艾滋病防治90％的任務在基層醫療部門，特別是鄉鎮衛生院。但四川、安徽等地的鄉鎮衛生院反映，醫患關係緊張已經是最普遍、最突出的問題。安徽某鄉衛生院院長反映，當地主要是通過賣血感染艾滋病的，除了抗病毒治療免費外，當地政府還盡了最大努力，對機會性感染的治療給予了大量補助，每人每月補助60元至600元，住院後醫藥費全部報銷。但是病人仍然對政府不滿、對社會不滿，春節前、麥收前都是鬧事的高峰，醫務人員常常成為他們發泄的對象。公費藥已經從80多種增加到200多種，但病人們仍然常常指定要某些非公費藥，如果不給就會大罵……矛盾從鄉推到縣，又從縣推回鄉，最後仍然集中到鄉。衛生院是自負盈虧的單位，醫生們的努力工作換來的是沒有任何保障的待遇，國家和省的有關規定從來都沒有兌現過，於是從縣到村大家都不願意搞艾滋病治療，衛生院正式在編本是32人，如今已經走了一半。
當然，對艾滋病人的治療，除了“錢”外，還有一個醫療水平和科技水平的問題。防治知識缺乏、醫療水平亟待提高正是我國遏製艾滋病毒傳播中麵臨的難題。
艾滋病對許多醫務人員說來，是一種從未接觸和處理過的疾病，在基層醫療部門更是如此。雖然國家已經在北京佑安醫院等處建立了培訓基地，截至2006年11月已經培訓鄉村醫生27期，但相對於全國眾多的人口和感染者，仍然是力微任重。武漢中南醫院的桂希恩教授曾說：“在治療和預防艾滋病問題上，村醫生是衝在前線的救火隊員。”但是，正如中國疾控中心一位專家所指出的：“在中國，具備治療艾滋病條件的醫生屈指可數，而且他們大都集中在大城市裏。”
有關方麵曾對四川某市、縣醫院、疾控中心和18個鄉鎮衛生院、婦幼保健站的醫務人員進行測試，結果平均得分僅48.49（60分及格），而臨床專業知識答對的更低，有一些人甚至連基本的預防知識也不了解。
抗艾滋病毒感染是人類遇到的前所未有的挑戰，讓現代醫學幾乎束手無策。自1995年美籍華人何大一博士首先提出了抗病毒治療後，目前發達國家已經廣泛應用於臨床，我國也正在使用並取得了很大效果，全國已經有上萬人接受了抗病毒免費治療。但是，由於我國還缺乏有自主知識產權的抗病毒藥物，而且長期服藥又帶來了毒副作用、耐藥性增強等極為棘手的難題，因此治療的難度正在加大。目前我國一線治療失敗的病人仍然麵臨無藥可換的窘境，如何盡快形成強效、低毒、可負擔的二線治療方案已經是極為迫切的問題。
北京佑安醫院傳染病主治醫師張可，是衛生部治療艾滋病專家組的成員之一，他曾經無數次單獨到河南上蔡等地了解艾滋病的流行狀況，並走村訪戶為感染者看病，從死神猙獰的魔爪裏搶救了許多人。
一位26歲的女青年麵色如土，脖子上的淋巴結已經爛了三個窟窿，被縣醫院與河南省醫院都判了死刑，在家裏等待死亡。張可給她檢查後說：“你沒有多大的事情，我給你開個處方，就按這些用藥，等我下次來你就好了。”處方上寫的是“促紅細胞生長素針劑”，半個月後，再看到這個病人時，她已經在地裏幫丈夫收玉米了。後來張可給村醫介紹這個病例時說：“這是抗病毒藥導致的副作用，重度貧血。”
還有一位年輕的婦女是賣血感染艾滋病的，發病後被丈夫拋棄，她的母親向村醫哭訴：“我的女兒怕不行了！”剛在村裏搞了一整天調查的張可，聽到這婦女的情況後晚上便來到了縣醫院，沒戴口罩、沒戴手套便掀開病人身上肮髒的、已經分不清顏色的被子，仔細進行檢查並且查看了她的病曆。縣醫院診斷為心胞積液，但用藥卻有許多不妥之處，張可一一進行糾正後又告訴大家應該怎樣用藥，把處方和治療方案又仔仔細細地寫了下來……兩星期後這個婦女的病情有了好轉，可以出院了。