史料中對內戰、內戰的過程和它的主要階段的敘述，較之對高盧的軍事行動的敘述，要充分和全麵得多。當然，這裏指的照例是時期較後的作家和證據；和事件同時的隻是愷撒本人的《內戰記》以及西塞羅的通信。但是從西塞羅的通信中，我們當然無法指望取得有關事件的係統的或者哪怕是前後一致的敘述；至於《內戰記》，它雖然對戰爭的頭兩年裏的軍事行動的過程作了詳細的記述，但對形勢的估計卻極為主觀。愷撒這時較之在出征高盧時期遠為需要使自己的同胞相信，使自己的同時代人相信，發動內戰的並不是他，戰爭是強加到他頭上的；他始終準備談判、作出讓步，並且甚至在軍事行動實際上已經開始以後，他仍然不放棄爭取和平的機會。這種給自己恢複名譽的傾向在此書的頭幾章裏表現得特別明顯，正如我們能夠斷言的，這種傾向使得書中出現個別（說得輕一些）不準確的地方。
在渡過魯比康河之後的戰爭早期階段，事件的發展情況如何呢？阿裏米努姆在當夜破曉的時候就被攻占了。愷撒在這裏沒有遇到任何抵抗。投奔到他這裏來的保民官們已經在阿裏米努姆等候他。可能在他們的參加之下，他召開了一次軍事會議。但同樣可能的是，已經沒有舉行這種會議的需要了。
攻占阿裏米努姆的消息於1月16日傳到了羅馬。就在第二天，又傳出了愷撒的軍隊攻占皮掃路姆、安昆、阿爾列提烏姆的消息。城中開始發生了驚恐。元老院召開了緊急會議，人們要求龐培拿出對策。他的軍隊在哪裏？一位元老指責他欺騙，還有一位元老幸災樂禍地勸他“跺腳”。人們已經清楚，這時龐培並沒有足夠的兵力。甚至有人建議派使節到愷撒那裏去。順便指出，西塞羅是支持這個建議的。但是這個建議並未獲通過，而在根據加圖的建議而展開的激烈辯論之後，通過了把最高統帥權委托給龐培的決議，理由是“誰惹起了這些大禍，誰就應當自己出來了結此事”。
對於這個決定，龐培的反應有點奇怪。出乎所有人的意料，他竟然宣布說，他得出了必須離開羅馬的結論，因此他號召高級官吏和元老們都學他的榜樣，而且他還說，他認為凡是不響應他的號召的人，都是祖國的敵人和愷撒派。順便指出，這一拙劣的政治行動使得愷撒有可能立刻宣布，凡是不按照龐培所說的做，並且不依附於什麼人的人，相反地，他都認成是自己的朋友。
龐培在1月17日離開了羅馬，執政官和很大一部分元老在第二天也離開了。離去，說得更準確些，逃跑是如此匆忙，以致沒有來得及舉行在戰爭時期應當舉行的犧牲奉獻式，沒有來得及把國庫也帶走。甚至在個人的財產中，人們也隻能帶上隨手能帶的那些東西。人們是懷著驚惶失措的情緒，在一片混亂中逃跑的，其中包括沒有任何可以害怕的理由並且一向支持愷撒的那些人。用普魯塔克的話來說，城市“好像是由絕望的人來掌舵的一艘船，它任憑風浪的擺布，並且已成為盲目的機會手中任意擺弄的玩物了。”
愷撒那時還留在阿裏米努姆。行政長官羅斯奇烏斯和路奇烏斯·優利烏斯·小愷撒——龐培派——來到他這裏。他們傳達了龐培的一些要求。誠然，這些要求是表述得相當含混的。愷撒認為自己有義務給予回答，在答複中，他再次強調他完全願意同龐培同時解散軍隊，這之後再參加選舉，從而不破壞一向規定的程序。他還提出了個人會見的建議，認為這種會見具有決定性的意義。
調停者於1月23日返回，向龐培和執政官們複命，他們是在卡普阿（一說提亞努姆）見到龐培等人的。但就是這一次，愷撒的建議仍未得到有利的反應：在他們討論了這些建議之後，就提出了明明知道對方不會接受的條件。顯而易見，是這樣一個情況起了重大的作用：在調停者來到卡普阿的前一天，拉比耶努斯到了那裏。拉比耶努斯權威性地談到了愷撒軍隊的弱點和不可靠，這一情況鼓舞了龐培。
