（二）病理學分類
按照病理學可分為功能性和器質性改變，具體病理學分類參見藥源性疾病的病理學分類方法。
（三）按機製分類
藥物不良反應的ABC分類法簡便易記，20年來被廣泛采用，但也存在一定的局限性。首先其分類標準存在許多問題，某些不良反應並不適合此種分類法。如用免疫抑製劑治療癌症，要確定其不良反應屬A或B型很困難；而有些反應按現有分類標準對兩型都不適合，如注射部位的反應。其次，B型反應實際為“不屬A型的各種反應”，這使B型反應成為幾乎無共性的高度混雜的類型，範圍從外滲物的皮膚過敏到各種原因的膽汁淤積。第三，沒有明確何種反應不應包括在B型中，似乎應排除藥物的相互作用、藥物治療失敗和藥物過量使用。藥物相互作用至少涉及兩種不同藥物間的相互作用，與單一化學成分引起的不良反應有完全不同的病因學，故不應包括在內。藥物治療失敗的原因常不明，可能有多種因素，常有藥物選擇不當、順從性差、劑型不適或特異質反應等。病人故意過量使用而產生的病症，即為“中毒”，而不是“不良反應”。製劑引發的不良反應也應認為是藥物不良反應。目前，有學者建議，以機製為基礎，對B型及原先無法分類的反應重新進行定義分類，包含了給藥方法和賦形劑的繼發反應。新的分類方法如下：
1.A類（Augmented）反應即擴大的反應，是藥物對人體呈劑量相關的反應，它可根據藥物或賦形劑的藥理學和作用模式來預知。這些反應僅在人體接受該製劑時發生，停藥或劑量減少時則可部分或完全改善。A類反應是不良反應中最常見的類型，常由各種藥動學和藥效學因素決定。
2.B類（Bugs）反應即由促進某些微生物生長引起的不良反應。該類反應在藥理學上是可預測的，但與A類反應不同，因為其直接的和主要的藥理作用是針對微生物體而不是人體。如含糖藥物引起的齲齒，抗生素引起的腸道內耐藥菌群的過度生長，廣譜抗生素引起的鵝口瘡，過度使用某種可產生耐藥菌的藥物而使之再次使用時無效等。應注意，藥物致免疫抑製而產生的感染不屬於B類反應。
3.C類（Chemical）反應即化學反應，許多不良反應取決於藥物或賦形劑的化學性質而不是藥理學作用。它們以化學刺激為基本形式，致使大多數病人在使用某製劑時，會出現相似的反應。C類反應的嚴重程度主要與所用藥物的濃度而不是劑量有關。此類典型的不良反應包括藥物外滲反應、靜脈炎、藥物或賦形劑刺激而致的注射部位疼痛、酸堿灼燒、接觸性（“刺激物”）皮炎以及局部刺激引起的胃腸黏膜損傷。這些反應雖不是藥理作用所預知，但了解該藥物的生理化學特性還是可以預測的。
4.D類（Delivery）反應即給藥反應，許多不良反應是因藥物特定的給藥方式而引起的。這些反應不依賴於製劑成分的化學或藥理性質，而是劑型的物理性質和（或）給藥方式所致。這些反應不是單一的，給藥方式不同，不良反應的特性也必將不同。特點是如果改變給藥方式，不良反應即可停止發生。如植入藥物周圍的炎症或纖維化；注射液中微粒引起的血栓形成或血管栓塞；片劑停留在咽喉部；用幹粉吸入劑後的咳嗽；注射液經微生物汙染引起的感染等等。應注意，與注射相關的感染則非D類，而屬B類，B類反應正是藥物與微生物之間直接相互作用的結果。這些感染的發生與給藥方式等有關，與所用藥物無關。
5.E類（Exit）反應即撤藥反應，通常所說的撤藥反應是生理依賴的表現。它們隻發生在停止給藥或劑量突然減小後。與其他繼續用藥會加重反應的所有不良反應不同，該藥再次使用時，可使症狀得到改善。反應的可能性更多與給藥時程而不是劑量有關。此外，雖然這些反應一定程度上是藥理學可預知的，但撤藥反應的發生也不是普遍的，許多病人雖然持續大劑量使用也不一定會發生此類反應。常見的、可引起撤藥反應的藥物有阿片類、苯二氮GFDA1類、三環類抗抑鬱藥、β-受體阻滯藥、可樂定和尼古丁等。
