妙玉在太虛幻境“薄命司”的《金陵十二釵正冊》中，居第六位（第五頁）；在《紅樓夢十二支曲》中，關於她命運暗示的“世難容”一曲，亦安排在涉及黛玉、寶釵、元春、探春、湘雲的曲後，仍是第六位，這是很費解的。金陵十二釵中，隻有她一人不屬於賈、史、王、薛四大家族，既非其血統，亦非李紈、秦可卿那種嫁到其中的女子，可是她卻不僅名列於基本上由四大家族女性壟斷的名冊中，並且還排名居中，大有雲斷高嶺之勢，這實在值得探究。
所謂《金陵十二釵正冊》以及《紅樓夢十二支曲》中的女性排名，並不以輩分長幼為序，更不是先賈氏成員再及其他，而完全是以該女性在《紅樓夢》全書中的重要性來排座次的，所以黛玉、寶釵穩居一、二（她們在冊中合為一畫一詩，在曲中亦合二為一），元春因是關係四大家族，特別是賈氏榮辱沉浮的首要角色，故排第三，緊接著的是探春，她雖比迎春小，且是庶出，但作者極為看重她，該女子是在家族危難時，獨能站出來支撐殘局的頂梁柱，因此排第四，第五是史湘雲，說實在的，把這位與黛、釵一樣與寶玉有著不尋常的情感關係，並最後相廝守，且僅前八十回中便有大量篇幅精心刻畫、令讀者目眩心醉的角色排第五，已有委屈之感（由此也可反證出，探春這一“脂粉英雄”在作者構思中具有多麼重的份量！）誰該排第六呢？難道不該是王熙鳳？“原應歎息”已出其二，難道不該推出迎春和惜春？可是，偏偏連霸王似的鳳姐兒，以及正門正戶的迎、惜姐妹都“靠邊站”，第六位竟是一位不知姓氏為何、真名失傳，單知其法號的妙玉！
曹雪芹著《紅樓夢》，在整體構思中將妙玉置於如此重要的地位，一定有他充分的道理。但在現在所留下的前八十回真本中，除去第五回的冊頁、仙曲中提及不算，妙玉也就出現了六次而已，並且其中四次都是暗出，真站出來亮相，隻有兩回罷了。
先說四次暗出。一次是第十七回至十八回中，大觀園已造好，並且從姑蘇采買的十二個女戲子，還有聘買的十個小尼姑、小道姑都有了，忽有林之孝家的來跟王夫人回話，說“外有一個帶發修行的，本是蘇州人士，祖上也是讀書仕宦之家……今年才十八歲，法名妙玉。如今父母俱已亡故，身邊隻有兩個老嬤嬤，一個小丫頭服侍。文墨也極通，經文也不用學了，模樣兒又極好……去歲隨了師父上來，現在西門外牟尼院住著。他師父極精演先天神數，於去冬圓寂了。妙玉本欲扶柩回鄉的，他師父臨寂遺言，說他‘衣食起居不宜回鄉，在此靜居，後來自然有你的結果’。所以他竟未回鄉。”王夫人不等說完，便說：“既這樣，我們何不接了她來。
”林之孝家的道：“請她，她說‘侯門公府，必以貴勢壓人，我再不去的。’”王夫人笑道：“她既是官宦小姐，自然傲些，就下個帖子請她何妨。”於是果然下帖子將妙玉請進了大觀園攏翠庵。據此，不少研究者認為，妙玉父母是獲罪被除，王夫人此舉，是藏匿罪家之女，並是導致八十回後賈氏“家散人亡各奔騰”的原因之一。但是依我的思路，賈氏在此之前已因收養藏匿皇帝政敵的後裔秦可卿，導致了一場大驚恐（第十六回開首，皇帝降旨，唬煞賈氏滿門，賈赦賈政等入朝後，“賈母等合家人等心中皆惶惶不定”），在總算安渡此次危機，且進入元妃得寵的“烈火烹油、鮮花著錦”的盛筵期，最沒有殺伐膽識的王夫人，是不會冒大不韙，作主藏匿一個罪家之女的，更何況還下帖子，留下“鐵證”。
從王夫人“笑道”的行文來看，她下命令請妙玉時，心態是很輕鬆的。及至寫到賈元春遊幸大觀園，“忽見山環佛寺，忙另盥手進去焚香拜佛，又題一匾雲：‘苦海慈航’。又額外加恩與一般幽尼女道。”這算是妙玉又一次暗出。她是與元妃見了麵的。以元妃的警惕性，是肯定要詢問她的來曆的。賈府犯不上在元妃眼皮底下再次藏匿罪家之女。第三次暗出，真是暗之又暗，那是在第五十回，李紈罰寶玉去攏翠庵求紅梅，寶玉乞得紅梅後笑道：“你們如今賞罷，也不知費了我多少精神呢。”第四次是在六十三回，寶玉壽誕，妙玉打發一個庵中媽媽送來一個“檻外人妙玉恭肅遙叩芳辰”的賀帖，寶玉第二天才發現，不知該如何回禮，巧遇邢岫煙，這才知道妙玉在太湖邊的蟠香寺修煉時，岫煙與其十年為鄰，乃貧賤之交，又有半師之分，妙玉是因為“不合時宜，權勢不容”，才投到賈府，岫煙深知妙玉“放誕詭僻”，“僧不僧，俗不俗，女不女，男不男”，自稱“畸零之人”、“檻外人”，喜人自謙檻內塵世擾擾之人。這後兩次暗出，都使得一些論家推導出妙玉暗戀寶玉的結論，高鶚續後四十回，也順此思路一路荼毒妙玉到底。