高盧戰爭的英雄提圖斯·阿提烏斯·拉比耶努斯是愷撒最著名的副帥之一。據我們所知，他是背叛了自己最高統帥的唯一著名的軍官。這一背叛的原因並不十分清楚。愷撒對拉比耶努斯十分信任，戰爭結束時，他把拉比耶努斯留在近高盧擔任長官，並且長時期不去注意外麵的這樣一個傳說，好像拉比耶努斯同敵人的陣營有聯係。有人認為，好像拉比耶努斯的虛榮心受到了傷害，但是，看來更加可信的看法卻是：拉比耶努斯很久以來就是龐培的擁護者。要知道，他們兩人是皮凱努姆的同鄉，而龐培在那裏一直是有很大影響的。
然而愷撒並沒有耽擱時間。龐培和執政官們提出的條件仍然歸結為要愷撒在龐培做同樣的事情之前必須先返回高盧，並解散自己的軍隊。由於這些條件是愷撒絕對不能接受的，所以他就命令庫裏歐率領著第十三軍團的三個步兵中隊向伊古維烏姆推進，而他本人則帶著十三軍團其餘的步兵中隊向奧克西莫姆推進。愷撒的軍隊在這兩個城市裏都沒有遇到抵抗，指揮伊古維烏姆的衛戍部隊的行政長官特爾姆斯和用三個步兵中隊據守奧克西莫姆的阿提烏斯·瓦路斯隻好逃跑。瓦路斯試圖把部分的衛戍部隊帶領出城，但是遇上了愷撒的部隊。不過事情並沒有發展到重大戰鬥的程度：瓦路斯的士兵逃散了，他們拋掉自己的指揮官任憑命運的擺布了。
愷撒從奧克西莫姆出發，迅速地穿過了整個皮凱努姆地區。在這裏他也幾乎沒有遇到抵抗，盡管在當地貴族中間龐培派是不少的。甚至從由拉比耶努斯奠立並且由他自己出資建成的琴古魯姆城也有使團派到愷撒這裏來，他們表示願意執行愷撒要求他們所做的一切。那時第十二軍團也奉召從山北高盧趕來；愷撒現在手裏有了兩個軍團，於是很容易地占領了皮凱努姆的阿斯庫魯姆——這一地區的主要城市。
對龐培和他的擁護者來說，看來已經到來了這樣一個決定性的時刻——如果能正確利用這一時刻，那就可能再作一次完全不是沒有希望的、捍衛意大利的試圖。問題在於，龐培派的兵力這時集中在南部的兩個地方，就是說，在康帕尼亞和阿普利亞。它們是在龐培本人的統率之下的。而在中部意大利的科爾菲尼烏姆，則有愷撒的宿敵多米提烏斯·阿埃諾巴爾布斯征募軍隊；此人剛剛被任命為愷撒在高盧的繼任者。現在一切都取決於這些兵力的聯合。龐培清楚地認識到這一點，因而他堅決地主張這樣做。
但這種聯合並沒有實現，而造成這一致命的失策的原因並不十分清楚。多米提烏斯·阿埃諾巴爾布斯確實打算同龐培聯合起來，但後來不知為什麼再經考慮，卻留在了科爾菲尼烏姆。他著手準備保衛這個地方，甚至向龐培要求幫助和增援的兵力。可能愷撒和他的軍隊出現得遠比他的敵人所期待的要快，因此多米提烏斯的想開展積極活動的意圖立刻就陷於癱瘓了。無論怎樣，愷撒在科爾菲尼烏姆城下毫無阻礙地設了營，對這個城開始了正規的圍攻。
看來圍攻有拖下去的危險。但是一件沒有料到同時又十分有特色的事情幫了忙。愷撒得到消息說，離科爾菲尼烏姆七哩的一個城市——蘇爾摩——的居民同情他。於是他派瑪爾庫斯·安托尼烏斯率領著五個步兵中隊到蘇爾摩去，城裏的居民打開了城門歡迎愷撒的軍隊。在這之後不久（約當2月19日），科爾菲尼烏姆也陷落了。那裏有多米提烏斯統率下的三十個步兵中隊，但士兵和城市居民卻親自把企圖逃跑的多米提烏斯捉了起來交給愷撒。這樣一來，圍攻科爾菲尼烏姆一共隻用了七天。
