錢塘自丙戌正月至三月，各營皆西望心碎。王之仁上疏監國，言‘事起日，人人有垐直取黃龍之誌。乃一敗後，遽欲以錢塘為鴻溝。天下事，何忍言！臣今日計惟有前死一尺，願以所隸沉船一戰。今日欲死，猶戰而死，他日即死，恐不能戰也’！三月初一日，清兵驅船開堰入江。張國維命之仁統水師從江心襲戰。是日東南風大起，之仁揚帆奮擊之。國維督諸軍渡江，會隆武使陸清源齎詔至江犒師。馬士英唆國安斬之，且出檄文數隆武過。國維曰：‘禍在此矣’！四月，杭州固守，堅不可克。魯王議抽兵屬國維西征；以禮部尚書餘煌兼兵部尚書事，督師江上。清朝貝勒王屯兵北岸，以江涸可試馬，用大炮擊南營，碎方兵中廚鍋灶。國安曰：‘此天奪吾食也’。更念隆武曾以手敕相招，入閩必大用，即不支，便道可退入滇、黔。五月二十七日夜，遂拔營走至紹，陳兵劫監國南行。二十八日，江上諸師聞報俱潰。鄭遵謙攜貲入海。二十九日，惟王之仁一軍尚在，將由江入海。國維與之仁議抽兵五千，分守各營。之仁泣曰：‘壞天下事者非他人，方荊國也！清兵數十萬屯北岸，倏然而渡，孤軍何以迎敵？之仁有船可入海，公兵無船，速當自為計’！國維乃振旅追扈監國。禮部尚書餘煌大張朱示，盡啟九門，放兵民出走畢，正衣冠赴水死。六月初一日，清兵渡江。國維行次至黃石岩，方、馬、阮兵斷所過橋，橋下刻大字二行雲：‘方馬至此，止□兵往前行’。國安、士英決計獻監國為投降計，乃遣人守監國。守者忽病，監國得脫，登海舶，傳命國維遏防四邑，遂過東陽，治兵再舉；時六月十八日也。二十五日，清兵破義烏，眾勸國維入山。國維曰：‘誤天下事者文山、疊山也，一死而已’！二十六日，清兵至七裏寺。國維具衣冠，南向再拜曰：‘臣力竭矣’！作絕命詩三章，自述曰：‘艱難百戰戴吾君，拒□辭唐氣厲雲。時去猶為朱氏鬼，精靈當傍孝陵墳’。念母曰：‘一瞑纖塵不掛胸，惟哀耋母暮途窮。仁人錫類能無意，有歿銜恩結草同’。訓子曰：‘夙訓詩書暫鼓鉦，而今絕口莫談兵。蒼蒼若肯施存恤，秉耒全身答所生’。
從容具衣冠，赴園池死。興國公王之仁載其妻妾並兩子婦、幼女、諸孫盡沉於蛟門下，捧所封敕印北麵再拜，投之水。獨至鬆江，峨冠登陸，百姓駭愕聚觀。之仁從容入見內院洪承疇，自稱仁係前朝大帥，不肯身泛波濤，願來投見，死於明處。承疇優以禮，命薙發，不從。八月二十四日，就戮西市。兵部侍郎陳函輝哭入雲峰山中，作絕命詞八首雲：‘生為大明之人，死作大明之鬼。笑指白雲深處，蕭然一無所累’。‘子房始終為韓，穆叔生死為魯。赤鬆千古成名，黃蘖寸心獨苦’。‘父母恩無可報，妻兒麵不能親。落日樵夫湖上，應憐故國孤臣’。‘臣年五十有七，回頭萬事已畢。徒慚赤手擎天，惟見白虹貫日’。‘去夏六月廿七，虛度一年世法。但嚴心內春秋，莫問人間花甲’。‘斬盡一生情種，獨留性地靈光。古衲共參文佛，麻衣泣拜高皇’。‘手著遺文千卷，尚存副在名山。正學焚書亦出，所南心史難刪’。‘慧業降生文人，此去不留隻字。惟將子孝臣忠，貽與世間同誌’。又昨自祭文一、埋骨記一，從容笑語，扃戶自經死。禮部侍郎王思任不食死。太仆少卿陳潛夫偕妻孟氏、妾孟氏，夫妻姊妹聯臂共沉河死。兵部主事葉汝〈艸〈木亙〉〉與妻王氏同溺死。兵部主事高岱絕食死，子諸生高朗赴水死。通政使吳從魯不薙發死。原任山西僉事鄭之尹沉水死。諸暨諸生方炯、山陰諸生朱瑋赴水死。蕭山諸生楊雪門自縊死。醫生倪舜年正襟危坐磁缸內，命人掩覆，朗聲誦佛死。
