人文社會學科中的情況則較為複雜。雖然在有些領域，理論思維和工程思維也存在相當的張力，如自然哲學、認識論、曆史理論等方麵的研究和政策研究就明顯不同，但在大多數領域，這兩種思維是混淆在一起的。有一種現象頗能說明這一點。在人文社會學科中，那些得到公認的理論家在闡述完自己的理論之後很少能忍住不順便提出若幹對策建議的，在他們那裏，工程設計跟理論研究總是如影隨形。試想，要是歐幾裏得在《幾何原本》的每一條原理後都來一段應用對策建議，愛因斯坦在闡述完相對論後附一張工程技術圖紙，那一定顯得不可思議。
人文社會學科之所以不能像自然學科那樣清楚區分理論思維和工程思維，主要在於研究對象之間存在質的差異。自然學科中的理論學科（簡稱理學），單純以自然界的道理作為研究對象，單純以求解自然之理作為研究目的。自然界就其自身而言是一個無價值的世界，隻有“本來怎樣”的問題，沒有“應該怎樣”的問題，這使得理論思維就其內在過程而言不必受價值需要的幹擾。可以說，理論思維隻有在對自然界的研究中才能保持其思維品質的純粹性。人文社會學科的理論學科，麵對的是人的世界，這個世界隨時都在發生和解決“應該怎樣”的問題，同時依然存在著“本來怎樣”的問題，並且兩類問題總是相互纏繞。單純“應該怎樣”的問題落到實處就是工程問題“落到實處”幾字很重要。單純“應該怎樣”的問題，不落到實處屬於“說說而已”的評價問題，其中，價值意圖始終停留於主觀狀態。，不論在自然學科還是在人文社會學科，工程學科（簡稱工學）都以回應人的價值訴求為己任。不過，既然“應該怎樣”的問題是一種本然的人文社會現象，理論思維按其本性也能夠將其本然化。“應該怎樣”本然化後就成了“本來應該怎樣”，簡稱“本應怎樣”。“本應怎樣”從提問方式看和“應該怎樣”確實不同，但從提問內容看並無二致，這就造成了理學和工學在問題上難分難解、在思維上無從劃界的症結。
“本應怎樣”的問題是人文社會學科特有的難題，正是這個難題使得理學與工學之分沒有在人文社會學科中得到貫徹。由此帶來的首要的重大後果是：我們常常理所當然地將理論研究直接當作工程設計，將理論體係直接當作工程藍圖，總以為理論上成立就等於工程上可行，即使在實施中碰壁，也往往歸咎於或者理論還不夠成熟，或者施工不合要求，而意識不到根本原因在於我們混淆了理論思維與工程思維，用理論思維越俎代庖地去處理了本該由工程思維處理的問題。另一個後果是：我們還常常自覺不自覺地用工程思維去構造理論，將主觀的價值意圖對象化為客觀道理，把“應該怎樣”直接等同於“本來怎樣”。前者就是本書所謂理論思維的僭越，後者則為工程思維的僭越，二者正是本書所要全力分析和批判的現象。
需要說明的是：我關注理論思維和工程思維的僭越問題，根本意圖在於總結先前人文社會工程 我把工程分為物質形態工程和人文社會工程兩種基本類型。具體解釋見第二章。失敗的思維教訓，也就是說，人文社會工程是我在本書中的立足點，為此，我將把探究的重點放到理論思維對工程設計的僭越上，而對後一種僭越則主要探究其跟工程設計相關的方麵。