當平樂之不守也，清兵直薄桂林。三月十一日，衝入文昌門，城中大恐。時焦璉自全甫歸，從數人，控弦提刀，與清兵接戰，稍卻之。清兵屯陽朔，遍野俱薙發。式耜與璉危城孤守，疏詣全，征安國公劉承胤兵。承胤初從武崗入護，猶持正守法，逐司禮王坤為弄權，麵叱周鼎瀚為奉寺鼻息；故雅重式耜，發兵數千援桂。未幾，承胤請金吾郭承昊、馬吉翔、嚴雲從封伯；禦史毛壽登駁參金吾無矢石功，何得援邊鎮例晉五等？吉翔等疑疏出湘客指，鼎瀚遂造蜚語，為董卓、〈榷，氵代木〉、汜之議，激承胤怒，逼永曆立命廷杖，而縛壽登、湘客及禦史吳德操、給事中萬六吉於午門外。會諸臣申救得免，壽登等俱落職。承胤益橫，脅劫永曆幸武崗。式耜疏留全陽，曰：‘聞郊社禮成，即圖移駕。不知移駕將回桂林耶？抑幸武崗、辰、沅耶？今日原以恢複兩粵為心，則不徒西粵未恢不可移動，即東粵未恢亦且當駐全也’。故承胤等嗾杖湘客等，以湘主還蹕桂林之議也。承胤諸部至桂，挾餉不出兵。式耜搜括庫藏而外，捐囊萬金，夫人邵亦捐簪珥數百。兵卒不肯出，與焦兵主客不和，嘩變擊鬥，掠市而去，為五月十四日。永曆竟駐武崗。
五月二十五日，清兵偵兵變，積雨城壞，環攻桂城；吏士皆無人色。璉負創奮臂，呼督師撫按，肘羽腹石，分門嬰守，用西洋銃擊中馬騎。尋出城戰，奮勇擊殺，自辰抵午不及餐；式耜括署中米蒸飯分哺之，士卒俱樂用命。明日，複出戰，清兵旋去。式耜先令路將馬之驥伏於隔江，犄角接應，固圉倍慎。是三月之內，危於清、亂於兵，式耜一手指揮，璉乃得底定。璉久將桂，得桂人心，式耜國士遇之，故獨得璉死力。以保桂功，晉式耜兼太子太師、臨桂世伯。式耜辭不拜。疏上不允，複請告自劾，言‘自二月十五以迄五月二十九，此百六日中，遇變者三，皆極危險。變故當前，總辦一“死”字，亦遂不生恐怖、不起愁煩，惟是臣之病不獨在身而在心，不徒在形而在神。身與形之病可療也，心與神之病不可醫也’。又疏再請返蹕全陽，卒不聽。乃督璉恢朔下平。邦傳由賓、柳亦及潯，並複梧。至八月，具疏上言粵西全定，請還桂林，昭告興陵。
時巡道嚴起恒以儀表魁梧，拜大學士。督師何騰蛟駐衡州，堵胤錫駐長沙。詎清朝三王平定長沙，而衡州相繼盡失。總兵黃朝選、楊國棟等被執，屍幾斷流。八月二十四日，武崗複敗。永曆又播越入粵，次柳州。式耜屢疏，極言不可他移一步：‘滇、黔地荒勢隔，忠義心渙。三百年之土地，僅存粵西一線。且山川形勝、兵馬糗糧，俱有可恃’。時督師何騰蛟、新輔嚴起恒及劉湘客鹹至桂，南安侯郝永忠率兵驟至，宜章伯盧鼎亦至自楚。式耜複疏，極言：‘柳州猺獞雜處，地瘠民貧，不可久駐。慶遠壤鄰黔、粵，南寧地逼交夷，不可遠幸’。時騰蛟與永忠、鼎、璉等俱分防任汛。會土司覃裕春子鳴珂與道臣龍文明構兵，永曆複次象州。式耜與騰蛟、起恒、湘客等籌畫調和主客，集永忠、璉誓於神，刻期出師。宜章鼎與滇鎮總兵趙印選遂各分路駐全。全州戰勝，諸帥連營而軍。清兵因次楚。