清兵至金華，大學士朱大典固守，攻月餘不下，用紅衣大炮破之。大典合門縱火焚死；其子師鄭邠，武進人，亦死。總兵張鵬翼守衢州，標下副將秦應科內應，城破，鵬翼及樂安王、楚王、晉平王皆被殺。督學禦史王景亮被執，不順遇害。馬士英、阮大铖等猶擁殘兵，數請入關，隆武以其罪大不許。馬士英遁至台州山寺為僧，隨為清將搜獲。阮大铖迎降，貝勒隨令內院辦事。方逢年、方國安及刑部尚書蘇壯等俱薙發投順。
是時舊撫田兵及方兵、鄭兵，號三家兵，或離或合，逶迤而南；所至劫掠，或挾婦女坐山頭，呼盧浮白，漫衍嶺界者四、五日。後關門無一守兵，亦無一敵兵，寂如也。又數日，清騎數十，從容過嶺。然清兵入閩，或由建、或由汀、或由福寧，俱走山穀間道出不意，不必仙霞也。潰兵先奔者，焚掠為食。至建寧，科臣黃大鵬、按臣鄭為虹閉城發倉米庫銀以犒，歡呼而去，一郡獨全。八月十七日，清兵至浦，百姓請出降，為虹不可。再請行，為虹又不可。未幾，清兵至，擁見貝勒。眾迫跪，為虹不屈。貝勒嘉其節，不忍殺，且勸薙發。為虹曰：‘負國不忠，辱先不孝。忠孝俱虧，我生何用？寧求速死，發不可斷也’。明日複召見，責輸餉。為虹謂‘清白吏何處可得金’？百姓爭欲代輸，贖以不死；為虹以民窮財盡，持不可，噴血大罵。貝勒下令斬之，為虹大喊奮躍，奪刀自刺胸不死，遂見殺。大鵬同日殉難。為虹義仆陳龍，與標下中軍遊擊原□、浦城千戶張萬明及子都司張翹鸞、都督洪祖烈從死。百姓為之祠焉。
隆武自芝龍去後，乃定計幸贛。八月二十一日啟行，猶載書十車以從，二十四日抵順昌，聞清兵已及劍津，且踵至，倉皇騎而奔，從行者止何吾騶、郭維經、朱繼祚、黃鳴俊數人。已而，何與郭亦散去。
清兵至順昌，搜龍扛，得馬士英、阮大铖、方國安父子、方逢年連名請駕出關為內應疏，在已降後。大铖方遊山，自投崖死，仍戮屍。士英等三人駢斬延平城下，家眷百餘口悉給賜兵丁。
清兵過延平而東，獨陳謙之子帥數騎追駕，為其父報仇，及於汀州。時隆武將入贛，因停一日，曝龍鳳衣，是以及於難。並擒曾後及護駕官朱繼祚、黃鳴俊，械至福州。貝勒斬隆武及後於市。繼祚勒致仕，旋為亂兵所殺。鳴俊許授五品官，以老疾辭免。禮部尚書曹學佺、通政使馬思理俱縊死。別遣李成棟、韓固山略定興、泉、汀、邵、漳州等處。九月初八日入泉州，德化知縣陳元青迎降。大學士蔣德璟絕食死之。十五日，至汀州。十月十九日，入漳州。漳州道傅從龍、知府金麗澤以城降，皆仍舊職任事。不三日，鄉兵起，殺從龍、麗澤。
