在很多年前的、遙遠的西方，一個對星辰和大地比對經書和苦修更感興趣的僧侶靠自己的觀察、演算和冥想得出了一個推論。他雖然不敢保證這個推論接近絕對的事實，但也對它的合理性滿懷信心。他想：如果這並不是真理，至少它可幫助更有智慧的人找到真理吧。於是，他把這個推論以及觀察得來的數據、演算和推理方法寫進了一本書裏。這本書在意大利那些熱衷於探索知識的人之中秘密流傳。
當正統的教士們終於得知這本書裏驚世駭俗的的理論時，他們義憤填膺，毫不遲疑地判決他為異端，開始了對他的追捕。起初，這僧侶帶著他的書逃亡到過許多地方。而即便是在途中，他也不忘記觀察星辰。當他在黎明時分疲倦地騎在馬上時，他會因第一縷照臨的陽光而振奮，好像他是第一次看見陽光。
他逃亡了許多年，而對他的判決也從沒有撤銷。這一天，在邊境的一個小城裏，他突然覺得這條路已經走到終點了。這可能是因為疲倦，也可能是因為尊嚴。
他的朋友，一個對他的知識和人格都無比尊敬的人，也是他這一段逃亡路上的旅伴，對此感到困惑。
“要是如你預感的那樣，我們現在就應該趕緊離開，我們可以去法國，尋求法王的庇護。”朋友對帶著某種宿命般平靜的僧侶說。
“我衷心希望你去那裏，”僧侶真誠地說，“帶上我的書，用你的智慧、雄辯向他們說明這個猜測。我將留在這裏，等那些人。我知道，他們就快來了，我不想連累你。”
“我並不害怕被連累，可你不應該守在這兒等死，像飲鴆的蘇格拉底！難道這不是智者的愚蠢嘛？”朋友憤然地說。
“我已經不想再去任何別的地方了，現在死亡對我已經不再可怕，可怕的反而是無休無止的逃亡。”
朋友無法說服固執的僧侶，隻能在僧侶的一再催促下帶著他修改後的書獨自去法國。僧侶將他送出小城，直到通往邊境的山道上。他緊緊擁抱朋友，說：“永別了，我最忠誠的朋友，你的友誼和真理對我同樣重要！”熱淚盈眶的朋友跨馬而去，消失在晨霧彌漫的路上。僧侶為他向上帝祈禱平安，然後獨自步行回家。他確定已聽見了追捕者的馬蹄聲，但他心靈平靜。
他在潮濕寒冷的房間裏等待，從狹長的窗戶裏眺望白天和黑夜。他想著死亡、肉身、靈魂，還有時間的反複性和宇宙的無限性。他給一個住在西耶那的朋友寫了最後一封信，在信裏寫道：宇宙幾乎是無限的，它是由無數個世界所組成。但每一個世界又都是有限的，那麼，經由這有限的世界所構成的宇宙就不能說是完全無限或絕對無限的。而另一方麵，神（有形的或無形的）則是完全無限的，整體的他就存在於整個的宇宙中，無窮盡而且完全地存在於每一個世界的每一個部分中。
如他所預料的那樣，數天後他就被抓獲了。他被押送回羅馬，沿途受盡頑固教眾們的侮辱。他們肆意辱罵他，用汙水、畜牲的糞尿潑得他一身一臉。他看著那些被恨意扭曲的麵孔，沒有怒火，隻有憐憫，他想：但願上帝能以智慧使他們得到片刻的歡愉……
裁判所決定給這個變節者一個改過的機會。他們說，如果他願意寫另外一部書來否定他的理論，他就可獲得赦免。他拒絕了，為此遭受了嚴酷的刑罰。他們又說，他隻需要公開宣布推翻以往書中的荒謬理論，就能得到上帝仁慈的寬恕。這個原先的僧侶說，如果他祈求上帝的寬恕，他將祈求上帝寬恕他的無知和愚昧，而不是已知和探求。執法者為他“驅魔”，這意味著鞭撻、饑餓、水牢。最終，由於“靈魂已完全被魔鬼攫取”，他被判處火刑。
反叛者在眾人的詛咒中經受煉火而死，在他的住所中搜出的所有書稿都被付之一炬。但不久之後，他的怪誕、張狂的理論竟然在荷蘭、法國等地廣為流傳。接著，燒死魔鬼那件事也在讀書人中間激起了怒火。判決者發現，最可怕的魔鬼不是隱匿在人的身體裏，而是隱匿在書籍裏。可如何捕獲那書中的魔鬼？由於判決者始終沒有找到一個方法，書裏的魔鬼竟變成了世代相襲的思想（也許它隻是追求真理，並不刻意反叛，卻因為迫害而被迫化身為卡爾杜齊所謂“理性的複仇力量”）。這或許因為，無所不在的神存有無所不在的寬容，對於智慧的魔鬼亦然。