十一月，永曆自象州抵桂。式耜與起恒並相。司禮龐天壽七月請催兵下梧，久在粵；舊司禮王坤被承胤逐者複入。自武崗至柳、至象，票擬皆金吾吉翔手也。式耜疏請永曆‘攬大權、明賞罰、嚴好惡、親正人、聞正言，威德兼行，以服遠近’。時謂名言。騰蛟再督師出全，兵益不睦。璉下平樂，永忠壁興安。未幾，永忠營被襲，疾至闕，欲撤兵；左右禁近刻期欲永曆遷。式耜持不可，言‘督師警報未至，營夜驚，無大恐；二百裏外風塵，而遽使主露處耶？播遷無寧日，國勢愈弱，兵氣愈難振，民心皇皇複何依？潮回波逝，雖長年三老能逆挽其戙〈木戈〉哉’？左右禁近周慞不能止。式耜又請曰：‘無已，候督師歸。果急，甲士正山立，觀兵皆督戰，咫尺威嚴，勸激將士，背城借一，勝敗未知。若以走為策，桂城危，柳益危。若今日可到桂，明日亦可到南大’。反覆數百言，淚下沾衣。嚴起恒曰：‘遲至厥明五鼓’。甫夜半，而永曆已行矣。是戊子二月二十二日也。
時潰兵肆掠，蹂躪公署，職官無一得免。式耜被逼登舟。黎明，刑部侍郎遠生、給事中丁時魁、萬六吉及湘客俱至；蓋湘客奉命安撫亂亡及勸餉糈，而遠生、時魁以召將入也。遇式耜於樟木港。式耜集遠生等入民屋，立草檄分路四發。暫駐陽朔，催璉兵上援。楚鎮周金湯、熊兆佐亦入桂。又檄翰林簡討蔡之俊、大理寺評事朱〈氵隸〉先入桂，宣式耜令。檄按司僉事邵之驊部璉兵，定人心。式耜於初一日複入桂署。督師騰蛟自永寧至，滇鎮胡一青統兵至，璉自平樂統兵至。清兵疑桂城空虛，直抵桂北門。三月二十二日，騰蛟督兵三麵禦之，清兵渡甘棠去，督師列營榕江。永曆詔旌式耜，賜銀幣，又賜“精忠貫日”金圖書一枚。式耜念主宵衣，南寧蠻鄉，不可久駐，日為永曆清道；前日所憂在內者，今更在外；督勳鎮將士，直取全州。促巡撫魯可藻下梧。會東人有反歸信，令可藻繕兵以待。會可藻銜自署兩廣。舊例：東撫稱製兼粵西，西撫稱撫。式耜曰：‘方今武人多自署撫軍帥，一麵帝製輒自命，貽遠人笑。予代疏請銜，曷不可’？周鼎瀚以閣部擅，式耜亦疏正之。
當武崗之亂，言官彈鼎瀚以附承胤入直。式耜司票擬猶不苛。王沂公曰：‘進賢、退不肖皆有體。瀚係大臣，應聽自謝免。不謝免而複擅假，毋乃不可乎’？邦傳稱粵世守，牒四飛；式耜疏駁之：‘今日晉五等，尚未裂土。海宇剩削，止粵西一隅為駐蹕之地。楚、滇數萬之師，日需食，輒曰世守，豈老成憂國所隱料’？式耜身雖在外，在廷大紀綱，極言力請。疏曰：‘臣與陛下患難相隨、休戚與共，原自不同於諸臣。一切大政，自得與聞。廟議可否，眾指所關。本亂而求末治，馬濲阤古耳’。
永曆駐南寧。四月初一日，世子生，冊為太子，赦天下，詔曰“萬喜”。式耜念無講官，經筵不禦，石室塵封，何由聞得失。手書八箴於扇，進之。督師騰蛟複全陽，是五月二十七日事也。督師報功疏，不肯自為功，有曰：‘為陛下以信臣用臣者，式耜一人也’。