初，清兵未至泉州，鄭芝豹先至，閉城門大索餉，皆計鄉紳家財勒取。不應，即梟首，至縛親家母於庭，抵暮得數萬。又具火手五百，將盡焚城中宮室，以餉未足，遲至明日。俄報固山兵將至，乃奔安平。芝龍保安平，軍容烜赫，戰艦齊備，炮聲不絕震天地。以前遣洪、黃之信未通，猶豫未敢迎師。又自恃先撤關兵，無一矢相加有大功，而兩廣素屬部下，若招兩廣以自效，閩廣總督可得，猶南麵王也。貝勒令泉紳郭必昌與芝龍最厚者招之。芝龍曰：‘吾非不忠於清，恐以立王為罪耳’。會固山兵逼安平，芝龍怒曰：‘既招我，何相逼也’！貝勒聞，乃切責固山，令離安平三十裏勿駐軍。而遣內院二人持書至安平，略曰：‘吾所以重將軍者，以將軍能立唐藩也。人臣事主，苟有可為，必竭其力；力盡不勝天，則投明而事，乘時建不世之功，此豪傑事也。若將軍不輔立，吾何用將軍哉！且兩粵未平，今鑄閩粵總督印以相待。吾所以欲將軍來見者，欲商地方人才故也’。芝龍得書大悅。其子弟皆勸芝龍入海，魚不可脫於淵，不願降。而芝龍田園遍閩廣，秉政以來，增置莊倉五百餘所，駑馬戀棧，遂進降表。過泉州，大張播告，誇投誠之勳；猶持貝勒書，招搖得官者就議價。十一月十五日，至福州，朝見貝勒，握手甚歡，折箭為誓。遂命酒痛飲，飲三日，夜半忽拔營起，遂挾之而北矣。從者五百人，皆別營不得見，亦不許通家信。芝龍對麵作家書數封，皆囑無忘清朝大恩語。而謂貝勒曰：‘北上麵君，乃龍本願；但子弟多不肖，今擁兵海上，倘有不測，奈何’？貝勒曰：‘此與爾無與，亦非吾所慮也’。
芝龍既行，鄭彩、鄭鴻逵、鄭成功皆率所部入海，張肯堂、沈猶龍等亦往舟山依魯王，芝豹獨奉母居安平。芝龍至京陛見，奉朝請。秋，鄭彩、鄭成功複又殺掠漳、泉諸縣，皆破之，汀、邵並亂；據建寧，閩郵為阻。
戊子夏，清兵再入閩破建寧，屠之，直抵漳、泉，鄭兵皆遁入海，至今沿海諸郡猶未得寧。
先是，福州既失，兩廣總督丁魁楚與廣西巡撫瞿式耜會議監國，而閣學兵部尚書呂大器自閩至，原任兵部尚書李永茂以守製並至。式耜首言監國永明王賢，且為神宗嫡孫，應立。永明王諱由榔，桂王之子。初封衡陽，以寇亂，徙寓梧。會桂王已薨，永明猶在衰絰中也；於十月十四日監國，改元永曆，以肇慶府署為行宮，推置僚署有差。魁楚、大器俱為大學士，式耜以吏部右侍郎兼閣學掌銓事；魁楚兼戎政，大器兼中樞，永茂請終製。而福建舊相蘇觀生、何吾騶俱遁回廣東，與布政使顧元鏡於十一月擁立隆武弟唐王聿〈金粵〉監國，年號紹武，以都司署為行宮。會贛州敗書至，司禮太監王坤趣永曆移梧避之。式耜謂‘今日之立，為祖宗雪仇恥，正宜奮大勇以號遠近。東人複不靖，苟自懦，外棄門戶、內釁蕭牆，國何以立’？爭之不得，遂移梧。尋還肇慶。
故大學士陳子壯書達式耜，請力馘蘇，而趣兵東。永曆遣兵科給事彭燿往諭之，粵東人，舊為秦令，有能聲，譬曉倫序監國先後、國家仇仇利害。觀生等殺燿於市，日集兵向肇慶。右司馬林佳鼎督兵靖東郊。東將詐降，陷佳鼎沒於水，東人益獗。式耜疏言：‘草昧之初，惟養聖德、修紀綱、慎政教、挽人心、布威武、起用人望、招徠賢俊為首務’。王坤者，固北閹，自南都失而入閩，隆武遣出，茲用司禮秉筆。有戶部郎中周鼎瀚，內批改給事中。瞿式耜力言不可，不聽。以粵巡使王化澄升粵督，尋代佳鼎晉少司馬掌中樞。大器先以病去矣。內批升化澄為大司馬。式耜疏言：‘化澄誠賢，有廷論；斜封墨敕，何可為例？請補部疏，尚得體’。蓋汲汲為閹預慮也。
