1942年10月19日至1943年1月14日，中共中央在延安召開了88天的西北局高級幹部會議。這次會議，是用整風的精神總結陝甘寧邊區的曆史經驗和檢查陝甘寧邊區工作的會議。會議的前一階段主要總結了中央紅軍到陝北以前陝甘寧邊區的曆史經驗，分清路線是非，肅清“左”的錯誤的影響。接著，毛主席在會上做了斯大林關於布爾什維克化十二條的宣講報告，一方麵概括了邊區黨的曆史教訓，指出與錯誤路線作鬥爭的必要；另一方麵指出要聯係當前邊區工作的實際，特別要就鬧獨立性和自由主義的偏向進行整風。在會議的後一階段，提出“整黨、整民、整政、整軍、整關（係）”結合，開展批評與自我批評。當時，團以上幹部有七十多人在會上發言，各自檢討自己工作中存在的“三風”。毋庸諱言，在這次會上我做了自我批評，同時也受到了批評。留守兵團五年來的工作中，取得了很大的成績，也存在一些問題。高幹會上批評了留守兵團存在的一個問題是幹部輸送方麵的本位主義、個人主義。實事求是地說，留守兵團從那樣一個比較散亂的狀況，經過幾年的艱苦努力，白手起家，在毛澤東同誌、中央軍委的親切關懷下成長起來，的確是不容易的。作為我這個直接領導者來說，對這個部隊的每一個官兵更是倍加珍愛。那時，前方部隊需要幹部，就到後方來要，留守兵團陸續向前方輸送了一批幹部。自己手下好的幹部、戰士送出去，作為指揮員，好像嫁姑娘一樣，是有些舍不得的感情。同時從保衛陝甘寧邊區，保衛黨中央、毛主席的任務來說，沒有一定數量的部隊也不行。我記得項英向我們要幹部，並點名把楊立三和一位姓範的副官處長要走了，我向毛主席報告這件事的時候，毛主席說，前方需要幹部，後方也需要幹部，這個關係要處理好。留守兵團的幹部調動頻繁，情緒就不容易安定，要注意這個問題。當時在部隊中，從上到下要求上前線的呼聲非常強烈，這種積極進取，不怕犧牲的精神是很可貴的，但留守後方保衛革命大本營的任務又不允許大家都上前線。對此我們做了很多思想工作，如果上前線的口子開大了，部隊的思想就更加波動。直至解放以後，當時留守兵團的一些旅團幹部見了我還一個勁地埋怨我當初不讓他們去前線。對此，我隻好向他們表示歉意了。總之，從考慮留守兵團所擔負的任務出發，我當時的確對有些來要幹部的同誌沒有完全滿足要求，基本事實和想法就是這樣。
再一個問題是軍政、軍民關係問題。在軍政關係上，留守兵團有不尊重地方政府的現象，對西北局的領導，沒有經常向他們彙報、請示工作，部隊中也存在一些不尊重地方政府，和地方政府鬧糾紛的事情。下麵有些部隊政策觀念不強，在生產上有的與民爭利，有的做違反政府法令的事，影響了軍民關係。高幹會議上批評留守兵團不尊重西北局和地方政府，有鬧獨立性、本位主義、個人主義、違反群眾紀律等缺點錯誤，這些批評是中肯的，我作為留守兵團的主要負責人，對這些問題要負主要責任。那時候那種“知無不言，言無不盡，言者無罪，聞者足戒”的風氣也是很令人懷念的。在會議後期，對留守兵團的錯誤的批評有些是擴大化了，上綱過高，例如說是路線錯誤，是軍閥主義，甚至與張國燾的“軍黨論”相提並論，對留守兵團的幹部打擊麵過寬，挫傷了一部分同誌的積極性，這一曆史問題，也應當實事求是地加以說明。
在處理軍政、軍民團結這個問題上，毛澤東同誌對我進行過多次教育，使我難以忘懷。當時的軍政關係，主要是留守兵團與西北局的關係，而高崗是西北局的主要領導人，這個問題說起來是有曆史淵源的。剛到陝北時，陝北紅軍中“左”的路線正在打擊劉誌丹同誌，也包括高崗。毛主席了解到這個情況，及時地將他們解救出來。劉誌丹是陝北紅軍的創始人之一，是一個以革命利益為重、很正派的好同誌。中央紅軍到陝北後，他沒有一點自恃陝北根據地主人向黨討價還價的思想，而是兢兢業業地工作，維護黨中央的領導。不幸，在紅軍東征山西的作戰中，劉誌丹英勇犧牲了。誌丹同誌犧牲後，高崗成為陝北紅軍中的最高領導人。毛澤東同誌對陝北的幹部是非常尊重的，他特別注重外來幹部與本地幹部的團結，認為這是保證中央路線順利貫徹執行的重要條件。而我對這一點則認識不足。實事求是地說，當時我對高崗的印象並不佳，感到這個人政治水平低，眼界卻很高，計較個人得失，品質也不好。在我當軍委參謀長的時候，高崗從三邊剿匪回來，中央決定讓他暫留在軍委一局代理局長，高崗得知後大為不滿，認為這個安排太低。後來，他當了邊區保安司令部的司令。成立留守兵團時，保安司令部隸屬於留守兵團。因而，在一個時期裏，我把對高崗的關係僅處理成一般的隸屬關係。有一次飛機場正在修理，有飛機要降落，我讓高崗去督促快些把機場修好，結果任務沒完成，我還對他發了火。以後，高崗成了西北局的領導。我當時認為，留守兵團屬於中央軍委直接的領導，與西北局沒有直接隸屬關係，所以也沒有經常向西北局報告工作。對此，毛澤東同誌多次教育我，批評我，要我尊重高崗，尊重地方政府，搞好軍政關係。毛主席說，軍隊和地方出了問題，軍隊首先要做檢討。軍隊和地方鬧了矛盾，軍隊首先做了自我批評，事情就比較好辦了。這作為一個原則定下來。毛主席還推心置腹地對我說，要尊重西北局的領導，連我們中央決定的事都要通過一下西北局，你留守兵團決定的事怎麼能不通過一下西北局呢？部隊在哪裏住，也就應當尊重哪裏的地方政府。毛澤東同誌善於團結一切可以團結的人一道工作，他的領導藝術是很高超的，這點對我教育特別深刻。記得毛主席曾經和我談，要我經常出去走一走，到軍隊、地方政府以及軍隊和地方的領導同誌中間走一走，加強聯係，增進了解，發現問題，及時解決。而這正好是我的弱點，我就是不善於做這種聯絡工作。所以有一次，毛主席半開玩笑半認真地對我說：“蕭勁光，你是個大知識分子。”開始，我聽到這話時吃了一驚，心想，我怎麼算個大知識分子呢？後來仔細回味毛主席的話，理解這可能是一語雙關，一方麵在那個時候像我這樣的高中生、又出國吃過幾年洋麵包，在革命隊伍中可以算是個“大知識分子”了，另一方麵可能是對我工作作風的批評，說我這個人不善於疏通關係，辦事死板，常被人認為是自恃清高，有些“大知識分子”的味道吧。