十、擁兵自重。傲視天下
吳三桂坐鎮雲南，一意欲保持他的特殊地位。他知道。欲保其特殊的地位，必須掌握軍隊和握有兵權。但是，戰事已結束，朝廷要裁撤軍隊，要收回兵權，是勢在必行之事。他作為大清王朝的一個臣屬，即便像他已是一個崇高的平西王，也是沒有任何理由予以拒絕的，要麼背叛朝廷，自行其事。顯然，他還沒有這個打算。他記得他的恩師洪承疇離開雲南時，授予的錦囊妙計：不可使邊疆一日無事。這就是說，要保持雲貴邊疆不安寧，不斷用兵，可使朝廷長久地倚重他，除三桂他人莫屬！活動在雲貴地區的農民軍已被肅清，惟一可以用兵的對象，就是苗、瑤、僮（壯）等少數民族地區。這些少數民族的酋長、頭人固然叛服無常，但在清朝統治日益穩周的形勢下，他們也得朝向新主，稱臣納貢。對他們的戰爭已無事可戰，那就製造事端，向他們發起攻擊！
還在康熙元年八月，吳三桂曾向朝廷報告，雲南形勢穩定，特別讚揚血雲南土司，傾心向化，大則抒誠獻土，小則效職急公，勤勞既著，勸勵宜先。查《滇誌》可據，忠悃有憑者，文職五十六員，武職十六員，請部給與號紙。”
朝廷得到這個報告，很感欣慰，以為南疆從此無事，天下無憂，可以長享太平之福。可是投過多久，情況又為之一變，雲南土司紛紛叛變，吳三桂屢屢向朝廷發出警報，請兵、請戰之奏，不斷從遙遠的雲南馳送京師。在這種情況下，朝廷別無選擇，惟依賴吳三桂主持全權，對叛變的土司展開征剿。
康熙三年（1664年）初，貴州水西（黔西）土司頭領安坤舉行反清起義。他本來在順治十五年已經降清，向朝廷稱臣。康熙元年，有一個叫常金印的，自稱是“開平王”的後人，從廣西來到水西，與安坤密謀反清。還有劉永寧、倪生龍、丁調鼎、李化龍等人來到阿堵牛場，宣布：“海上已立新君，國號平順，晉王李定國尚在，諭令起兵。”安坤信以為真，聚眾數萬人，任命其叔父安如鼎為總統，聯絡貴州土司羅大順等人，約定共取雲南。
安坤的師傅張默之嶽父皮熊，派蜀人陳進才等，向各路給散劄付。事出不密，陳進才被吳三桂的總兵沈應時擒獲，緊急向吳三桂報告。這一事件，給吳三桂造成了用兵的機會，他毫不遲疑地親督雲貴兵分兩路進剿。他自率雲南兵馬至畢節（貴州畢節），取道米羅、歸宗，直人果勇。令總兵沈應時、劉之複、都統吳國貴、副都統高得捷，參領李良棟等將駐兵大方（貴州大方），遏其要衝之路，令貴州提督李本深統貴州四鎮兵由大方的六歸河（黔西西南）會剿，屯糧三岔河，以期首尾夾攻。
吳三桂在向貴州提督李本深下達進軍的命令中，誤把六歸寫成“陸（大寫的“六”字）廣”（貴州息烽西），因此李本深即把部隊駐紮於陸廣，從貴州和四川調來的糧餉也存儲在陸廣鎮西，造成兩路軍聲援隔絕。吳三桂軍駐於龍場（奠州織金東），眼看糧餉將盡、外援不至，出戰不利，永順總兵劉安邦力戰而死，士氣受挫，土司安坤部眾則聲勢大振。吳三桂處於危險之中。
這時，安坤叔父安如鼎派人偵察貴州兵虛實，被活捉，李本深才知道雲南兵被困，急引兵增援。大破土司兵，兩路兵才得以會合。先在阿作峒擊敗土司兵，再敗敵於初得峒。蘭桂向朝廷報捷：“自二月至五月，斬獲無算”，“茁人膽落”。至六月，再敗安坤於紅岩峒。安坤攜妻子逃奔弄箐，由烏撤至烏蒙，這裏的土司不敢收留。他無處安身，被迫向吳三桂請降。吳三桂斷然拒絕，分兵繼續追擊。