六月，粵東李成棟有反向。明朝報至。先是成棟下廣，收繳印信凡五十餘顆，於中獨取總督印藏之。有愛妾某，鬆江妓也，揣知其意，因朝夕慫恿。成棟撫幾曰：‘憐此雲間眷屬也’。妾曰：‘我獨敢富貴乎！先死尊前，以成君子之誌’。遂自刎頸。成棟抱屍大哭。明日即衣冠，將總督印具疏迎駕。又江右金聲桓據南昌，藏表疏於佛經部麵中，遣使齎奏亦至。而粵俱稱全土，式耜疏請往桂，又請永曆勿遽東。又言‘事權宜專，號令宜一。茲軍功爵賞，文武署置，決於成棟。若歸之朝廷則中擾，閫外不能專製；聽之朝廷徒虛拱。且楚、黔雄師百萬，騰蛟翹首威靈，如望雲霓。駕既東，軍中將帥謂朝廷樂新複之土，成棟亦有邀駕之嫌。號令既遠，則人心渙散。請一見東諸侯，俾贍至尊音容，麵為慰勞指屬，然後責其盡意於東，刻期出戰，鹹決於外，不中擾也’。又疏令簡討蔡之俊入迎，再疏令給事中蒙正發迎。永曆竟由梧入肇，先後諸疏俱不報。式耜聞，淚簌簌下。再疏謂：‘前日粵東未複，宜往桂以規楚；今日江廣反正，則宜往桂以圖出楚。事機所在，毫厘千裏’！吏部侍郎吳貞毓疏請永曆往廣城，式耜乃促遠生入阻永曆。適成棟自嶺還師，修行宮，且迓駕。永曆命遠生詣廣勞師，遠生謂成棟曰：‘今駕駐此，爵賞征伐，人疑有私，不可不嫌’。成棟然之，遂罷行宮，止迓駕。成棟具疏言：‘式耜擁戴元臣，粵西扼禦定，毋容久於外，應亟召還綸扉’。永曆專命，遣官三、四召。式耜曰：‘前日在南寧，桂林危。桂林危，則天下去矣。其機在外，不在內也。今江廣悉定，何公督師下星沙，朝臣且輻至，予不敢忍危而即安’。具疏乞骸。再上，不允。
己醜正月，清兵破湘潭，何騰蛟被執。初，騰蛟檄各處兵馬，齊集湘潭；而命馬進忠等由益陽抄出長沙下，邀截上下舟船，焚掠湘陽，斷絕水道。一隻虎率大隊複至長沙，絡繹攻圍。值清朝援兵合至，戰勝於湘潭；騰蛟被擒，斬之。二月，清兵破信豐，李成棟歿於陣，南昌敗書複再聞。先是，聲桓踞南昌，清兵晝夜攻擊破之。王得仁伏誅，聲桓赴水死。於是先後贈騰蛟中湘王、成棟寧夏王、聲桓豫章王。永曆設壇掛帛，皆擦淚親祭。專命式耜留守督師，兼江楚各省兵馬。永州兵再退。式耜疏請兵科給事中吳其雷監各營軍再出。
當永曆駐肇慶，疏奏諄諄，以歲月稍暇，財賦優裕，用心盡力修內治以自固、嚴外備以自強。且積弊之後，易致中興也。一才一藝之士，靡不收羅幕府。每慨人才凋零殆盡，凡〈足斤〉足而至者，非懷忠抱義之人，亦亂世取功名之士。人之歲月精神，不用之於正，則用之於邪，安可驅為他人用？故人鹹以桂林為稷下。
四月，雲南張獻忠養子孫可望遣龔彝之弟龔鼎，獻黃金二千兩、馬四匹，移書求封親王名號。給事中金堡固爭，以為祖製無有。而廣西南寧府與雲南廣南府錯趾，可望來書，有‘不允封號、即提兵出戰’等語。陳邦傳恐甚，先封秦王，尋封為荊郡王；可望不受後封。時楚製堵胤錫以楚敗達肇慶，滇營自永、全還桂，與焦兵猜疑生隙。忠貞營自蜀轉戰，由楚至梧，休息甲士。
清朝遣使貽書招式耜，式耜不從。永州再報失利，興寧侯胡一青兵還榕江。式耜複辦糧械，趨出兵屯於全。民力窮竭，誅割無術，槁悴萬狀。永曆聞，為廢食；召廷臣議於慈寧宮，發東餉一萬。
