隨著移動夢網業務的展開，創始人們對騰訊的組織架構進行了第一次改造，整個公司被劃分成三大部門，分別是市場部門（M線，Marketing）、研發部門（R線，Research）和職能部門。各項任命中，馬化騰為首席執行官，曾李青為首席運營官，張誌東為首席技術官，陳一丹為首席行政官，負責所有職能行政及政府、法律事務，許晨曄則為首席信息官，負責公關及新聞媒體事務並兼管門戶網站。其他，財務經理是王齊，行政部經理是律師出身的郭凱天，首席財務官是曾振國，羅碩瀚為財務總監。
R線下設三個部門，基礎開發部，經理吳宵光，負責QQ的研發運營、公共技術研發、IDC係統維護；增值開發部，經理任宇昕，負責Web社區和廣告係統研發運營；移動開發部，經理鄧延，負責移動增值業務研發運營。李海翔是副CTO，協助張誌東做技術線的日常管理，重點管理公共技術研發、IDC係統運維、廣告和移動業務研發和運營。
M線下設綜合市場部和移動通信部，前者負責全國銷售隊伍的建設及管理，後者負責與三大電信運營商的業務對接，經理分別為鄒小旻和唐欣。
在公司決策上，騰訊形成了總辦會議的製度，每兩周召開一次，參加者為5位創始人、各業務部經理及法務、財務及人力資源等職能部門主管，人數約為10到12人。這個人數規模一直沒有被突破，一直到2013年，騰訊的總員工人數已超過2萬人，總辦會的參與者也不過是16人。
總辦會是騰訊最為核心的決策會議，馬化騰要求所有與會者無論日常工作多麼繁忙，都務必前來參加。每次會議都是在上午10點準時開始，一般都要延續到淩晨2到3點，因此是一次考驗體力的馬拉鬆會議。
“Pony喜歡開長會，每一個議題提出後，他都不會先表態，而是想要聽到每一個人的態度和意見，所以會議往往開得很漫長。”好幾位與會者對我透露過開會的情景，“在總辦會上，幾乎所有重要的決議都是在午夜12點以後才做出的，因為到那個時候，大家都太疲勞了，常常有人大喊‘太困了，太困了，快點定下來吧’，然後就把一些事情定了下來。”
一個比較特殊的慣例是，騰訊的總辦會沒有表決製度。
根據陳一丹和奚丹等人的記憶，“十來年裏，沒有一次決策是靠表決產生的。”在部門業務事項上，相關責任主管的意見很受重視，“誰主管，誰提出，誰負責”。在關係到公司整體戰略的事務上，以達成共識為決策前提，若反對的人多，便會被擱置，而一旦為大多數人所讚同，反對者可以保留自己的意見。在這一過程中，馬化騰並沒有被授予“一票讚同”或“一票否決”的權力，他看上去更像是一位折衷者。
在訪談中，許晨曄對這一機製的理解是：“我覺得騰訊的集體決策機製是創始人多年磨合出來的，因為都是股東又彼此信任，因此探討主要以事情為主，探討到事情清楚或較為清楚為止。這樣，決策相對會慢一些，但各種情況的預見性和決策的成功率會高很多。”