抗日戰爭後期，彭德懷沒有重返八路軍總部，而是以總參謀長的身份，在延安協助毛澤東指導全國的抗戰。
1945年8月，日本天皇宣布無條件投降，中國人民終於贏得了抗日戰爭的偉大勝利。抗戰勝利後，國共矛盾上升。駐延安的美軍觀察組和美國記者頻繁活動，極力宣傳原子彈的威力，警告中共不能與國民黨打仗，因為有原子彈的美國會幫助國民黨。
一位美國記者到參謀部來采訪彭德懷。
他問：“美國在日本的廣島、長崎投下的兩顆原子彈，威力是毀滅性的，給日本造成的損失太可怕了，實在無法形容，你聽說了嗎？”
彭德懷輕蔑地看了他一眼，反問：“有這種事嗎？不知道。”
美國記者大驚小怪起來，說：“哎呀呀，你怎麼這樣閉塞，這樣無知，連這麼大的事都不知道。”
彭德懷微笑著說：“不是我無知，而是你太愚蠢了。中國共產黨人連死都不怕，還怕什麼原子彈！你的愚蠢才是我真不知道、沒有料想到的！”
美國記者討了個沒趣，麵紅耳赤。
參謀部的工作人員開懷大笑。
毛澤東聽說這事後，驚奇地說：“沒想到彭老總還有這一手！”
為迎接不可避免的全麵內戰，毛澤東在延安小禮堂升帳點兵：派聶榮臻重返晉察冀解放區，派劉伯承、鄧小平前往晉冀魯豫解放區，派陳毅前往山東解放區，派林彪前往東北……一個個將領紛紛領命而去。徐向前坐不住了，來到小禮堂：“主席，還有我哩！”
“我沒有忘記你，可是你現在身體不好，需要休息，先把病治好。”毛澤東寬慰道。
徐向前說：“我的病不嚴重，不要緊。”
毛澤東說：“好，那就把山西、太原這一坨給你留著。”
徐向前高興極了，第二天就策馬直奔山西。
彭德懷沒有去找毛澤東，毛澤東也沒有主動地點他的將。
他們都在等待。
蔣軍在西北集結了34個師(旅)共25萬人馬，部署胡宗南集團從南線進攻，馬步芳、馬鴻逵及鄧寶珊部從西線、北線策應，留下東麵缺口，計劃第一步以閃電戰拿下延安，摧毀中共首腦機關；第二步聚殲共軍於黃河以西；如若不成，則將其趕往黃河以東，徹底解決陝北問題。蔣介石將西北戰場的帥印授給胡宗南。
3月13日淩晨，敵人如期發動進攻。洛川、宜川兩路敵軍如同張開鋒刃的剪刀，一左一右由遠而近迅速推進。當地麵戰鬥還在延安以南展開時，國民黨飛機首先光臨延安，僅第一天就有75架轟炸機輪番轟炸延安城，投彈總量達59噸之多。3月12日，為保證在任何情況下黨的中樞機關都能運轉自如，中央決定朱德、劉少奇、任弼時、葉劍英率一部分機關人員離開延安轉移到子長縣(瓦窯堡)，城內留下毛澤東、周恩來，住址由棗園後溝搬至王家坪人民解放軍總部。
王家坪總部窯洞外，圍坐著部分參戰部隊的指揮員。
“我們在延安住了十年，動手挖了窯洞，開荒種了小米，學習了馬列主義，培養了一大批幹部，指揮抗日戰爭取得了勝利，領導了全國革命。現在中國、外國都知道有個革命聖地——延安。”毛澤東扳著指頭，逐一數說著延安的功勳，十分激動。
“延安不能不保，但保衛延安不能死保。戰爭不能隻限於一城一地的得失，而主要在於消滅敵人的有生力量。‘存人失地，人地皆存；存地失人，人地皆失’，蔣介石打仗爭地盤，要延安，要開慶祝會。我們打仗是要俘虜他的兵，繳獲他的武裝，消滅他的有生力量。他打他的，我打我的。大路朝天，各走一邊。蔣介石占延安，是搬起石頭砸自己的腳，等他背上這個很重的包袱，我們再收拾他，他就倒黴了，等蔣介石算清這筆賬，後悔也遲了。”毛澤東通俗曉暢的解釋打消了幹部們頭腦中的顧慮和擔憂。
保衛延安的前哨戰在城南臨真鎮、金盆灣、牛武鎮、富縣茶坊一線展開。彭德懷以總參謀長的身份親臨前線，指揮教導旅和警備第三旅約5000餘人組織寬約90公裏、深約60公裏的運動防禦陣地，層層阻擊胡宗南部隊。另以張宗遜、廖漢生帶領的第一縱隊及新四旅位於二線待機。
毛澤東也有頭痛的事。陝北戰場上的人馬雖然不多，但兵源卻不少。教導第一旅是從冀魯豫軍區抽回來的，教導第二旅是從晉察冀軍區以及各分區的精銳部隊中抽選出來組建的，新編第四旅是從太行奉令趕回的，張宗遜、習仲勳所帶第一縱隊來自晉綏軍區。上述部隊雖然也進行過初步整訓，統編為陝甘寧野戰集團軍，但隻是番號上的組合，並未形成真正的統一機製。特別不妥的是，這些部隊統屬中央軍委直接指揮，事務繁多，戰場形勢千變萬化，任務和形勢日愈嚴峻，中央軍委在指導全國戰局時很難兼顧，必須選派一位大將獨擔此任。按照區域劃分和部隊主要來源，陝北戰場應該由賀龍出掌帥印。他是陝甘寧晉綏聯防軍司令，可是晉綏正忙於整黨、整軍、土改，一時脫不開身，而且戰鬥打響後，河西的人馬、彈藥、糧餉、補充和戰略聯係均需賀龍在河東策應。那麼，選誰合適？
