然而當這種準備工作正在進行的時候，大家知道，形勢又發生了變化。瓦羅本來準備率領著兩個軍團去加地斯，想把軍隊、船隻都集中在那裏。但是在他到達那裏以前，整個行省、所有的公社和城市，其中包括加地斯，都轉到愷撒的一邊去了。他的一個軍團開了小差。瓦羅沒有別的辦法，隻好把剩下的一個軍團交給愷撒指定的軍官，而自己則表示服從到科爾杜巴去，因為愷撒曾發布專門的命令要各地方當局的全體代表都到那裏去。
在科爾杜巴的人民大會上，愷撒在隆重的氣氛中發表了演說，感謝所有那些同他協力和幫助他的人。他以國家或他個人的名義對一些公社給予獎賞。他從科爾杜巴去加地斯，又從加地斯去塔爾拉科，而從近西班牙來的使團已在這裏等候他。在這裏他又舉行了同樣的一次隆重的集會，再次對一些公社和城市頒布了賞賜。但如果認為戰役已經完全結束卻是為時過早——除去西班牙的事情之外，還有瑪西利亞。
設防堅固的城市在半年中間進行了頑強的抵抗。而盡管瑪西利亞人在一次海戰中已經吃了敗仗，並且在多次出擊時遭到重大的損失，但他們隻有在一點希望也沒有的時候才投降。多米提烏斯·阿埃諾巴爾布斯這次又得以逃命了：他是乘坐快艇逃走的。愷撒接受了瑪西利亞的投降。不能認為他提出的條件是過於嚴厲的：瑪西利亞應當交出自己的全部武器、船隻、城市的金庫，接受羅馬軍團作為該城的衛戍部隊。不過他們卻保全了自己的城市和自己的獨立的（盡管是在形式上）地位。愷撒這樣做是“考慮到該城光榮的名字和古老的起源”。
還在瑪西利亞城下，愷撒就得知埃米利烏斯·列皮都斯因人民大會的授權而宣布他為獨裁官了。這是一個十分重要的消息，因為獨裁官除了其他一切權力之外，還有權召開民會以進行執政官的選舉，這乃是當時愷撒特別關心的事情。當然，隻是由市長官（praetor urbanus）來任命獨裁官，不能認為這是一個完全常見的現象，但無論如何，這樣的前例還是有的。
在這些日子裏，愷撒得到的消息並不都是同樣令人高興的。例如，人們得知，在加圖離開西西裏而庫裏歐率領著四個軍團一帆風順地在該島登陸之後，由於他看來是陶醉於輕易取得的勝利並且對敵人的力量估計不足，因而他隻帶著兩個軍團和五百名騎兵去阿非利加。但是在這裏，他卻不得不同普布利烏斯·阿提烏斯·瓦路斯相對抗——瓦路斯是在放棄了奧克西莫姆之後逃到阿非利加的，在這裏他受龐培的委托準備進行反對愷撒的軍事行動。開頭庫裏歐的活動是進行得十分順利的，他打敗了瓦路斯的軍隊，甚至被宣布為統帥，但後來在巴格拉達河河畔同趕來幫助瓦路斯的努米地亞國王優巴作戰時卻遭到了決定性的失敗，他自己也戰死了。
此外，在伊利裏亞沿岸一帶的海戰中，多拉貝拉失掉了自己的全部艦船（總計四十艘），而趕來幫助他的蓋烏斯·安托尼烏斯（那位保民官的兄弟）則被龐培派的領袖屋大維和斯克裏波尼烏斯封鎖和包圍在伊利裏亞沿海的庫爾裏克泰島上，結果他和他的全部軍隊（十五個步兵中隊）不得不向勝利者投降。在阿非利加以及在伊利裏亞的這些失敗使形勢複雜化了，甚至使西班牙戰役的成功也成了問題，因為現在人們不能認為，西班牙能可靠地在可能來自阿非利加的入侵麵前保衛自己，正有如山南高盧不能在來自馬其頓的入侵麵前保衛自己那樣。
而最後，在愷撒的軍隊返回意大利時，發生了迄今從未發生過的一個事件——第九軍團在普拉肯提亞發生了嘩變。士兵們要求答應給他們的獎賞，他們認為有意拖延出征就是為了不想把錢付給他們。愷撒趕忙從瑪西利亞來到普拉肯提亞。他弄清了情況之後就對嘩變的士兵們說，他要根據古老的“父祖相傳的法律”對軍團進行處死其中十分之一的懲罰。
