用講演式，主講人登席講授經文，敷陳經義。
一般說來，二程往往是鳴鼓升堂，行禮入座，學生按名排坐。除講堂講學外，更有撫琴歌賦，徐步觀瀑等活動，以調劑身心。同時，還采取問答討論式、隨機啟發式、高徒代講式和內省頓悟式等多種教學方式教學，深受學子歡迎。於是，二程“講易經、授理學”，求教者日夕盈門，“學者出其門最多，淵源所漸，皆為名士”。大家切磋學問，探求理學真諦，針砭時弊，揮斥方遒。伊皋書院因此一躍成為中原三大書院之一。
在書院中，二程雖然是山長和名師，但他們常常以理義嚴格規範自己的行為，為人師表，把學生當作自家子弟來看待，並能觀察入微了解學生的優點而讚美。
在教書育人方麵，二程把關心徒弟們的德性學業放在首位，教導學生，從“擴展知識”到“懂得必須達到至善境界”，從“意念真誠”到“平治天下”，從“灑水掃地和有禮貌地回答長者”到“窮盡萬物之理和充分發揚善良本性”，一步一步地循序漸進。