然而，這隻“瓷器店中的猛牛”還真是犯了強牛脾氣，認為值此關鍵時刻，有壓力、有不同意見實屬正常，越是這樣，越應當迎難而上，勇於任事。於是他對所有反對者說：“我要把建議呈給行政院長，時機成熟，他會征詢大家意見的，屆時大家可以提出反對意見。”大小官員們眼瞅做蔣的思想工作並無結果，於是紛紛去院長辦公室“告禦狀”，把事情一直鬧到蔣介石那裏。
而蔣廷黻於二月底將建議稿完成後呈遞上去，滿懷希望的期待蔣委員長能夠明察秋毫，虛心納諫，推行自己的主張。不料，三月底，蔣介石命他和翁文灝對調工作，由翁來負責改革中央政府，蔣廷黻轉而主持地方行政改革。蔣廷黻不幹，認為蔣介石有欠公道。他給胡適寫信表示：“我個人的去留是無關宏旨的，我們不幹政治則已，幹則此其時矣！”在蔣廷黻看來，這無疑是一種借打壓一人以平息眾怒的傳統行為，實際結果必會導致政府內部惰性愈發嚴重，他心裏自然十分不快，“我認為院長對我欠公道，不采納我的建議，甚至連告訴我一聲都沒有”。蔣介石的此種做法何止是有失公道，這明顯還是中世紀的那一套家長製作風，生殺予奪、是非對錯都是由他一人說的算，別人永遠無從插嘴。不知經曆西方係統近代□□自由觀念熏陶的蔣廷黻，是否已經發覺這個自稱是要帶領人民實現現代化的國民政府實際上仍舊是一座披著現代政府外殼的前現代城堡，裏麵的中世紀氣味幾乎讓人窒息。他輸給的不是那些反對者，而是這套形新實舊的製度。不過，雖然倍感失落，但蔣廷黻並沒有退回講壇，而是待在政府，等待下一次機會。他的人生悲劇從此也就緩緩拉開了大幕。
更令蔣廷黻啼笑皆非的是，一年之後，他的建議居然大部分都實現了。鐵道和交通兩部真的合並了，經濟委員會和建設委員會也一並裁撤了，農林部也成立了。然而，這些變動僅是徒有其表而已，例如，新成立的農林部實際上隻是紙上談兵。前後的幾任部長都是軍人，為了酬庸他們的功勞給他們一份閑差事。他們毫無農業經驗，國家的農業情況不僅沒有起色，反而每況愈下。國民政府的機要部門職務，竟成為犒勞功臣的賞賜，這令蔣廷黻寒心不已，後悔當初提出改革建議，不禁慨歎當初一些反對自己的人實在比他有遠見。
最讓蔣廷黻想不通的是，僅入閣三個月，未等自己的拳腳施展開來，蔣介石就把他外放到莫斯科去做大使。當時的情形大體如下：1936年6月的一次非正式會議上，大家討論派遣駐蘇大使的問題。外交部長張群提名吳鼎昌、顧維鈞及外交部次長徐謨等人出任駐蘇大使，孔祥熙又增提了王正廷。會中討論上述提名人選究竟何人適當。在各方爭論不休、難有結果之際，蔣介石突然轉身對蔣廷黻說：“廷黻，你願意去莫斯科嗎？”他不等蔣廷黻回答，繼續說：“你考慮一下，三天內答複我。”出席者無不拍手讚成，最熱烈的是吳鼎昌。這一次，蔣介石將重任拋給蔣廷黻的目的肯定不僅限於蔣具有豐富的外交知識，了解蘇聯形勢，更主要的意圖大概有二：一是二戰前夕，中蘇關係十分微妙，其中的許多未知因素和意外情況實在無法預料，故出使蘇聯不啻是一件苦差事，眾人皆不願自找麻煩；二是入閣三個月以來，蔣廷黻橫衝直撞，“惹是生非”，蔣介石或許有意借助這個時機安排蔣廷黻接手這一棘手攤子，以期衝散一下他身上的那股子學者氣息和打磨掉他鋒芒畢露的猛牛棱角。