這一措施引起了如此的震動，以致用阿庇安的話來說，“整個軍團和它的軍官都哭了起來，他們匍匐在地上，請求愷撒的寬恕”。愷撒長時間不同意取消自己的決定，最後他才下令隻用這種辦法處理一百二十人，也就是他認為是罪魁禍首的那些人。這樣，應當處死的就是十二個人了。但是後來他發現，其中有一個人是被自己的百人團長誣陷了的。於是愷撒便下令把這個誣陷好人的百人團長和其餘的人一道處死，而被誣陷的士兵卻得救了。
所有這些事件迫使愷撒趕往意大利，迅速實行一係列軍事的和政治的措施以便加強自己的地位並為最後的搏鬥進行準備。
公元前49年11月底愷撒到達羅馬後，就擔負起了獨裁官的職務。在當時的情況下，他並不力圖保留這一非常的職務，他感興趣的隻是獨裁官所擁有的、能夠使他準備和進行執政官選舉的各種權限。在許多羅馬人的心目中他還是一個叛國的、同執政官的長官，故而他必須擺脫這樣的身份而成為一位依法選出的高級官吏。因此愷撒隻把獨裁官的權力利用了一個短時間，總計隻是他留在羅馬的十一天。
但是這十一天並不是白白度過的。在舉行的民會上，愷撒本人和普布利烏斯·謝爾維利烏斯·伊掃裏庫斯當選為執政官。後者的父親謝爾維利烏斯在愷撒年輕時曾是他的上司。還選出了其他的官吏（基本上是擁護愷撒的人！），補充了各司祭團在近一個時期形成的空缺。愷撒也沒有忘記為朱比特·拉提亞裏斯舉行傳統的節日，這一節日於當年年初因執政官逃走而未能舉行。
同樣是在這十一天裏，還實行了一係列的立法措施。人民大會通過了把公民權給予帕都斯以北的居民的決定，這實際上是把羅馬公民權（第一次！）給予整個行省（更何況山南高盧這時還處於行省的地位）。加地斯的居民也取得了公民權，這件事也可以被認成是把自治市的權利給予行省城市的第一個例子。此外，愷撒又通過行政長官和保民官向人民大會提出相應建議，使得在龐培擔任執政官時期被判罪的人從流放中返回羅馬。
看來具有最重要意義的是這樣一個法律，法律的目的在於恢複內戰頭幾個月當中被破壞的信貸關係和經濟活動。正如愷撒自己指出的，“在整個意大利，信貸衰落了，債務也停止了支付。”債權人懷著恐懼的心情而債務人則懷著期待的心情望著愷撒，指望他也如同過去的卡提利那一樣，宣布取消債務（著名的口號tabulae novae）。但是愷撒這次卻辜負了雙方的期待。他選擇了一條實質上是明顯妥協的道路。按照他實施的法律，任命了仲裁法官（arbitrores），由他們根據戰前時期的價格對地產和動產進行估價並且按這種估定的價格來滿足債權人。此外，為了活躍貨幣流通，恢複了禁止任何人持有一萬五千狄那裏烏斯（六萬謝斯特爾提烏斯）以上的現金的一項古老的法律。
愷撒在離開羅馬之前，照例又發放了糧食。順便指出，為了說明普遍存在於城市上層以及更加廣大的居民階層中間的情緒，看來可以提一下某些事實：愷撒的嶽父路奇烏斯·卡爾普爾尼烏斯·皮索在元老院建議恢複同龐培的談判，但這卻遭到執政官謝爾維利烏斯的反對。然而，如果恢複談判的話，看來就是愷撒也寧願隻以個人的身份而絕不是以元老院的名義去談判。盡管如此，在他外出時，集合的大群民眾相當堅決地提出了有關結束對龐培的戰爭並同他講和的要求。
