他傾家興學，親手創辦集美學校與廈門大學，培養了無數人才，更使他享譽海內外。
抗日戰爭爆發後，陳嘉庚領導南洋華僑組織“南洋華僑籌賑祖國難民會”，募捐巨款，為抗戰作出巨大貢獻。
1938年秋，陳嘉庚向國民參政會提出了《敵未出國土前言和即漢奸》的提案，得到了全國愛國人士的熱烈讚揚，連國民黨內的投降派也不敢公然反對。著名的民主人土鄒韜奮稱讚這個提案說：“這寥寥十一個字，卻是幾萬字的提案所不及其分毫，是古今中外最偉大的一個提案。”
1940年3月，陳嘉庚以南洋華僑總會主席身份回國考察和慰問。他先後到重慶、成都、蘭州、西安、延安等地。
在延安視察時他看到中共領導人“勤勞誠樸，忠勇奉公，務以利民福國為前提，並實行民主化，在收複區鄉村，推廣實施，與民眾辛苦協作，同仇敵愾，奠勝利維新之基礎”，與國民黨統治區達官貴人貪汙腐敗、民不聊生的局麵形成了鮮明的對照，因而感到“無限興奮，夢寐神馳，為我大中華民族慶祝也”。
從此，他把中國的希望放在延安，寄托在中共身上，放棄了對蔣介石和國民黨政府的幻想，並斷定國民黨蔣政府必敗，延安共產黨必勝。
抗戰勝利後，針對國內進步人士要求國民黨政府“還政於民”的呼聲，陳嘉庚卻出人意料地為香港進步報紙《華商報》題詞“還政於民，謀皮於虎。蜀道崎嶇，憂心如焚。”當他聽說毛澤東主席要到重慶同蔣介石談判時，很擔心毛澤東的安全，曾打電報勸毛澤東不要到重慶去。
國共談判破裂，蔣介石撕毀“雙十協定”，破壞舊政協決議，在美國政府的全力支持下，發動了對解放區的全麵進攻。對此，陳嘉庚無比憤慨，於1946年9月7日以南僑總會主席名義，特電美國杜魯門總統、美參眾兩院議長以及駐華特使馬歇爾和美大使司徒雷登，要求美國立即撤退駐華軍隊，停止對國民黨政府的一切援助。電文稱：“本人代表南洋一千萬華僑，特向貴國呼籲，請顧全國際信譽，以日本為前車之鑒，勿再誤信武力可滅公理。”這份電報震動了全世界，引起了國民黨政府的惱怒，招致了它對陳嘉庚的迫害。但陳並未因此動搖妥協，而且還寫文章指出：“今者國內局勢幾已大定。東北華北人民已獲解放，華中、華南到處民變紛起。中共解放軍大舉南下，所向披靡，獨裁終必滅亡，民主終必勝利。”
自中共中央發布“五一”勞動節口號後，如何召開新的政治協商會議，成立民主聯合政府，成為海內外各界進步人士關注的一個問題。香港，中共香港工委負責人饒彰風找到了與陳嘉庚先生有，親密關係的莊希泉，對他說：“現在中國人民解放鬥爭已日益接近全國勝利，正準備召開新的政治協商會議，建立民主聯合政府。海外華僑也需要推舉一位僑領，以領導華僑工作。陳嘉庚先生是僑領的最佳人選。我們計劃請你赴新加坡一趟，邀請陳嘉庚先生回國參加政協會議，商議建國大事，行嗎？”莊希泉二話沒說，愉快地接受了這個任務。
不久，莊希泉赴新加坡，拜會了陳嘉庚說明了這一情況，並轉達了中共方麵的真誠邀請。
陳嘉庚當即表示接受邀請，但帶著顧慮說：“我擔心這樣一來，新加坡殖民當局會為難我的家人和我在南洋的產業。”莊希泉解釋說：“這不要緊的，你盡管回國內，你可以聲明，不是你自己要回去，而是國內發表了對你的任命，盛情難卻。這樣，當局考慮到各方麵的影響，以及與新中國的關係，不至於采取不明智的態度。”
聽了莊希泉的這番話，陳嘉庚很高興，表示願意回國，並邀請莊同他一道行動。
莊希泉說：“內見麵的。”請你先走，我還有些事情需要處理。我們會在國不久，陳嘉庚收到了毛澤東於1949年1月20日寫給他的親筆邀請信：
嘉庚先生：
中國人民解放鬥爭日益接近全國勝利，需召開新的政治協商會議，建立民主聯合政府，團結全國人民及海外僑胞力量，完成中國人民獨立解放事業。為此亟待各民主黨派及各界領袖共同商討。先生南僑碩望，人望所歸，謹請命駕北來，參加會議，肅電歡迎，並祈賜複。
毛澤東一九四九年一月二十日
接到毛澤東的邀請信後，陳嘉庚非常高興，立即複電說：“革命大功將告完成，曷勝興奮，嚴寒後決回國敬賀。”
2月間，他給在檳榔嶼的莊明理打電話，告之要回國去邀莊同行。直到4月初，莊明理才到新加坡，得知了事情的原委。船北上，陳嘉庚偕莊明理離開新加坡。作經香港，又繼續乘船北上。
6月3日，陳嘉庚一行抵達天津。
6月4日，陳嘉慶一行坐火車眾天津到北平，受到了董必武、林伯渠、葉劍英、李維漢、李濟深、沈鈞儒的熱烈歡迎。
6月7日，周恩來親自接陳嘉庚到京西香山雙清別墅同毛澤東晤談。會見時，朱德、劉少奇都在座。
故人重逢，分外親切，陳嘉庚在談話時，興奮和激動之情溢於言表。
1950年，陳嘉庚正式回國定居。