晉永茂大學士。茂守製，僉請專知經筵，不入直。茂疏薦十五人為十五省鄉望。疏上，王坤啟視，殊不悅。未幾，十四人皆朱之，山西道禦史劉湘客一斥。永茂怫然曰：‘朝廷方以經筵責茂。茂以十五省人進，非私也。斥湘客者，斥茂也’！即日解舟去。式耜疏言：‘大臣論薦，新朝盛事，司禮監輒去取其間，無以服禦史，何以安大臣’？王坤複疏薦海內碩卿十數人，式耜又言：‘司禮抑人不可，薦人更不可’。吏部都給事中劉鼒等疏論：‘坤內臣不得薦人’。永曆怒，叱逐鼒等。式耜力持之，得複用。禦史童琳參都禦史周光夏，越資序，題差用，私亂台規，非法；命廷杖琳，式耜力救得免。升翰林院檢討方以智為中允，改禦史劉湘客為編修，充經筵講官，坤不悅。湘客且疑劉鼒疏出以智手，以智放舟去。時十二月十五日。
清朝總兵李成棟兵薄廣州，命前鋒數十人，以紅布裹頭，扮作廣軍，直至城下，奪門而入。副將杜永和擒紹武並周王、益王、遼王等，盡斬之。蘇觀生伏誅。顧元鏡、何吾騶皆投誠，百姓薙發歸順。時有石、馬、徐、鄭四姓，聯〈舟宗〉海上，花山楊光林亦擁眾數萬，水陸交訌，民不聊生。成棟相機剿撫，於二十三日發兵南韶，而親下肇慶。二十五日聞報，式耜請視師，督戰士駐峽口。王坤複請永曆西避之；式耜爭之不聽，遂駕小艇上西峽。丁亥正月朔至梧州。時丁魁楚惑於奸弁蘇聘，從梧西走岑溪。王化澄走潯州。隨行者止式耜一人。是月十六日，成棟克定肇慶，隨發副將楊文甫、張月領兵克取高、雷、廉三郡，即於二十九日一鼓而入梧州。廣西巡撫曹燁出降，梧屬俱遍令納印。及南雄、韶州二府報捷，別遣副將閻可義等前赴瓊州。
二月，永曆抵桂林。式耜肅殿陛，敕守禦，誕告楚、蜀各鎮。粵西居山川上遊，桂誠可都，疏請道裏之可達桂林者。王錫袞、文安之為相，周堪賡、郭都賢、劉遠生為六卿。時給事中丁時魁疏論新政，烺烺石劃；召掌禮科。給事中金堡素有清直聲，終製，敕召還。何騰蛟晉閣學督師。而丁魁楚在岑溪，屯兵千餘，清朝招之不服。乃水陸設伏，大戰藤江，丁兵敗，魁楚中箭死之。隰江、平樂相繼投順，高、雷、廉三府俱報捷。四月，清兵渡海，克定瓊州。
方警報之疊至也，王坤又趣永曆往楚。式耜上疏，言勝負存亡、山川要害甚激切；略曰：‘駕不幸楚，楚師得以展布，自有出楚之期。茲半年之內，三、四播遷，民心、兵心狐疑局促，如飛瓦翻手散而複手合’。又曰：‘在粵而粵在，去粵而粵危。我進一步，則人亦進一步；我去速一日，則人來亦速一日’。又曰：‘楚不可遽往，粵不可輕棄。今日勿遽往，則往也易；今日若輕棄，則更入也難’。又曰：‘海內幅〈巾員〉，止此一隅。以全盛視西粵，則一隅似小；而就粵西恢中原，則一隅甚大。若棄而不守，愚者亦知其拱手送矣’。擎跪涕泣，不可挽；無已，請身留桂。乃命式耜留守桂林，各路悉秉節製。式耜仍疏請暫駐全州，以扼楚、粵之中。