重要的是指出如下一點，即看來在科爾菲尼烏姆陷落以後，愷撒在內戰的進程中首先極為明顯地、有意給別人看地並且在相當廣泛的規模上實現了他的“仁慈政策”，即他的clementia的口號。他下令把城市的全部上層人物——元老、騎士、軍團司令官——總共五十人（其中包括多米提烏斯·阿埃諾巴爾布斯、執政官連圖路斯·斯品特爾、監察官克溫提利烏斯·瓦路斯和其他人等）召到自己這裏來，責備他們的忘恩負義的表現，然後就絲毫不加傷害地把他們全部釋放了。盡管幾乎所有被寬大釋放的人後來又回到龐培的陣營去繼續同愷撒鬥爭，但是有關愷撒這種做法的消息卻傳遍了整個意大利。
龐培得知科爾菲尼烏姆陷落的消息之後，就到卡努西烏姆去，從那裏又去布倫狄西烏姆——原定新征募的軍隊要在這裏集合。顯而易見，他已決心渡海去巴爾幹半島，並且趕忙進行必要的準備。無論怎樣，當愷撒於2月21日從科爾菲尼烏姆出發，試圖同執政官連圖路斯建立聯係並且把他從龐培那裏吸引過來的時候，才知道兩位執政官和一部分軍隊已經被龐培運送到對麵海岸上的杜爾拉奇烏姆去了。我們應當公正地指出，愷撒確實又作了兩次嚐試，想親自同龐培見麵並會談，但龐培開頭沒有作任何回答，而在愷撒作了第二次的表示之後才宣稱，由於執政官不在，所以沒有可能舉行談判。
愷撒率領著自己的軍隊於3月9日來到布倫狄西烏姆。這時他手下的兵力已經增加到六個軍團。他開始了攻城的準備工作，此外，他還想阻礙龐培利用港灣，但是這一點他並未能做到——龐培偕同餘下的部分軍隊於3月17日登上了從杜爾拉奇烏姆返回的艦船也渡海到巴爾幹半島去了。幾乎全部現有的艦隊都在龐培的控製之下。既然由於這一原因而愷撒未能立即去追擊自己的敵人，因此他隻限於加強沿海各城市的保衛工作。他把新的衛戍部隊派駐到那些地方去。
這樣，愷撒在六十天中間就成了整個意大利的主人，而且，正如普魯塔克滿意地指出的，“沒有流一滴血”就成了意大利的主人。反之，龐培的行動卻引起了當時人們極大的不滿。盡管還是那個普魯塔克指出，某些人認為龐培的渡海而去是一次進行得十分成功的軍事計謀，但同時他又強調指出，愷撒本人也感到奇怪，龐培擁有設防鞏固的城市，可以等待從西班牙開來的軍隊，而最後，他還統治著海洋，卻竟然離開了意大利。
龐培的擁護者感到了特別痛苦的失望。西塞羅的通信清楚地表達了這種感情和情緒。西塞羅是在公元前49年1月4日從自己的行省回來的，這時正是愷撒渡過魯比康河的前夕，而從內戰爆發的頭幾天開始，龐培的行動就使西塞羅感到不安和困惑。開頭西塞羅還相當小心地談論什麼龐培“為時過晚地開始害怕愷撒”，後來他就以公然不讚許的心情和甚至嘲笑的態度把龐培比作塞米斯托克列斯，而到1月底，他已直截了當地說什麼龐培沒有擔任軍事統帥的能力了。
西塞羅越往後，他的批評意見也就越尖銳、越堅決，他的絕望情緒越來越嚴重了。他在2月的下半月寫道：“我們的龐培沒有任何理智的行動，沒有任何勇敢的行動，而最後，他沒有一件事情不違反我的忠告和我的有充分根據的意見。”幾天之後，他又寫道：“我可以從誰那裏跑開，但是我卻沒有可以追隨的什麼人”，而且，就在這同一封信裏，西塞羅指出，龐培放棄意大利就是背叛了“我們的事業”。
而最後，在2月24日給阿提庫斯的一封信裏，西塞羅對龐培的全部行動作了總結性的評價：“他把愷撒培養起來，突然又開始怕他，他不同意和約的任何一項條款，卻又對戰爭不作任何準備。他離開了羅馬，又由於本身的過錯而失去了皮凱努姆地區，躲進了阿普利亞，最後又開始作去希臘的打算，但是他不來找我們，不許我們參與如此重要和如此不尋常的決定。”