在巴爾幹戰役之前，雙方之間的力量對比是這樣的。龐培有幾乎一整年的時間用來進行準備，他得以利用這段時間集合了一支大軍。在希臘的西部海岸集中一支龐大的艦隊：五百隻戰船和大量輕型的警備船。艦隊的最高統帥是瑪爾庫斯·卡爾普爾尼烏斯·畢布路斯，此人是愷撒的不共戴天的敵人，過去是同他競選過營造官和執政官的。在馬其頓有步兵九個軍團。東方的聯盟國家和城市也派來了許多輔助部隊。克溫圖斯·梅特路斯·斯奇比奧帶領兩個軍團從敘利亞行省趕來幫忙。龐培的騎兵有七千人，而且，用普魯塔克的話來說，這乃是羅馬和意大利青年的全部精華所在。龐培親自領導自己軍隊的軍事訓練工作——正如同一位普魯塔克肯定地指出的，五十八歲的統帥的能力和靈巧引起了人們普遍的讚歎。龐培雖然擁有如此龐大的兵力，但他和他的軍隊卻還是打算在伊利裏亞的沿岸地帶過冬，因為在這裏，在艦隊的保護下他感到安寧，並且在公元前48年早春，他可以從這裏容易地攻進意大利的領土。
至於愷撒，則他的力量看來遠非如此雄厚。他手裏大約有十二個軍團，不過它們的戰鬥力卻遠不是一樣的。許多參加過出征高盧的人們等待著久已盼望的退役，就是從西班牙開過來的這一漫長行程也把士兵搞得疲憊不堪。而且，在阿普利亞和布倫狄西烏姆的近郊，今年是又潮濕又寒冷的天氣。但是，最使人感到不快的卻在於：當愷撒來到布倫狄西烏姆時，他確信無法把自己現有的全部兵力運送到隔海的巴爾幹半島上去。他沒有足夠的船隻來完成這一任務。但是對於已經決定做的事情，他沒有拖延的習慣：這次他也是寧可采取出其不意的行動，也不願作長期的然而是徒勞的準備工作。他把大約兩萬人安排在他現有的艦船上之後，便避開敵人的艦隊，於公元前48年1月5日順利地渡海到達了埃皮魯斯的沿岸。
愷撒想充分地利用他之迅速地和突然地出現於巴爾幹半島這件事所產生的一切有利因素，因此他決定再試圖提出一次，但現在已是最後的一次和談建議。他發現這時最合適，而總的情況也最為有利。此外，他仍然記起羅馬群眾的臨別贈言，而表現出要求和平的意圖，這隻能對他有利。
找到了一個合適的人來執行這一需要慎重對待的委托。愷撒選中了路奇烏斯·畢布路斯·茹福斯作為使節把他的建議通知給龐培。茹福斯曾兩次成為他手中的俘虜：一次是在科爾菲尼烏姆城下，後來是在西班牙。建議的實質歸結如下：兩位統帥最後都應當放下武器並且不去試探不測的命運。他們兩人都蒙受了重大的損失。先說龐培吧，他失去了意大利、西西裏、撒地尼亞、兩個西班牙和十三個步兵中隊。愷撒則失去了庫裏歐的阿非利加的軍隊和安托尼烏斯的在庫爾裏克泰附近投降的軍隊。這樣看來，他們的地位、他們的兵力這時大致相等，這種種情況使得談判變得完全可能，甚至是人們所期望的，因為命運使之在今後會占優勢的那個人當然是不願意甚至聽到和平的。因此兩位統帥應當在軍事會議上宣誓在三天的限期之內解散自己的軍隊，把擬訂和約條款本身的事情交給元老院和人民。
畢布利烏斯·茹福斯趕到那裏去，這與其說是為了盡力執行這一難辦的任務，毋寧說是為了盡快地把愷撒率軍到來這個事實本身通知給龐培。龐培正在從馬其頓來阿波羅尼亞和杜爾拉奇烏姆的途中。他得知愷撒到來之後，便加緊率軍前進，以便使愷撒不能占領希臘西部海岸的城市。不過愷撒這一方當然也沒有讓時間白白過去。他要士兵登陸之後，當夜就叫艦船返回布倫狄西烏姆，以便把其餘的軍團和騎兵運送過來。但這次航程是不幸的。瑪爾庫斯·畢布路斯就抱怨說他已經把愷撒放跑了一次，因此他便伺伏著回航的艦隊，把這部分艦隊殲滅，並且對全部沿岸地帶實行了最嚴格的警戒與監視。
