關於清淨孤修派丹法的步驟，一般分為四個階段。第一階段為築基入手功夫，稱為道術築基階段主要是補足全身生理機能一虧損，同時初步打通任督和三關的徑路，直至氣通、全身經絡通暢，達到精滿、氣足、神旺，為內丹仙術作準備。第二階段為煉精化炁，稱為初關仙術(百日關)。這段功法以元精為藥物，包括調藥、采藥、封爐、煉藥、止火幾個步驟，屬小周天功夫。第三階段為煉炁化神，稱為中關仙術(十月關)。這段功法先要經過“大死七日”的入圜過渡步驟，隨之“采大藥”、“養胎”，進入無為的入定功夫。第四階段為煉神還虛，稱作上關仙術(九年關)。煉神還虛純為性功，約九年，前三年神超內院、哺乳溫養；後六年調神出殼，直至虛空粉碎，合道成仙。下、中、上三關仙術各約需百日、十月、九年等時日。但亦因人而異。今依《上品丹法節次》簡述如下：(一)煉己存誠。其要訣為懲忿窒欲、虛寂恒誠；掃除後天之習染，獨露先天之真體；使識神退位，元神呈現；息斷俗緣，退藏於密。丹家收拾身心，凝神定慮，即歸中宮祖竅，養自我本來一點靈光，常應常靜，二年三年，積久益善，促開玄關一竅。(二)築基培藥.其功法為擇地入圜，身心意不動，收攝精氣神三寶歸於中宮，時時覺照.刻刻規中.借假修真，以玄關一竅立基斂藏神炁，行抱元守一之訣。此法純熟，更複坐忘內視，行凝神入炁穴之功，活子時至元陽生，勃然機發，於恍惚杳冥之中，先天一炁自虛無中來。龍生於離，虎生於坎，當虛極靜篤之時，將元神沉於羔穴.聽其自呼自吸，采有氣無質之壬水(坎中真陽)，以真意攝入中宮，與離中真陰會合。(三)坎離交靖。其功法要心息相依，身心不動，神羔凝結，於虛極靜篤中，忽覺海底蠕動有光透出，似初三新月.或如粟如珠，照在腹部，乃金炁初現之象。而後以真意引藥穿尾間，經夾脊，透玉枕，入泥丸，遊九宮，自上腮滴下鵲橋，似醒酗甘露，沿赤道複歸炁穴，行歸複法，為胎息入手功夫。(四)采藥歸鼎。丹家於虛寂杳冥、淵默混沌之際，頓起雷聲如裂帛，丹田火熱，兩腎湯煎，即將藥物聚於海底，以真意引轉尾間，雷聲轟轟透過三關，翁聚泥丸宮。此時月窟風生，絳宮月明，兩眉間內湧圓光，藥物不知不覺由鵲橋下重樓，涼如冰片薄荷，沁人心脾，送歸土釜。此為煉取穀神之法，取坎填離之功。(五)周天火候。丹家循任督運小周天煉藥，自子時至巳時進陽火，應乾之策二百一十六數，除去卯時沐浴三十六策不用，實行一百八十息。自午時至亥時退陰符.應坤之策一百四十四數.除去酉時沐浴二十四策不用，實行一百二十息。連同沐浴六十息，閏餘二十四息，合計三百八十四息，故日周天息數微微數。丹家須於平時調準，臨爐煉藥之際，隻要心息相依，自然運用，不可唱籌量沙，刻意追求。小周天功成，得玉液還丹，補足後天破漏虧損，複歸童真之體。(六)乾坤交靖。丹士行足周天火候，填回先天乾坤之位，於凝神大定之中，勃然機發，玄關一竅大開，頓覺虛靈空朗，進入齊天地、泯人我、混混冥冥的境界。此時先天炁複，凝為大藥，一點落黃庭，遍身酥綿暢快，隻覺圓陀陀、光灼灼，如珠在玉盤，為虛靈獨露的金液還丹。(七)十月養胎。神炁凝結為聖胎，又名嬰兒，須洗心滌慮、綿密寂照、常定常覺，如龍養珠，如雞抱卵，暖氣不絕，始得靈胎日漸堅固。十月養胎是大周天煉羔化神功夫，其火候要爐裏自溫溫，鎮日玩真空，念不可起，意不可散，十個月如一日，方能神全胎化。十月養胎為入定功夫，如遇丹田火熱，可存想兩眉間有一黑球如碗大，收攝入神室，其熱自退。（八）移神換鼎。頭部泥丸宮，又名天穀，乃陽神本宮。靈胎純為先天凝結之陽神，乃人之法身，嬰兒現象，須出其胞，由下田炁穴移至泥丸宮，行煉性之功。陽神能超越時空障礙，透金穿石，隱顯隨心。移神天穀後，丹士應端拱無為、正位居體、寂以定之、慧以鎮之，繼行入定之性功。(九)泥丸養慈。泥丸為全身至清至靈之地，上應太空之鎮星，丹家法天象地，以真心合天心，要居塵出塵，須入塵磨煉，靜以養慧，動以煉慧。法惟冥心寂定，訣在一“誠”字，誠於靜者神自明，誠於動者性自徹，天下無撇不下之凡情，無識不破之物理，乃由誠而明之性功。丹家於此際，靜極生動，定極生慧，開發出人體潛能，得大智慧、大神通。(十)還虛合道。內丹學煉至陽神脫體，未為究竟，軀體仍在，終難脫生死。丹家於具神通後，不可常動不還、用慧神疲，更應於群動之中.獨抱靜觀自得之趣，一如得魚而忘荃，行物我無間的還虛功夫。便進一步，粉碎虛空，真幻兩忘，道合自然，神證太虛，與天地同其闔辟循環，渾化與無垠，動與天俱，靜與天遊，則為天仙功成。內丹修行就是積聚能量疏通自身經絡，練功時間越長，正氣越多，病、邪、穢氣等不幹淨氣態自然逐漸減少直至消失！從而內氣充盈，病氣無存，達到神清氣爽的精神狀態，繼續修行能量互相感應形成人體生物場，尤其是練功時候這個生物場會無限製擴大，與宇宙不斷重疊，直至合一，這就是道家內丹說的天人合一，此時念的咒語會跟波一樣隨時來影響宇宙，這時人處在自身的生物場中無比的舒服愉悅，身心達到極好的調整。丹原指用鉛汞等礦物煉製而成的紅色或丸狀的藥物，被認為服之能長生不死，羽化成仙。據稱，道教信徒煉製這種理想中的長生不死藥的過程，須經“七返九還”，最後複歸於“道之初始”，故稱“還丹”，《周易參同契》雲：“金來歸性初，乃得稱還丹”。又此丹以金（實為鉛、汞）為主要原料，故稱“金丹”，並取“金性不朽敗”之義，以喻還丹能令人永生不死。內丹介紹亦稱“還丹”、“金丹”、“內金丹”、“大丹”，為道教重要的煉養方術。內丹是指在人體內煉成的長生不死藥，其所需原料精、氣、神，亦用外丹術語喻稱鉛汞，其煉製過程亦如外丹之經七返九還而複歸本初之道，故亦稱還丹、金丹。張伯端《金丹四百字》雲：“以火（喻神）煉金（喻氣），返本還源，謂之金丹也。”內丹煉養之道，淵源於先秦以來的行氣、守一等術，是此類方術在實踐和宗教化過程中發展成熟的產物。