一、醌類化合物的結構類型醌類化合物在天然植物中分布較廣，如大黃、何首烏、蘆薈、紫草、番瀉葉、決明子和虎杖中都含有醌類成分，主要分布在植物的根、皮、葉及心材中，也可在莖、種子、果實中。醌類化合物通常具有消炎、抗菌、抗病毒、能凝血和抑製癌症等生物活性。醌類按其化學結構可以分為四類：苯醌類（benzoquinones）、萘醌類（naphthoquinones）、蒽醌類（anthraquinones）、菲醌類（phenanthraquinones）。
(一)苯醌類
苯醌類化合物從結構上可分為鄰苯醌（O-quinone）和對苯醌（p-quinones）兩大類。
由於鄰苯醌結構不穩定，所以天然植物中存在的苯醌類物質多為對醌的衍生物，並且在苯醌母核上常帶有—OH、—OCH3和—CH3基團和更長的烴類側鏈。如2，6-二甲氧基苯醌是黃色結晶體，熔點260℃，存在於中藥鳳眼草（Ailanthus altissima Swingle）和於春福壽草（Adonis vernalis L.）中，具有較強的抗菌作用；信筒子醌是橙紅色發亮的板狀結晶體，熔點147℃，存在於白花酸藤果（Embelia ribes Burm.）的果實和木桂花（E.oblongifolia Hemsl.）果實中，具有驅除絛蟲的作用；麝香草醌（thymoquinone）是黃色片狀結晶體，熔點48℃，存在於苦茴香（Seseli hippomarathrum）等揮發油中。
泛醌類（ubiquinones）物質廣泛存在於自然界包括微生物、植物和動物體，如酵母、植物葉子、種子以及動物的心髒、肝髒和腎髒中，它能參與細胞的基本生化反應，是生物氧化反應的一類輔酶，又稱輔酶Q（coenzymes Q），其中輔酶Q10是人們關注的熱點。輔酶Q10為黃色或淡黃色晶體，無臭無味，易溶於氯仿、苯和四氯化碳，可溶於丙酮、石油醚及乙醚，微溶於乙醇，不溶於水與甲醇，熔點為49℃，它對心髒病、惡性腫瘤、高血壓、腦血管障礙、壞血病和急性肝炎疾病有極好的療效，可作為肌體非特異性免疫增強劑、細胞代謝及細胞呼吸激活劑。輔酶Q10的製備方法有：動植物細胞提取法、植物細胞培養法、化學合成法和微生物發酵法。
對苯醌在堿性條件下可被次亞硫酸鈉等還原為氫醌（hydroquinones），但氫醌在光、熱或其他氧化劑作用下容易被重新氧化成對苯醌類。泛醌正是通過這種可逆的氧化還原過程，在生物機體內起著重要的電子傳遞媒介作用，參與生物機體內的氧化磷酰化反應等。
（二）萘醌類
從結構上考慮，萘醌類化合物可以有α-（1，4）、β-（1，2）及amphi-(2，6)三種類型。但從自然界得到的幾乎都是α-萘醌類。萘醌物質多帶有羥基。
胡桃醌（juglone）是橙色針狀結晶體，熔點159℃，有抗出血的生物活性，臨床上用作抗菌、抗癌及中樞神經鎮靜藥劑。存在於胡桃（Juglans regia L.）未成熟的果皮中。它的幾種還原衍生物也都具有抗菌的生物活性，如α-氫化胡桃醌（α-hydrojuglone），熔點170℃，α-氫化胡桃醌4-葡萄糖苷，熔點216℃（分解），β-氫化胡桃醌（β-hydrojuglone）等。
蘭雪醌（plumbagin）是橙色結晶體，熔點77℃，有刺激性臭氣，並能刺激皮膚起泡，具有鎮咳祛痰作用，臨床上作為抗菌素，靜脈給藥用於治療葡萄糖球菌感染所引起的癤和痤瘡，存在於白雪花（Plumbago zeylanica L.）全草中。拉帕醌（lapachol）是黃色晶體，熔點143℃，能抑製促性腺激素對不成熟鼠卵巢的影響，臨床發現有抗癌作用，存在於拉帕心材（lapacho heartwood）中。
紫草素（shikonin）又稱紫草根、紫草醌、紫草寧，由傳統中藥紫草而得，是紫棕色片狀結晶或結晶性粉末，熔點149℃；乙酰紫草素（Acetylshikonin）又稱乙酰紫草醌，紅色針狀結晶（石油醚），熔點92～94℃。紫草素和乙酰紫草素均不溶於水，溶於醇、有機溶劑和植物油。易溶於堿水，加酸又沉澱析出。多結合成酯存在，具有止血、抗炎、抗菌、抗病毒及抗癌作用。衍生物還有異丁酰紫草素（O-isobutyryl shikonin），熔點90℃，O-β，β-二甲基丙烯酰紫草素(O-β，β-dimethyl-acryl shikonin)，熔點114℃，O-β-羥基異戊酰紫草素(O-β-hydroxyiso valeryl shikonin)，熔點92℃，三甲基丙烯酰紫草素(teracryl shikonin)為油狀液體。
（三）菲醌類
菲醌衍生物包括鄰醌和對醌兩種類型。
中藥丹參（Salvia miltiorrhiza Bge.）根中含有多種菲醌衍生物。如丹參醌Ⅰ（tanshinoneⅠ）又稱丹參酮Ⅰ，亮棕紅色的柱狀結晶（甲醇），熔點232℃；丹參醌ⅡA（tanshinone ⅡA）又稱丹參酮ⅡA，紅色小葉片狀晶體（甲醇），熔點198℃；丹參醌ⅡB（tanshinone ⅡB）又稱丹參酮ⅡB，熔點200℃，紫紅色針狀結晶（甲醇）；隱丹參醌（cryptotanshinone）橙色片狀結晶體（甲醇），熔點182℃，它們具有抗菌和擴張冠狀動脈血管的作用，用於治療金黃色葡萄糖球菌等引起的癤、癰、蜂窩組織炎和痤瘡等疾病，對冠心病和心肌梗死也有一定療效。
（四）蒽醌類