徐學功奉將令後單騎尾追。兩天後，在呼圖壁雀爾溝追上了餘小虎。
餘小虎見徐學功孤身一人，便未動刀兵。
徐學功在陣前苦口婆心地勸其繳械投降。
自抗擊阿古柏入侵以來，徐學功曾多次救助回民，並常與回民團聯手對付阿古柏。回民團不論烏魯木齊的還是綏來的，也時常接濟徐學功部糧草。所以，他們了解徐學功的主張和為人，深信學功絕不會欺騙他們。經過一番猶豫之後，除餘小虎一夥死黨逃走外，其親兵的大多數投了徐學功。
卻說孔才見徐學功隻身一人去追餘小虎，困守北城的殘餘敵軍退入南城，機不可失，時不再來，便乘勢攻取了空虛的北城，奪得頭功。
金順為激勵將士，當眾宣布向朝廷舉薦孔才為總兵。
從此，西征大軍將孤零零的南城團團圍住，揚言叫守敵插翅難逃。
不幾日，南城守目黑保財又偷偷溜走，致使城中軍民大嘩。由此，本地營和西河營各懷心態，矛盾日益加劇。
徐學功擔心攜父母帶兒女的百姓與城俱毀，再次向金順、孔才進諫：
“金大臣、孔大人，請招撫守城敵軍，盡快取了南城，一可免生靈塗炭，二不誤大軍南征。”
金順不可思議地瞥了徐學功一眼，不耐煩地說：“徐學功，你咋這等古怪！叫人不知咋個說你好。”
孔才妒忌加猜疑地回說：
“徐統領，不招撫就取不了南城？那北城未經招撫，咋就土崩瓦解了？他們就那麼信賴你？寧可投你，也不去南邊，這就令人費解了。怪不得你一再堅持招撫，原來隻怕他們‘生靈塗炭’呀！你咋能和他們一個鼻孔出氣？你咋盡想那‘愛民如父母，愛兵如兄弟’的虛名？！”
此時，擁進一夥將領求戰。
金順扭轉傲慢偏見的脖頸，對徐學功說：
“徐學功，你看看，你看看，他們不惜肝腦塗地，急於求戰，急於立功。你卻背道而馳，有犯眾怒，可謂很不明智，不可取呀！”
據清史記載：“因孔才執意欲剿，徐學功不能與爭。而外來各軍群思居複城之功，摩拳擦掌以待攻城。”“見獵心喜，均爭堯克城之功，利堅困獸之鬥。”足見急功近利是當時將領的普遍心態。
徐學功愈發覺得此誌不可助，此風不可長。他心急如焚地再次呼籲：
“金大人，不能拿城中軍民的性命做急功近利的籌碼呀！城中百姓原本大清良民呀，招撫他們吧。攻城為下，攻心為上啊！”
金順全然不予理會，心浮氣躁地揮手說：
“去吧去吧，攻城為下嘛，有這麼一說。可攻城人人有功，眼下顯而易見；攻心為上呢，見效是日後的事，現時誰看得見？至於招撫，反賊就是反賊，反賊的家眷也絕非好東西，愛他何意？惜他何用！迂腐，迂腐！”
二強奪綏寧城
餘小虎和黑保財相繼逃走後，金順愈發認定南城也會如北城不久可得，自然對徐學功反複進獻的招撫良策不予理會。並當即調兵遣將：
“禮字營提督劉宏發兵紮南城正東，親兵營總領張大發紮城東北，英字營副將方春發紮城東南，與徐學功振武營和福珠哩部聯絡一氣。健銳營和振興營紮城西，營官參將餘致和、定西營孔才紮城北。吉林、黑龍江馬隊翼長、巴裏坤領隊大臣沙克林都紮布為遊擊之師，隨時聽候調遣。”金順調撥已定，肅穆而鄭重地訓示：“諸位，城中阿古柏頑匪已四分五裂，定難團結，定難持久，就其各自保命之態勢，不堪一擊。諸位要在天山之北建功立業，僅此一舉。機不可失，時不再來。就此動手吧！”
眾將興奮地齊呼：
“末將遵令，金帥放心，旗開得勝，馬到成功。”
倍受鼓舞的幫辦大臣金順心飽氣滿地擺出帥帳。他奮力揮令旗的同時，信心十足地吼叫：
“開炮，轟，轟塌東門！”
刹那間，在炮火掩護下，奮勇無畏的西征軍像螞蟻攀附而上奪城。但居高臨下的阿古柏軍箭如飛蝗，彈發似雨，逼得西征軍奪城不能，白白陣亡一百多人，其中有總兵李大洪、熊佑林，參將陸輝先等人。
七月二十六日，提督馬玉琨帶兵抵達綏來，紮營於城北。
一轉眼，時入農曆八月，原有清軍（伊犁將軍榮全屬下和烏魯木齊都統景廉部下）和金順所率西征大軍會合強奪綏來南城仍無結果。在金順、孔才一般人心目中這僅僅是一座縣城！
光緒二年八月初二，西征軍又從城西北角攻堅。城牆上、角樓裏火炮齊發，滾木石雷石紛飛，箭如蝗，彈似雨。遊擊胡輝群陣亡，兵勇死亡二百餘人，傷殘無數，攻堅強奪再次以失敗告結。
西征軍屢攻不下，便在城外構築碉堡，使其高出城牆，以居高之優勢打擊。
城中阿古柏軍也不甘示弱，用葦席裹土堵塞城牆豁口的同時，補修城防工事，並加築女兒牆，顯示一副拚命死守的倔勁。每到夜裏，城上燈火齊明，如同白晝，使西征軍偷襲不成。