盡管如此，愷撒和他的一部分軍隊仍然來到了巴爾幹半島的領土之上。愷撒首先力圖攻占沿海的城市，而這一點正是龐培所擔心的。愷撒在登陸的當天就向歐裏庫姆城推進。由龐培任命的該城衛戍司令官試圖組織抵抗，但衛戍部隊和居民斷然不同意這樣做，於是城市就投降了，並得到了赦免。對於阿波羅尼亞和後來埃皮魯斯的其他沿海城市，情況也完全一樣。
龐培得知這些事件之後，就開始為杜爾拉奇烏姆的命運擔心，因此，為了比愷撒更早地到達那裏，他便日夜兼程地推進，這種做法甚至激起了他的士兵的不滿。但是他還是能夠走在愷撒的前麵，而在他渡過了阿普蘇斯河之後，就在杜爾拉奇烏姆附近紮下了營。當愷撒來到這裏時，他除了在河對岸紮營之外已經沒有別的辦法了。敵人在那裏作長期打算，有過冬的意思。這種做法在當時的情況下是愷撒最高興的事情，因為他總得等待從意大利來的軍團。
不過就這一意義來說，前景一時還是不妙的。有一次愷撒竟不得不發布緊急命令在載著軍隊的艦船離開布倫狄西烏姆的港灣之後取消渡海的做法。這不僅使艦船，而且使軍隊免遭必然覆滅的命運。畢布路斯的艦隊在海上居於全麵統治的地位，不過愷撒這方麵卻也能切斷他同陸地、同最近的供應基地的聯係。但無論如何，在艦隊的總司令官瑪爾庫斯·畢布路斯生病和死亡之前，海上的封鎖是一點也不曾削弱的。
那時龐培對愷撒的和平建議已經作了答複。他當然對此持否定態度，因為對方再次想把這一對抗引到政治鬥爭的軌道上去。如果這種鬥爭有什麼好處的話，那也隻能對競爭者中間的一方來說是如此。因此龐培宣稱，對他來說，好像隻是由於愷撒的恩惠他才得以保全性命和權利，他甚至想到這一點本身也是不能容忍的。但是愷撒，用他自己的話來說，不願意放棄和平的希望，故而決定使用另一種方法，或者，說得更確切些，就是“西班牙的辦法”。問題在於，由於兩個陣營之間的長期對抗，士兵之間不可避免地會開始發生某些聯係。愷撒考慮到了這一情況，就委托自己的一位副帥把和平的建議向敵人的軍隊直接提了出來。甚至規定了會談的日子，雙方都有許多人聚攏來，但這一和平行動卻因下麵的一件事而遭到破壞，即拉比耶努斯以龐培派的名義發言，他表現得既橫傲又粗暴，而在結尾處竟然直截了當地宣稱，如果不交出愷撒的頭顱，就談不上什麼和平。
形勢複雜化了。冬天快過去了，運送軍團的艦船還沒有從布倫狄西烏姆到來。愷撒看來認為局勢極端危險，所以就冒險采取了極為大膽的一個行動。他決定親自去布倫狄西烏姆，以便親自率軍前來。他打扮成一個奴隸模樣，在深夜裏偷偷地乘一艘小船從河道入海。然而發生了一場強烈的暴風，特別在河口地方，因為在那裏河水又遇到了海水的漲潮。舵手看到自己無法應付惡劣的氣候，就下令水手返航。這時愷撒認定，這是他出麵的時候了，於是他就走了出來針對當時情況向舵手講了一句曆史性的名言：“要大膽些，你是載著愷撒和他的命運啊！”然而，盡管如此，船還是不得不返回了。
這件事可信到什麼程度，這當然是難以判斷的。但如果大膽的企圖結果也失敗了的話，那麼他做到的卻是遠為重要的事情：瑪爾庫斯·安托尼烏斯和富裏烏斯·卡列努斯按照愷撒的一再要求，終於得以使載著軍隊的艦船駛離了布倫狄西烏姆，而在4月10日，在愷撒和龐培都親眼看到的情況下，運送士兵的船隊已經沿著伊利裏亞（即伊利裏庫姆）的海岸行進了。這批軍隊是在離利蘇斯不遠的地方登陸的。這個城市過去由於得到過愷撒的許多好處，因此他們樂於接納安托尼烏斯，甚至把一切必需用品供應給他。愷撒和龐培都立刻把軍隊引出了自己的固定的營地；愷撒想盡可能迅速地同安托尼烏斯會師，龐培則是力圖阻止他們的這一會師。由於安托尼烏斯的巧妙調度，會師的行動還是進行得相當順利的；現在愷撒手下可以有大約步兵三萬四千人和騎兵一千四百人了。