十一月，吳三桂部將總兵官林世耀等自烏蒙進兵。安坤率眾抵禦，在波羅箐大戰，又被擊敗，清兵追至法地壟，將安坤擒獲；接著，又把安如鼎及皮熊等人擒獲，將他們一並處死。吳三桂繼續進兵，攻擊烏撒，俘獲土司安重聖、安重乾，就地斬首。吳三桂報捷：“蠻方大定”。永西少數民族的反清鬥爭被吳三桂鎮壓下去了。
吳三桂以優勢兵力，一舉掃蕩了貴州永西地區的反清活動，立即向朝廷提出在這裏設郡的建議。
吳三桂的上疏，首敘水西地區的曆史沿革，次敘茁、瑤等少數民族難於治理，尤其明天啟年閫“構亂”不已，明以巨大的人力物力財力，前後用兵二十年，仍沒有解決問題，究其原因，是“邊臣失策竹，剿撫不得其法。而他卻以一年的時間，徹底平定了水西的廣大地區。雖然他強調這一成功“實蒙皇上”“天討之靈”，但實質是向朝廷表個人之功。奏文的核心內容是，改革水西沿襲已久的土司酋長世襲一統製，置府州縣，設“流官”，把行政與財政等管轄權收歸朝廷，由朝廷任命官員，具體行使管轄權。
不管吳三桂出於何種動機，他首次提出在水西設流官的建議，具有重要意義。曆代統治邊疆少數民族地區。向以當地頭人、酋長為官，朝廷不過給個名義，實際統治權仍控製在他們手裏，而中央對他們的統治大體屬“羈糜”，不是直接地、而是間接地進行統治。所以，置府州縣、設流官，是對幾千年一統天下的土司製度的一個政治突破，比起土司製度，是一大進步，它發展和鞏固了中央王朝對邊疆地區的直接管轄權，對促進邊疆少數民族與內地漢民族的文化與經濟交流將起到積極作用。
朝廷認識到，吳三桂的建議有利於鞏固它的統治，很快就批準了他的奏疏，並責成他就新設的三府擬定新名。康熙五年（1666年）二月，朝廷正式命名土司安坤故地比喇為平遠府、大方為大定府、水西為黔西府；改比喇鎮為平遠鎮，調雲南曲尋、武霈總兵官劉文進任平遠總兵官。
當吳三桂遠征水西未返時，康熙四年（1665年）三月，雲南省城以東諸土酋乘機聯合起兵反清口此次起兵，以王耀祖為首，建年號“大慶”元年，謀取昆明，分遣王義、齊正攻陷易門（今仍名），轉攻昆陽（今普寧）、河西（嵋峨西）；祿昌賢攻陷寧州，再攻江川（新興東，星雲湖北）、通海（今仍名）、宜良（今仍名），取注江府（橙江）祿益奪取了嶍峨縣城、“開國公”趙印選攻彌勒（今仍名）、龍韜等攻石屏（今仍名），然後進襲廣西，還有王朔、李世等攻陷臨安府城（今建水）。
王耀祖分遭將士攻城奪地，當地州縣官不是被括捉，就是逃之夭夭。頓時，“滇南大震”。
雲貴總督卞三元、雲南巡撫袁懋功、提督張國柱等急忙調兵，分路反擊。吳三桂在水西得到告急的消息後，即遣總兵趙得勝援石屏、王輔臣援彌革，自己率所部返回昆明。四月七日，在新興一戰，將王耀祖擒獲，擊破大營城，進援易門，陣斬馬麟甲、李明陽，將易門包圍，十七日，擊破易門城，活捉齊正、王義等人。接著，分遣左都督何進忠、副都統高洪震、總兵趙得勝等進兵至宜良縣的竹子山，恢複寧州，祿昌賢在城破前先逃。王輔臣等擊破木城九座，在彌勒城下俘獲趙印選。形勢急轉直下，嶍峨、石屏、臨安諸城都重新被吳軍奪回口其餘州縣城池，也都“獲保全”。這次規模頗大的抗清行動，在吳三桂的指揮下，他們反給鎮壓下去一了。