3月16日，毛澤東、周恩來、任弼時圍坐在火盆邊。窯洞內安靜極了，他們都想到了一個人，但誰也沒吱聲。
窯外傳來吉普車刹車的聲音，車未停穩，便聽到一個大嗓門嚷道：“快加油，我一會兒還要趕回前線。”不一會，門簾“呼啦”掀開，走進彭德懷。
“回來得真快，說說前線情況。”毛澤東招呼彭德懷坐下，周恩來側側身子，給他讓座，任弼時送上一杯熱氣騰騰的濃茶。“總的看來，情況是好的，部隊士氣旺盛，指戰員決心很大，從富縣到臨真鎮100餘裏都構築了防禦工事。但有三件事還沒有做好。”彭德懷一邊喝茶，一邊簡要彙報巡視南線的情況。
“哪三件事嗬？”毛澤東關切地問。
“第一，部隊彈藥太少，每人還不到五十發子彈，有的迫擊炮隻有二十發炮彈。第二，中央和延安各機關疏散速度太慢了，需要加快。特別是中央，要盡快下決心撤出延安城。第三，要立即建立西北戰場的指揮機構。”
“你說的前兩個問題好辦。後麵一個問題，我們也在作難。”周恩來說。
“我有一個建議。不過我聲明，我這不是鬧情緒，也不是個人有野心。”彭德懷神情有些緊張。
華北座談會以後，彭德懷變成了一個靶子。雖然毛澤東和中央、中央軍委仍舊倚重他，但總有些人看不慣他，時時忘不了敲打他。全麵內戰爆發後，一次閑談中，有同誌講到蔣介石擁有龐大的軍隊，如果集中進攻解放區，恐怕不太好對付。彭德懷一拍大腿，跳了起來：“幾百萬軍隊有什麼了不起的，大不了再跟老蔣打幾年遊擊。我隻要中央給一個團的兵力，就能跟他打到底！”結果，話傳到有些人耳中，就引來一陣非議。有的指責他狂妄自大，個人英雄主義，有人指責他借機向中央要兵權，犯了軍閥主義錯誤，還有的聯係百團大戰，指責他仍不知約束自己……搞得彭德懷十分惱火和憤怒。這次如果處理不好，可能又會授人以柄。
“說下去！”毛澤東催促道。
“我想，在賀龍同誌還沒有回延安之前，陝北這幾個旅，加上地方部隊和後勤人員也不過兩萬多人，請主席和在座二位考慮，是否先由我指揮一下，擊退胡兒子再說。”彭德懷按陝北百姓的習慣，把胡宗南稱為“胡兒子。”
毛澤東、周恩來、任弼時驚喜地交換目光，他們剛才都想到了彭德懷。彭德懷此時擔任中央軍委副主席兼解放軍總參謀長，要他就任區區2萬人馬的戰場指揮員，實在有點委屈，而且陝北戰局又是如此凶險。
“我隻是暫時代理。等賀龍同誌返回延安，仍請他來指揮。”彭德懷見沒人表態，忙補充了一句，仍然是怕人說他伸手索權。
“老彭啊，在危難之時，你總是把重擔往自己肩上放，叫人佩服哩。”毛澤東心裏一顫，站了起來，抓住彭德懷的手，緊緊地握住：“你這次不是什麼鬧情緒，有野心，想那都是沒影的屁話。你這是臨危請命，為黨分憂，為我毛澤東解難哪。”
兩人一時都有些激動。捅破隔在心中的窗戶紙後，兩人都覺得敞亮，長舒了一口氣。
“好啊，彭大將軍主動請纓，毛主席拜將授印，兩全齊美，胡兒子有好受的了。”任弼時咂著桃木煙鬥，笑著鼓舞。
“你現在需要什麼？”周恩來問。
“我要幾個人，組成野戰司令部。”彭德懷隻提出了一個最起碼的要求。
當日，中央軍委發布命令，所有駐陝甘寧解放區的野戰部隊和地方武裝，統歸軍委副主席兼總參謀長、解放軍副總司令員彭德懷、和中共中央西北局書記習仲勳指揮。其中，將第1縱隊、第2縱隊、新4旅、教導旅編為西北野戰兵團，同時將警1旅、警3旅、新1l旅、騎6師劃為地方部隊，配合野戰軍作戰。
彭德懷受命於危難之際。他以大刀闊斧、雷厲風行的作風，組建起當時全國戰略區中最微型的野戰司令部，由張文舟、王政柱任正、副參謀長，徐立清(後甘泗淇)、張德生任正、副政治部主任，劉景範任後勤部司令員。
最能體現彭德懷風格的莫過於一件小得不能再小，同時也是大得不能再大的難事：勸毛澤東離開延安。
毛澤東對延安感情深厚。從1935年11月安家陝北以來，10餘年間除1946年重慶談判離開過40多天外，他一直工作、生活在延安。看慣了清澈柔和的延河水，看慣了矗立雄挺的寶塔山，看慣了晨霧靄雲、落日牛羊，看慣了這兒的一草一木。他在城門口送走一批批奔赴全國的幹部，一次次地叮嚀：“是延河水和陝北老鄉的小米把你們喂養大的，千萬別忘了延安。”他深深眷念著這塊純樸、滾燙和深情的土地，猶如青枝之戀樹根、紅花之戀綠葉、甘泉之戀山梁、遊子之戀慈母。這種感情每個喝過延河水的人都有，而在毛澤東身上表現得最濃烈。另外，他蔑視胡宗南外強中幹、繡花枕頭般的囂張，堅持要最後一個撤離延安城，要親眼看看胡宗南的兵長的是什麼樣子。