是時清兵圍困曾慶於平和，尋出降，殺之。而詔安等處，一時俱歸清朝。鄭芝鵬踞石榴城，清兵至，隨遁去。劉中藻在福寧，勢窮自縊，福建盡失。惟延、漳、汀三府界連江右，而延平所屬，皆處萬山中。清兵既回，遂立德化王朱慈燁踞將軍寨，先陷大田，繼破龍溪，攻順昌、將樂。至十一月，清兵討平之，王被獲。兵部尚書羅南生等降。
庚寅正月，南雄報不守，寶豐伯羅成耀棄韶州。永曆震恐，戒舟西上。戎政遠生奏自請行清遠，給事中金堡特奏請留，爭之不得。適式耜疏至，曰：‘粵東水多於山，雖良騎不能野合。自成棟歸順，始有寧宇。財賦繁盛，二十倍於粵西。衣甲糧餉，內可自強，外可備敵。材官士兵南北相雜，製勝致王，可操券而求。難得而易失，莫此雲急。且韶去肇數百裏，強弩乘城，堅營固守，亦可待勤王兵四至。何乃朝聞警而夕登舟’？疏再上，而永曆移德慶、抵梧州矣。蓋自成棟首疏文武各還事權，言官正氣宜獎，鹵簿不得幹機務，失權者意，故急欲永曆移舟，棄東如屣。時詞諫諸臣，正綱紀、慎名器，多失人意。而禦史程源輩以攫官不得，伺權者指，攻其所必去，熒惑永曆聽。下給事中丁時魁、金堡、蒙正發及侍郎劉湘客詔獄。式耜聞報，上疏申救，謂‘中興之初，宜保元氣，勿濫刑’。再疏爭之曰：‘詔獄追贓，乃熹廟朝魏忠賢弄權，鍛練楊、左事，何可祖而行之’？頒敕布四人罪狀，非永曆意，敕出忌者之手。式耜封還，謂‘法者，天下之至公也；不可以蜚語飲章，橫加考案，開天下之疑。且四人得罪各有本末，臣在政府若不言，恐失遠近人望，其何辭於後世’？凡七疏。遣孫昌文入見梧州，陳說粵西民貧食盡軍（？）曲折。時昌文孑身由海上來也，閣試授昌文翰林簡討。
清兵再簿全州，衛國一青兵撤守榕江。時勳帥鹹進公，次者侯與伯；桂林牙門相望，號令紛出。十一月初五日辰，報清兵大舉入嚴關。印選、一青、永祚俱以分餉入桂，榕江空壁。武陵侯楊國棟、寧武伯馬養麟方馳出小路軍榕江，兵未戰而四潰。發使趨印選，印選已出城，城中大亂，沿道驅掠。式耜令戢不得，城外潰兵雲飛鳥散。一青、永祚從城外去。式耜衣冠危坐署中，適總督張同敞自靈川回，過江東，不入寓，過式耜署曰：‘事迫矣！公將奈何’？式耜曰：‘封疆之臣知封疆；封疆既失，身將安往’？同敞曰：‘公言是矣！君恩師義，敞當共之’！遂笑與式耜飲。家人泣請身出危城，號召諸勳，再圖恢複；式耜揮去，不從。厥明被執，見清朝定南王孔有德。式耜以死自誓，不複一言。命幽式耜、同敞於別所。式耜賦詩，日與同敞賡和。至閏十一月十七日斬之。其絕命詩有雲：‘從容待死與城亡，千古忠臣自主張。三百年來恩澤久，頭絲猶帶滿天香’。死之日，冬雷電大發，遠近皆為稱異。時給事中金堡已削發為僧，上書定南王，請葬式耜、同敞。而吳江有揚〈禾丸〉，為具衣冠棺殮，並同敞瘞於北門之園。永曆上南寧，入土州，嚴起恒、王化澄、馬吉翔、龐天壽皆隨去。後未詳雲。