2183年
銀河係議會控製區域
坐標：機密
一座沒有任何標識的巨型空間站裏，一名特工正在彙報著什麼。在這件空曠的辦公室玻璃窗之外，是一顆巨大的紅巨星。
“薛帕德把所有的事都完成了，這超過了我們的預期。”這名名叫米蘭達·羅森的人正在看著那顆紅巨星。
“指揮官薛帕德，揭開了真相。”坐在陰影之中的神秘男子正在吸著昂貴的香煙。
“但是這遠遠不夠。”米蘭達說著，轉過了身。
“我們正處於戰爭之中，沒有人願意承認，但是這是事實。人類正在遭遇襲擊。”神秘男子撣了撣煙灰。
“但是他們派她去打桀斯，桀斯！”米蘭達看著神秘男子，“我們都知道那不是真正的威脅，收割者就在外麵。”
“那就要靠我們來阻止他們了。”神秘男子從秘書手裏接過一份報告。
“理事會不會相信我們的，他們不會接受我們的幫助。”米蘭達歎了口氣，“但是薛帕德，他們會聽她的，她是個英雄，一個真正的偶像。但同時她也不過就是個普通女人罷了。如果我們失去了薛帕德，人類會跟著一起墜落。”
“那就確保我們不會失去她。”神秘男子熄滅了香煙，用他那略帶詭異的藍色眼睛看著他的得力幹將。他背後的牆上，依舊是那個巨大的橘黃色鏤空六邊形標誌——塞伯魯斯。
銀河係界神星係歐米茄星雲
阿瑪達星係
星係聯盟海軍SSV諾曼底SR－1號護衛艦正在執行例行巡邏任務。這艘擁有銀河係最尖端隱身技術的護衛艦可以在混亂的界神星係之中穿梭自如而不被敵人發現。
這裏集結了來自銀河係四麵八方的精英人才。艦長星係聯盟海軍N7特種部隊指揮官人類幽靈珍妮·薛帕德中校、生物異能者星係聯盟海軍中尉凱登·阿蘭科、駕駛員星係聯盟海軍飛行中尉傑夫·莫羅、前C－Sec警官突銳戰士蓋拉斯·瓦卡裏安、克洛根賞金獵人萊克斯·厄德諾、奎利工程師塔莉·佐拉、阿莎麗普洛仙專家同時也是強大的生物異能者莉亞娜·T蘇尼以及星係聯盟海軍最優秀的艦員。就在兩個星期之前，這支小隊成功粉碎了一次針對整個銀河係的重大陰謀。他們在最後關頭擊潰了企圖召回大部隊的收割者前鋒——霸主，粉碎了收割者入侵銀河係的計劃。
但是盡管神堡理事會最終認可了人類對於銀河係所作出的巨大貢獻並且吸納星係聯盟加入了神堡理事會，但是他們拒絕相信收割者存在的事實。他們把一切責任歸咎於死去的叛變幽靈——薩倫·阿特留斯以及他手下的人工智能種族桀斯。
薛帕德再次奉理事會之命，進入界神星係，處理桀斯危機。
這隻是一次普通的例行巡邏任務，就像兩個月之前那次試航任務一樣。情報指揮甲板裏衣服井然有序的樣子，所有人都在自己的崗位上忙碌著。諾曼底號剛剛進入了歐米茄星雲，這裏是混亂的界神星係的中心，是海盜、軍閥、雇傭兵的天堂，諾曼底號的每一個船員都繃緊了自己的神經。
“我們簡直是在浪費自己的時間。”導航員普萊斯利抱怨個不停，“在這裏花了整整四天時間卻連桀斯的飛船的尾燈都沒看見。”
“上個星期這裏有三艘飛船失蹤，一定發生了些什麼。”駕駛員joker分析著。
“我打賭是奴隸販子幹的，界神星係裏到處都是這些家夥的蹤跡。”普萊斯利看著界神星係的星圖。
“遠程掃描儀發現了一些東西，不明身份飛船，像是一艘巡洋艦。”副駕駛報告。
“與所有已知信號都不符合。”joker感到了一絲不安。
“巡洋艦正在改變航線，已進入截擊航線！”副駕駛發出緊急報告。
“不可能！隱形係統還在工作，桀斯不可能知道我們在這裏。”導航員普萊斯利感到不可思議。
“這不是桀斯！立刻準備進行機動規避！”joker拉響了警報。
但是為時已晚。巨型巡洋艦的離子束主炮朝諾曼底號打了過來，盡管已經進行了緊急機動規避，諾曼底號還是被擊中了。一個推進引擎被擊毀，船艙內開始起火爆炸。短路引發的電氣火災從機械室直接蔓延到了駕駛艙，導航員普萊斯利和副駕駛在這第一輪攻擊之中就失去了生命。