同時西塞羅直到最後仍然指望敵對的雙方能夠有某種機會進行談判，甚至取得和解。而隻有當龐培徹底出賣了“我們的事業”並且到杜爾拉奇烏姆去的時候，他才懂得自己的斡旋是完全沒有希望了。現在他得解決自己的問題，自己立場的問題，自己應當依附於哪一方麵的問題，更何況這時愷撒認為，事先取得西塞羅的協助，那完全不是多餘的。
在布倫狄西烏姆的事情告一段落之後，愷撒就到羅馬去了。在這裏，人們懷著戰慓的心情等候著他。首先是元老院，說得準確些，元老院的“泥潭”的代表人物，就是這種心情。這些人既不願離開，又害怕留下。在去羅馬的途中，愷撒先是通過書信，後來又親自會見西塞羅，勸他回羅馬參加預定在4月1日召開的元老院會議。西塞羅拒絕了這一建議，這一行動當然引起了他的實力強大的會談對手的不滿。
預定的會議還是召開了，愷撒在這次會議上發了言。他在發言中試圖向元老院證明，他的一切行動都是因他的敵人方麵的不公正的和侮辱人格的做法所引起的。他建議元老院同他合作治理國家，但是又要他們了解到，如果他們拒絕或不願意的話，即使沒有他們的合作，他照舊可以應付得過去。在信尾處愷撒再次談到，應當把使團派到龐培那裏去，並同他舉行談判。
派遣使團的建議通過了，但是沒有執行。沒有人願意以使節的身份到龐培那裏去，因為元老們記起了龐培對那些沒有離開羅馬的人們所作的威脅性聲明。此外，元老們也不相信愷撒的意圖是真心實意的。就在這時，發生了著名的國庫事件。原來愷撒需要錢把戰爭繼續下去，因此他自然決定不拒絕敵人自己如此突然地交給他處理的東西。但是這時他遇到了保民官凱奇利烏斯·梅特路斯的反抗。盡管如此，愷撒還是下令打開國庫的大門，梅特路斯則以死相威脅，並且說，他說出這話比幹出這事來要困難得多。
但這正是愷撒使用暴力的唯一的一個機會。不過他仍然堅持自己的仁慈政策，因此他也就堅定地不離開他選擇的道路。他不僅一個字也沒有提到用剝奪令（proscriptio）威脅對方的話，恰恰相反，在這期間（或者在愷撒離開之後不久），瑪爾庫斯·安托尼烏斯竟然經由民會通過了一項法律，恢複了在蘇拉時期被列入剝奪公民權名單的人們的子女的權利。至於廣義的羅馬居民，看來在愷撒到來之後，向他們發放了糧食，每一個城市居民都得了現金的贈賜（或者至少在這方麵得到了堅定的保證）。
愷撒這次在羅馬一共隻停留了六七天，但他本人並沒有實行任何立法措施，特別他這時是同執政官的身份，甚至並未掌握這方麵的權力。他這時做的多半是根本不容拖延的事情，這就是鞏固自己的後方。他把自己的全權代表派赴最重要的，也是最接近意大利的行省——西西裏、撒地尼亞、高盧，這些代表當然會把元老院派到那裏去的長官——例如，西西裏的加圖或者高盧的多米提烏斯——替換下來。由於愷撒打算離開羅馬，所以他就把羅馬城的事務的領導權委托給了行政長官瑪爾庫斯·埃米利烏斯·列皮都斯，而把治理意大利和統率留在這裏的軍隊的權力委托給了在這裏的保民官瑪爾庫斯·安托尼烏斯，因為安托尼烏斯是他的副帥。所有這一切隻是為保證後方的決定性的一步——出征龐培本人的行省即西班牙——所作的準備工作。
愷撒是在4月初離開羅馬的，但是還在路上他就得知，那曾在科爾菲尼烏姆被他俘獲、後來又被他寬大釋放的多米提烏斯·阿埃諾巴爾布斯，被龐培派出去保衛瑪西利亞這座城市。愷撒率領著自己的軍隊和多米提烏斯確實幾乎是同時到達瑪西利亞的，而多米提烏斯則是在由大量被保護人和奴隸組成的侍從人員的陪伴下前來的。開頭，當地的元老院即所謂十五人團的成員向愷撒表示他們打算保持中立，但隨後人們很快就弄清楚，他們不僅十分樂於接納多米提烏斯，而且任命他為該城的衛戍司令官。愷撒對這種背叛行為感到氣憤，因此決定從海陸兩方麵把該城包圍起來，為此他甚至專門修造了一支艦隊。他本人則繼續向前趕路，而把圍攻該城的軍事指揮權交給了戴奇姆斯·優尼烏斯·布路圖斯和蓋烏斯·特列波尼烏斯。
