薩馬拉戰役的海上部分是在離薩馬拉港口五十海裏的海麵上進行的，大西洋艦隊成功的在那裏截住了北逃的巴比倫方舟船隊，同時被截住的還有美國派來接應的艦隊，於是一場大海戰就在薩馬拉的外海展開了。
看得出當時的美國人下了很大的決心，一定要把巴比倫人救出生天，於是派出了幾乎他們所有在大西洋上的海軍力量：三艘航母加五艘戰列艦以及一大堆各種各樣的船——驅逐艦、護衛艦、補給船之類，總數總在一百艘上下。
大西洋艦隊在海上奮戰的時候，我在布置接管薩馬拉的工作。經過一場激烈的巷戰，薩馬拉大部分街道和建築都被摧毀了，幾十萬難民在廢墟和屍體堆間掙紮，遍地都是垃圾，散發著衝天的臭氣，疾疫已經開始流行。於是遠征軍不得不客串救難者的角色：掩埋屍體、清理廢墟、把巴比倫難民集中起來管理、肅清抵抗組織的殘餘抵抗……每個人都戴著口罩，在越來越熱的天氣裏幹著苦工。誰也顧不得別的，首先就是清理屍體，有難民的、有巴比倫士兵的、也有我們的人的……在5月炎熱的天氣裏散發著難聞的臭味。如果放任不管，等傳起瘟疫來，細菌才不管誰是勝利者呢。
海戰持續了三天，雖然我派出了中部集群的空軍前去助戰，但是效果不大。因為據說海上作戰需要特別的訓練，而我們這些飛行員都習慣了在陸地上空作戰。大西洋艦隊雖然也有兩艘航母，但是要對付敵人的三艘，還是相當吃力。
按我的本心，巴比倫已經到了窮途末路，就算被他們逃出去，也成不了什麼大氣候——離開了本土，流亡他國的政府和軍隊，就好象植物離開了土壤，遲早是會枯萎的。但是軍委的人並不這樣想，他們隻想抓到巴比倫政府的所有高官，最好押回北京來，據說這樣就可以“宣揚我們的勝利”，同時“打擊敵人的士氣”。我不知道有什麼能比自己的一個盟國徹底滅亡更能打擊敵人的士氣，依我看軍委的人不過是想好好的誇耀一番，同時為下次的政府換屆選舉拉點人氣，這還是中國人第一次完整的征服一個國家呢！
話是這麼說，但是戰爭不是按某些人的想法進行的。雖然北京國防部一再嚴令大西洋艦隊一定不要放過“巴比倫方舟”，大西洋艦隊也做出了最後的努力，但是跋涉重洋幾經鏖戰的海軍畢竟不是鐵打的。44天以後“巴比倫方舟”船隊雖然有三艘船被擊沉，數千人死亡，但還是大部逃出了中國人的手心。美國人打得很英勇，也許美國的海軍比他們的陸軍更有榮譽感更不怕死？他們為了拯救盟友的確是不遺餘力，甚至發生了用自己的戰艦去擋魚雷之類的事情，讓人驚歎之餘也對美國的海軍相當敬佩。
5月26日，薩馬拉戰役結束了。大西洋艦隊遭受重創，大部分護航艦艇受傷，被擊沉9艘，兩艘航母也都中彈受了傷，“安瀾號”中了三枚導彈，遭受重創，“定濤號”也受了輕傷，艦載機聯隊損失慘重，損失比達2/3。整個艦隊總計的傷亡在3000人左右，戰鬥力隻及原來的一半不到。美國人方麵損失比我們略大一點，因為他們處於守勢，整個海岸又都不受他們控製，他們有十二條船被擊沉，傷亡約4000多人。總體而言，這場海戰是打了個平手。