但是，要在隻是某一個地方——例如，對付龐培本人——使用所有這些兵力是不可能的。還要考慮鞏固後方和準備糧食的問題。因此愷撒不得不把在自己的副帥統率下的部分軍隊派往馬其頓、帖撒利亞和埃托利亞，更何況從這些地區都有使節到他這裏來請求派遣衛戍部隊。愷撒同某些公社早就在聯係，這可以回溯到他積極地參加反蘇拉的訴訟的時候。此外，被派往馬其頓的隊伍還有一項任務：阻止由克溫圖斯·梅特路斯·斯奇比奧率領的那些軍團從敘利亞方麵開過來同龐培會師。
這樣，現在，在布倫狄西烏姆方麵的軍隊到來之後，龐培手中的軍隊還超過愷撒現有兵力幾乎一倍。盡管如此，愷撒卻準備進行決戰，他甚至激使龐培同他展開決戰。但是龐培顯然認為時間對他這一方麵有利，因此他就堅持防禦的戰術。於是愷撒在進行了一次成功的，然而絕非輕而易舉的迂回之後，把龐培同杜爾拉奇烏姆的聯係切斷了。龐培沒有別的辦法，隻好把自己的營地轉移到一個新的、比較合適的地點。而他實際上也正是這樣做了。
這時龐培是把營地設立在離海岸不遠的一片岩石嶙峋的高地上。由於軍事行動顯然是拖下來了，有了陣地戰的性質，所以愷撒決定作出大膽的和非同尋常的一著。他想用原野上的工事把龐培的營地全部包圍起來。計劃的大膽和非同尋常之處就在於：人數處於劣勢的軍隊竟試圖圍攻人數要多得多的軍隊。由於士兵們進行了緊張的和獻身的勞作，愷撒一般地能夠實現這一任務。
陣地戰從4月底一直持續到7月。在龐培的營地這一方麵，一種不耐煩的情緒在同他接近的人們中間增長起來了。在愷撒的營地這一方麵，則和先前一樣，仍舊存在著供應上的困難。士兵們不得不用他們剁成細末的某些根類植物和上奶類用來烤製麵包。有時他們把這種所謂麵包投到龐培的營地裏去，叫喊著說，隻要大地還生長這種根類植物，他們就不會撤去包圍的兵力。據說龐培嚐了一嚐這種所謂麵包之後極為害怕，他認為能夠吃下這類食品的人們乃是野獸。
雙方之間的小衝突在7月裏增多了。還在月初的時候，愷撒就試圖攻占杜爾拉奇烏姆。這一試圖並未成功，但與此同時，龐培派可能利用愷撒在一個短時期裏不在營地的機會，進攻了幾處碉堡，力圖突破包圍。由於進行了十分頑強的鬥爭，所有的進攻都被打退了，敵人遭到了巨大的損失。一座碉堡上中了大約有三萬支箭，而在百人團長斯凱烏斯專門給愷撒送來的盾牌上竟被打穿了一百二十個孔。愷撒慷慨地賞賜並且提升了這位百人團長；此外英勇地保衛了這座碉堡的整個步兵中隊也受到了獎勵。
但是到7月中旬，龐培終於能夠在離開主要營地最遠的一個地點突破了愷撒的防線，因為在那裏，這條防線已經逼近海邊了。愷撒認為包圍圈被突破的地方是兩個叛徒指給敵人的。他們是投到龐培那一邊去的兩兄弟，是屬於阿洛布羅吉斯人的部落的。但是無論怎樣，現在是非得放棄包圍的計劃不可了。愷撒力圖不管用什麼辦法報複他所遭到的失敗，因此他決定進攻龐培的一個孤立的軍團，因為根據間諜的報告，這個軍團是集中在輔助營地裏。他帶領了三十三個步兵中隊去進攻這個軍團。展開了激烈的戰鬥。但龐培卻能夠及時地把騎兵投進去，後來又投進了五個步兵的軍團。這在戰鬥的進程中造成了轉折，愷撒的軍隊動搖了，跟著就爆發了驚恐的情緒。