醌類化合物的顏色會隨取代基的不同而發生變化。如果母核上沒有酚羥基取代，則為無色或淺黃色。隨著取代的助色基團增多，顏色越來越深，會呈現暗紫紅色或暗棕紅色。蒽醌衍生物大多有熒光，並會隨pH的不同而發生變化。
3．溶解性
遊離醌類極性較小，易溶於乙醚、苯、氯仿等有機溶劑，可溶於甲醇、乙醇和丙酮，微溶或不溶於水。和糖結合成苷後極性顯著增大，易溶於甲醇、乙醇中，在熱水中也可溶解，但在冷水中溶解度大大降低，並幾乎不溶於苯、乙醚和氯仿等極性較小的溶劑。
4．升華性
遊離醌類化合物一般具有升華性，在常壓下受熱可升華而不分解。如蘆薈大黃素升華溫度為185℃，大黃素為206℃。小分子的苯醌和萘醌具有揮發性，能隨水蒸氣蒸餾，由此可進行提取和精製。
5．酸堿性
醌類化合物帶有酚羥基，故具有一定的酸性，易溶於堿性水溶液，加酸酸化後醌類又能沉澱析出。酸性強弱與分子是否含有羧基，帶有酚羥基數目和位置有關。通常，帶有羧基的衍生物酸性強於不帶羧基的；β-羥基蒽醌的酸性強於α-羥基蒽醌衍生物；羥基數目增多時，酸性增強。即：
這樣，針對蒽醌混合物酸性強弱不同，可以采用梯度pH萃取法進行分離，如用5%碳酸氫鈉、5%碳酸鈉、1%氫氧化鈉、5%氫氧化鈉溶液順次提取，就可以達到分離的目的。
6．顯色反應
醌類化合物多具有一些特殊的顏色反應，利用這一點可以達到鑒別醌類化合物的目的。
(1)無色亞甲藍顯色將無色亞甲藍（leucomethylene blue）溶液用作紙層析和薄層層析中的噴霧劑，若樣品中含有苯醌類和萘醌類物質，在白色背景上會有藍色斑點出現，而蒽醌類化合物則無此顯色變化。無色亞甲藍溶液可按下法配製：取100mg亞甲藍溶於100mL乙醇中，加入1mL冰醋酸及1g鋅粉，緩緩搖蕩直至藍色消失，即可備用。樣品最低檢出極限為1μg/cm2。
類似的還有Karius反應。在醌類化合物的石油醚溶液中，加入二乙胺，會呈現出不同的顏色，這是苯醌和萘醌區別於蒽醌的特有反應。
（2）Feigl反應醌類衍生物在堿性條件下加熱，可迅速與醛類和二硝基苯反應，生成紫色化合物。
在堿性溶液中，甲醛雖可與鄰二硝基苯發生反應，但需要很長時間。從反應式中可以看出，醛在反應中起還原劑作用，它首先將醌還原成二酚，後者再進一步反應呈色。而醌類化合物在反應前後並沒有發生變化，它隻是起到一個傳遞電子的媒介作用，使反應速率加快。醌類含量越高，反應速率越快。如取蘆薈苷水溶液1滴，加入25%碳酸鈉水溶液、4%甲醛溶液及5%鄰二硝基苯的苯溶液各1滴，混合均勻後置於水浴上加熱，1～4min之內就可產生顯著的紫色。
（3）堿性條件下的呈色反應羥基蒽醌類衍生物包括蒽醌苷遇堿性溶液（氫氧化鈉、碳酸鈉、氫氧化銨）時會發生反應，呈現橙、紅、紫紅甚至藍色，稱為Borntrger’s反應。此反應可以檢查天然植物中是否有蒽醌類成分。
通常，單羥基蒽醌呈色較淺，為紅～橙色，相鄰二羥基蒽醌多為藍色，非相鄰二羥基蒽醌則呈紅色，但1，4-二羥基蒽醌呈紫色。在同一環上有多羥基取代時，遇堿易氧化而逐漸變色，如1，2，3-三羥基蒽醌在堿液中顏色會從紅棕變為紅紫再變綠。蒽醌苷有遊離羥基的也會呈紅色。一些羥基蒽醌衍生物遇堿液，隻顯黃色，不呈橙黃色和粉紅色，羥基蒽醌的還原衍生物則不發生Borntrger’s反應。蒽酚、蒽酮、二蒽酮類化合物遇堿呈黃色，需要氧化成蒽醌後才可顯示特征顏色。由此可以看出，與環形成共軛體係的羥基和羰基直接影響顯色反應。
如取蘆薈苷晶體適量，加5mL 10%硫酸水溶液，置於水浴上加熱2～10min，自然冷卻，加2mL乙醚振蕩，靜置後分取醚層溶液，加入1mL 5%氫氧化鈉溶液，振蕩。醚層由黃色褪為無色，而水層顯紅色。
（4）與活性次甲基試劑的顯色反應（KestingCraven法）當苯醌或萘醌衍生物的醌環上有未被取代的位置時，它會在堿性條件下，與一些含有活性次甲基的化合物，如丙二酸酯、丙二腈、乙酰醋酸酯和腈醋酸酯等發生反應，呈現藍色或藍紫色，漸變為紫色或紫紅色或綠色，再轉為暗紅黃色。
如果萘醌環上有羥基取代，反應速率會減慢甚至不能進行。蒽醌類化合物因為醌環兩側均有苯環，故不能進行此反應。由此可以鑒別蒽醌和其他化合物。
（5）與金屬離子的反應如果蒽醌類化合物結構中有α-酚羥基或具有鄰位二酚羥基時，它可與Pb2+、Mg2+等金屬離子形成絡合物，呈現黃橙色或紫紅色。如蒽醌與0.5%醋酸鎂的甲醇或乙醇溶液反應可生成橙紅色、紫紅色或紫色的絡合物，反應十分靈敏，且絡合物的顏色會隨醌環上羥基的位置不同而不同，如果蒽醌母核上隻有1個α-OH或1個β-OH，或2個-OH基團不在同一側環上時，絡合物呈現橙黃～橙色；如果母核上已有1個α－OH，並另有1個－OH基團在鄰位時呈藍～藍紫色，在間位時呈橙紅至紅色，在對位時則顯紫紅至紫色；如果母核上有2個α－OH，分別接在兩個不同的苯環上，如蘆薈大黃素、大黃素、大黃酚等都顯橙紅色或粉紅色。借此可以判別羥基在蒽醌環上的結合位置。試驗操作時可將羥基蒽醌衍生物的醇溶液滴在濾紙上，幹燥後噴以0.5%的醋酸鎂甲醇溶液，於90℃加熱5min即可顯色。
蒽醌與pb2+形成的絡合物在一定酸性條件下會沉澱析出，因而此反應可用於精製該類化合物。