6.F類反應即家族性反應，某些不良反應僅發生在那些由遺傳因子決定的代謝障礙的敏感個體中。比較常見的家族性障礙有苯丙酮酸尿症、G6PD缺陷、卟啉症和鐮狀細胞性貧血。此類反應不可混淆於人體對某種藥物代謝能力的差異而發生的反應。例如，有G6PD缺陷的病人，使用奎寧時可能會出現溶血，而其他個體即使奎寧用量很大也絕不會發生。
7.G類反應即基因毒性反應，許多藥物能引起人類的基因損傷。值得注意的是，有些是潛在的致癌物或遺傳毒物，有些（並非全部）致畸物在胎兒期即使遺傳物質受損。
8.H類反應即過敏反應，可能是繼A類反應後最常見的不良反應，類別很多，均涉及免疫應答的活化。它們不是藥理學所能預測的，也與劑量無關，因此，減少劑量通常不會改善症狀，必須停藥。如過敏性皮疹、斯-約綜合征、光變應性、急性血管性水腫、過敏性膽汁淤積等。
9.U類反應即未分類反應，為機製不明的反應，如藥源性味覺障礙、辛伐他汀的肌肉不良反應、吸入性麻醉藥物的惡心嘔吐。
以機製為根據的不良反應分類係統，使人們能找到共同的預防和治療措施。與傳統方法相比，內容更豐富，定義更準確。
二、藥品不良反應程度
（一）三級標準
藥品不良反應一般可分為輕、中、重度三級。輕度指輕微的反應或疾病，症狀不發展，一般無須治療。中度指不良反應症狀明顯，重要器官或係統有中度損害。重度指重要器官或係統有嚴重損害，可致殘、致畸、致癌、縮短或危及生命。
（二）七級標準
七級標準為：①輕微疾病或作用，症狀不發展，如輕微頭痛；②比前者較重，如嚴重頭痛；③慢性作用，可妨礙正常活動，或有暫時性功能喪失，如支氣管哮喘；④慢性疾病，功能喪失，但不會縮短或危及生命；⑤可能縮短壽命，但無生命威脅，如高血壓；⑥會危及生命（在1～2年內），但不告臨床病危；⑦告臨床病危，可能在1年內死亡，如嚴重心律失常、急性過敏性休克等。
三、藥品不良反應發生原因
（一）藥物因素
1.藥理作用一是以治療作用為基礎，如阿托品治療胃腸道痙攣時引起的口幹、便秘和散瞳等副反應。這種治療作用和副反應之間並無本質區別，隻取決於用藥目的。二是藥物本身獨有的不良反應，如氨基糖苷類的耳腎毒性。
2.藥物的雜質、輔料或添加劑藥物在生產和貯存中可能產生的雜質和主藥以外亦常摻入的賦形劑、添加劑等，也可引起過敏反應。青黴素過敏反應是由製品中含有的微量青黴烯酸、青黴噻唑酸等聚合物引起的。天然膠囊的染料也會引起固定性皮疹。
3.藥物製劑藥物劑型不同，生物利用度有差異，可導致正常劑量的藥物血藥濃度高於或低於治療濃度，產生不良反應或治療失敗。
4.給藥方法給藥途徑影響藥物的吸收、分布，也影響藥物發揮作用的快、慢、強、弱及持續時間，藥物經靜脈直接進入血液循環，可立即發生效應，但也較易發生不良反應。口服刺激性藥物可引起惡心、嘔吐等。
用藥持續時間長或聯合用藥時，由於藥物的蓄積作用或相互作用，不良反應的發生率明顯增高。醫護藥人員濫用藥物或處方配伍不當，以及病人濫用藥物等均可引發不良反應。
聯合用藥可以出現有益的藥物相互作用和不良的藥物相互作用。隨著聯合用藥的品種增加，藥物不良反應發生率明顯增加。
藥物在治療過程中減量或停藥也可引起不良反應。不恰當地撤藥甚至危及生命。如采用皮質激素治療嚴重皮疹時，當停藥或減藥過快時，會產生反跳；長期大劑量使用腎上腺皮質激素，嚴禁突然停藥，否則可能危及生命。抗病毒藥如拉米夫定也不宜突然停藥，應在醫師的監測指導下用藥，以免引起肝功能惡化。