明前監臣徐孚遠至自交趾。
孚遠字闇公，幾社六子之一。避難入島，奉明主命使安南，為交趾所得；欲要以臣禮見，孚遠不屈而還（有“交趾摘錦”傳於世）。成功怒，遂禁商船，不許往交趾貿易。
戊戌、十五年（明永曆十二年）春、三月，成功築演武亭練兵。
亭在廈門港院東，澳仔嶺之交，成功築以操練軍士。以石獅重五百斤為的，力能舉者撥入左右虎衛親軍；皆戴鐵麵、著鐵裙，執斬馬大刀，並戴弓箭，號曰“鐵人”。
成功命其將左武衛林勝督兵南下攻許龍，破之。
許龍為南陽巨盜，出沒反覆，負固不服；成功命林勝合左右〔虎〕衛之兵攻之。師至，港水忽漲，勝等直入，龍率眾遁；獲其輜重、船隻，焚其巢穴。澄海守將劉進忠迎降。
夏、五月，成功大舉兵，圖江南。
初，永曆己醜開科於粵東，詔各勳鎮考送諸生赴試。成功遂送生員葉後詔、洪初辟（原文開辟）等十餘人，令洪誌高齎本詣行在；舟至潮陽，遭風飄散，十餘人不得達。獨誌高至粵，詔為兵部職方司監；命成功以〔舟〕師直抵南都。成功承旨，至是議欲大舉直攻襲南京。諸將請曰：‘南京地遠城堅，非數萬人不可，不如近取為得計’；成功曰：‘入據長江，則江南半壁皆吾囊中物矣’！乃以黃廷為前提督、洪旭為兵官、鄭泰為戶官，留守廈門；而自率甘輝等北上。甲士十七萬、鐵人八千、戰船八千揚帆而進，號八十萬。
六月，成功徇浙江，平陽、瑞安諸縣皆降。
成功兵至浙江，平陽守將車任暹、瑞安守將艾誠祥降。七月，師次羊山，為暴風飄沒八千餘人，次子從軍溺焉；泊滃州修理戰艦。九月，至象山（原文常山）；知縣令父老齎羊酒犒師，命勿攻。十月，至台州港；後衝鎮劉進忠叛入海門，遂令攻之，棄城而走。
己亥、十六年（明永曆十三年）春、正月，成功軍駐沙關。
夏、五月，明主在永昌。
成功軍至崇明。
成功次崇明，諸將請先取之以為老營；不聽。乃遣監紀劉澄密通江南提督馬進寶；進寶有思明之心，密與成功通。
六月，成功破瓜州，尋克鎮江府。
成功舟至焦山，謂諸將曰：‘瓜鎮為金陵門戶，須先破之’；乃授諸將機宜。值南風盛發，各率所部進據瓜州上流。十六日，自督親軍及甘輝等將直搗其柵，操江軍門朱衣佐、城守左雲龍率滿騎兵迎戰。陣方交，成功揮軍大進，右武衛周全斌率步騎浮水先登，直衝其陣；身中五矢，氣益厲。諸軍繼之，衣佐等兵大潰，殺雲龍於橋下，衣佐被擒，瓜州遂為所陷；成功命援剿左鎮劉猷守之，以柯平為江防同知。見朱衣佐，欲用之；以有母在，哀懇求歸，成功給資脯縱之。二十日，成功移兵趨鎮江，總督管效忠率滿、漢軍夾擊，奮力死戰；成功親督諸軍，效忠大敗，僅以身免，積屍填河。知府戴可進等開門出降，成功令周全斌守之；屬邑皆下。又令張煌言督戎政楊朝棟招撫江南、袁起振招撫江北；於是太平、寧國、滁、和、徽、池諸郡縣俱欲降成功，即杭州及九江等處亦有密謀歸成功給劄欲為內應者。
秋、七月，成功進逼南京。
瓜鎮既破，甘輝進謂成功曰：‘瓜鎮南北咽喉，但坐鎮此，斷瓜州，則山東之師不得下；據北固，則兩浙之路不得通：南都不勞而定矣’！成功不聽。將進兵，甘輝又請陸路而行，以為‘乘破竹之勢，一鼓可下，或破其附近州縣以絕援兵，則南京勢孤，自必難守；若欲由水路，恐風信稽遲，援兵四集，又費工力’。時諸將（原文為眾）多以從水路為利便，成功遂率兵揚帆，直指南都；傳檄有‘六月興師，敢雲趨利！十年養銳，正欲待時’之語。
成功遙祭明太祖高皇帝孝陵。