在《內戰記》一書中，愷撒詳細地敘述了西班牙戰役的進程。不過他的記述顯然重視事情的純軍事方麵，他不僅記述了個別的戰鬥，甚至記述了那些無關大局的小衝突。但鑒於西班牙戰役，如果從整個內戰的觀點來看，絕非具有頭等重要的意義，所以過於詳細地談論它就未必有什麼意義了。
愷撒不得不主要是同龐培的兩位副帥——路奇烏斯·阿弗拉尼烏斯和瑪爾庫斯·佩特列優斯——進行鬥爭。軍事行動集中在伊列爾達城地區進行。在起初，愷撒的軍事行動並不十分順利。甚至有過這樣的時刻：當西科裏斯河洶湧的水流把河上的那些橋衝垮和衝走的時候，愷撒和他的大部隊就被切斷了糧食的供應和援軍的進路而幾乎處於被包圍的狀態。
阿弗拉尼烏斯和佩特列優斯已經把勝利的作戰報告送到羅馬去了。正如愷撒本人就這件事所寫的，羅馬方麵許多人竟認為戰爭幾乎已經結束了，因此趕忙跑到阿弗拉尼烏斯家裏去祝賀。這時還留在羅馬的元老中，有一位不知怎麼竟認定這是最後作出決定和投到龐培那一麵去的時刻。在這樣的人們當中就有西塞羅。盡管凱利烏斯·茹福斯極力請求，又有愷撒本人的書信，最後，更不顧瑪爾庫斯·安托尼烏斯的明確禁止，西塞羅在6月7日還是渡海到希臘去了。
在這期間，愷撒的處境變得好些了。他做到背著敵人，在離開自己的營地大約三十公裏地方的河上造了一座橋，這樣他就保證了對軍隊的糧食供應。這時從瑪西利亞附近有消息說，戴奇姆斯·布路圖斯的艦隊使試圖突破封鎖的瑪西利亞人的小艦隊吃了一個大敗仗。但具有決定意義的卻是這樣一個事實，即開頭是伊貝路斯河（今天的埃布羅河）以北的五個大的西班牙公社投到了愷撒的一邊，後來又有更遠的幾個公社也和他們采取了同樣的行動。可能促使他們作出了這樣的決定的不僅是當前的事件，而且還有愷撒早年當他在西班牙擔任行政長官銜長官時享有的令名，因為他曾使那裏的居民擺脫了過去梅特路斯·皮烏斯加到他們身上的捐稅。
不管怎樣，形勢發生了如此大的變化，以致阿弗拉尼烏斯和佩特列優斯決定退到凱爾提貝裏人的地區去，因為在這一地區（順便指出）龐培派的力量要強大得多。但是動作巧妙靈活的愷撒卻能夠切斷敵人通向伊貝路斯河的道路，並終於迫使敵軍退回伊列爾達地區。在這裏，愷撒得以把敵人包圍在一個無水的地區，因此他沒有打一次大仗，沒有流很多血，就迫使阿弗拉尼烏斯和佩特列優斯投降了。
老實說，投降的問題在很大程度上是由士兵本身決定的。還在龐培派的軍隊陷入絕望的處境之前，就多次發生過雙方軍隊表示友好的事件。而且，到愷撒的營地裏來的不僅有士兵，而且有軍官，甚至還有阿弗拉尼烏斯留在軍隊裏當做人質的、某些西班牙公社的頭目。佩特列優斯試圖以最堅決的手段和鄭重恢複軍人宣誓的辦法重整紀律，但他隻能在極短的時間裏做到這一點。8月2日，他們同愷撒進行談判，被包圍的軍隊不得不同意他提出的一切條件。
這些條件看來是完全可以接受的，特別對士兵是如此。愷撒要求的隻是解散軍隊和離開行省。雙方約定，居住在西班牙本土的士兵立刻解散，其餘的士兵則去瓦路斯河一帶，這是一條沿西班牙與高盧之間邊界而流的河。但是為了把西班牙的戰爭進行到底，還應當解決有關遠西班牙的問題。這時治理遠西班牙行省的是著名的百科全書式的學者瑪爾庫斯·特倫提烏斯·瓦羅。此人的立場從一開始就不十分明確，或者，像愷撒挖苦地指出的，他“隨著運氣的波動而搖擺”，而當形勢變得好像對愷撒不利的時候，他甚至準備對愷撒進行鬥爭。