自此之後和卓的政治勢力雖被清政府摧毀，但是流亡國外的和卓後裔仍不甘心失敗，曾數次入侵南疆作亂，和闐亦經常籠罩在腥風血雨之中。
大小和卓叛亂失敗後，大和卓波羅尼都之子薩木薩克逃往浩罕、布哈拉等地，多次企圖複辟未遂。薩木薩克死後，其子之一張格爾自道光元年至道光八年（1820～1828年）共來作亂四次。其中第三次（1826年）攻陷喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌與和闐。這年七月二十日，張格爾叛軍一支前來攻打和闐，和闐因內變失守，和闐領隊大臣頭等侍衛奕湄及幫辦大臣副都統銜桂斌等被叛軍和暴民殺死，城內衙署、民房被焚毀，損失慘重。叛軍頭目約霍甫遂占據和闐，稱王委官。這年年底，揚威將軍長齡委派由北京年班回到阿克蘇的五品伯克伊敏前往和闐打聽消息。伊敏到和闐後，向民眾講述了大兵壓境的形勢，發動當地各族人民抓獲和闐王約霍甫（張格爾之表兄）及從黨縛獻清軍大營，並擊斃叛軍一百餘人。鑒於和闐群眾對戰亂的恐懼心理，清軍暫時沒有進駐和闐，隻是獎賞了五品伯克伊敏、六品哈資伯克玉蘇甫沙及民眾馬廷宣、高萬友等數百人，令和闐人自行固守。不久，張格爾又派叛軍一千六百多人占領和闐，殺害了曾迎接清軍的阿渾穆圖巴拉父子、伊斯瑪依爾等，糾集當地三千餘暴民盤踞堅守。第二年（1827年），清軍連克喀什噶爾、英吉沙爾及葉爾羌。四月，提督楊芳前去收複和闐，楊芳率軍進至毗拉滿地方與叛眾數千人相遇，清軍勢如破竹，叛軍不堪一擊，清軍追殺二十餘裏，殺敵二千多名，生擒一千餘人，繳獲大炮、刀槍、火藥無數，擒獲叛軍首領噶爾勒。清軍乘勝直取和闐，和闐舊時伯克聞訊帶領一千多民眾迎接官兵入城。和闐再次克複後，由總兵史善載率兵駐紮鎮守。
道光十年（1830年），浩罕國人挾持和卓後裔玉素甫入侵南疆。維吾爾官吏與民眾配合清兵防守和闐，甚為出力。阿奇木伯克伊斯瑪依爾捐糧三十萬斤，以備軍需，並派其子邁瑪特阿皮斯帶維吾爾士兵二千餘人在和闐西境紮瓦軍台防堵。由於軍民合力防守，玉素甫叛眾未敢騷擾和闐。
在這些不斷的叛亂與平叛、不斷的流血後麵隱藏著一個特點，所謂叛軍，其實沒有嚴格的組織，沒有統一的軍服，甚至連製式兵器都沒有，實際上隻是一群烏合之眾。而且叛亂頭子自外地帶來的叛軍並不多，一般是一千來人，多不過三五千。但是到了和闐卻為什麼一下子就成了氣候？這與和闐當地有相當多的暴徒亂民參加了進去。那麼這裏的民眾為什麼經常誤入叛亂者的行列呢？這是與和卓們創立的宗教教派有關。
和卓們所帶來的教派，是被伊斯蘭教正統派視為異端的依禪派。依禪也譯作“伊山”，波斯語音譯，有“互助會”、“集團”之義，字麵含義為“苦修教徒”或“持戒教徒”。依禪派是在伊斯蘭教神秘主義派別蘇菲派的影響下形成的，十六世紀中亞布哈拉的大依禪和卓瑪哈圖木·阿雜木將其傳入新疆南部，其後分成白山派和黑山派，兩派鬥爭在十七世紀末阿帕克和卓奪取南疆的統治權時達到高峰。兩派各有許多分支和小教派，稱“蘇魯克”，又各有自己的神職人員和組織係統。神職人員有一定的等級，首領或教長稱依禪，自稱為穆罕默德的後裔，職位世襲；信徒稱“穆爾提”，辦事機構稱“罕尼卡”（後演變成為依禪派教徒舉行集會祈禱儀式的場所）。信徒的修道處，稱“都瓦房”。罕尼卡和都瓦房大都在有墓地的地方。
誦經時用念珠或小石子記數，信仰和儀式具有濃厚的神秘主義色彩。正統派隻認為真主是惟一的，穆罕默德是他的最後一位聖人；而依禪派除了承認真主是惟一的、穆罕默德是他的最後一位聖人之外，還尊崇曆代哈裏法和為傳教而犧牲的先烈。正統派隻在禮拜寺裏聚禮，而依禪派卻崇拜墳地，經常聚眾在墓地裏舉行大規模的教事活動。正統派在進行教事活動時嚴格按照《古蘭經》和《聖訓》所規定的程序，尊奉文明的原則；而依禪派在進行教事活動時，尤其是在墓地裏舉行祈禱活動時，氣氛強烈，經常使用劇烈的動作和發出宣泄的聲音。正統派經常向教徒們講解經文、聖訓和教規，主張教徒要努力弄明白宗教的真諦；而依禪派則宣揚經文既然是來自真主的聲音，就是無比神聖的，是凡人所不能完全理解的，因此經文是不能翻譯的，是不能試圖弄懂的，隻有轉世的第十三個哈裏發和作為聖人後裔的和卓才能正確傳達宗教的含義，才能代表真主和聖人向芸芸眾生指路。