成功由鳳儀門登岸，屯兵嶽廟山；望祭明太祖孝陵，再拜慟哭，哀動三軍，諸將士無不感奮。
成功遣蔡政、高綿祖會江南提督馬進寶師。
進寶心戀明朝，密有通款；成功師次崇明時，曾遣劉澄齎密函通之。至是，遣蔡政等前往，訂其帥師來會。
成功列營圍南京，副將梁化鳳率師擊敗之。
成功師迫南京，甘輝進曰：‘兵貴神速，宜急攻城，乘其勢未定而拔之；不然，彼緩兵畢集，難以攻取，君必悔之’！成功不聽；乃列營圍之。方下令示期攻城，會援兵至，有千騎迫前鋒營，為餘新擊敗，成功遂輕敵無備。城上兵覘其軍懈，是夜副將梁化鳳由鳳儀門穴城十餘道，率兵從街房中毀牆而進，複迫餘新營；眾不及甲，倉皇出拒，副將董拱中、蕭拱柱死焉，餘新被擒。成功聞警，使〔翁〕天佑馳援，已無及矣。南京於是盡出騎兵列於城下，成功自督親軍擊退。既而援兵雲集，四麵合攻。成功督諸將接戰，累敗；麾軍退，登船而渡；水師擊楫追之，成功令黃安禦之，沉其數船，追兵乃止。成功於是徐渡諸軍，而趨鎮江。是役也，甘輝且戰且走，單騎馳騁，人不敢近，馬躓被擒；入金陵，戟手罵，不屈；遂幽之，徐使人說降；輝怒罵，求速死，數日水漿不入口，乃引出斬之，神色不變；懸其首於市，青蠅不敢附，軍士以為忠義所感，函而葬之。時五軍張英、親軍林勝、陳魁、提督萬禮、總鎮藍衍、魏標、卜世用、洪複、戶官潘賡鍾、儀衛吳賜等皆陣亡。
成功攻崇明，不克；遣蔡政往北京議和。
是月四日，成功回師至吳淞港；使蔡政往見馬進寶，商酌入京議和事宜。八日，至崇明；十一日，攻城，崩裂數十丈，守將梁化鳳固守不下。周全斌以為孤城狹隘，得之無益；適馬進寶差中軍同蔡政勸成功退師以待奏請，徐觀和局成否。從之；仍遣蔡政往北京。
九月，成功回廈門。
成功既回，建忠臣廟祠死事諸人，以甘輝為第一，入哭盡哀；曰：‘吾早從將軍之言，不至此’！以女妻其子孟煜，厚恤其家。
冬、十二月，蔡政自北京還。
政至京，特賜一品袍褂；命回江南，與督撫、提督會議。甫出京，有人言劾成功無禮，請係來使；馳檄追捕。政聞之，即晝夜兼程，由間道奔回。既至，成功嘉其才智，親酌酒勞之，禮待有加；始知和議不成、係同安侯於獄、逮馬進寶入京問罪及遣滿州將軍達素督兵三省會剿之由。
庚子、十七年（明永曆十四年）夏、四月，成功改右提督馬信為提督親軍驍騎鎮。
成功聞達素將合兵攻廈門，令各鎮官兵眷口搬住金門，命英兵鎮陳瑞同戶官鄭泰保護。
五月，滿州將軍達素合兵攻廈門；及鄭成功戰於海上，達素敗績。
帝以江南既定，乃命達素及總督李率泰大搜兩島。五月，部份滿、漢軍大船出漳州、小船出同安，檄廣東投誠許龍等引兵來會。成功以陳鵬督諸軍守高崎，遏同安；鄭泰出浯州，遏廣東；自勒諸部，據海門。初十黎明，漳船乘風迫海門，成功使五府陳堯策令諸戰艦按兵不動，俟其齊出擊之；呼吸間，兵船乍至，諸戰艦奉令莫敢先動，閩安侯周瑞先為漳船擊破，與陳堯策皆死焉。繼攻陳輝船，輝發火藥燒之，滿兵躍退，且戰且卻。成功自駕八槳板船，往來視師。向午，潮湧風發，乃親率巨艦衝之；鄭泰自浯嶼引兵合攻，北兵大敗，屍積遍海。有滿兵數百棄船上圭嶼，馬信親招降之，夜溺諸海。是日，同安船趨高崎，陳鵬約降，飭所部勿動，欲為內應；於是諸兵未及岸，涉水爭先。鵬部將陳蟒不與謀，曰：‘事急矣！當決一死戰’；麾其屬過船，與殿兵鎮陳璋合攻擊之，北兵披靡，蹈海死者十七八（原文為人），首領呂哈唎被擒，滿兵被殺者一千六百餘人。成功收鵬誅之，以蟒代其職。