在確信如果彈道導彈能夠用於對水麵目標打擊則可以獲得更高的可支持性之後，我們後麵的探索證明應該可能是有意義的。下一個問題是，彈道導彈是否可以擊中處於運動中的水麵艦艇。對於這個問題，目前網絡以及其他媒體通常的看法是原本定位於打擊地麵固定目標的彈道導彈轉而用於打擊水麵活動目標，會極大地提升技術難度，而事實是對於彈道導彈，打擊地麵固定目標與打擊水麵目標，很難用簡單的難易來加以比較。首先，目前大、中型水麵艦艇的最大航速通常在30節左右，但與速度達數馬赫乃至十餘馬赫的彈道導彈相比，其機動力可以說很小，至少可以認為與用導彈打導彈的GMD計劃相比，彈道導彈對海打擊更為“理智”一些，而前者的開發已然取得了階段性的成果，或者說在基於打擊水麵目標而對彈道導彈進行的改進中所遇到的問題，大多數應該是具體細節技術的重組而不是整體技術水平的躍升。另外，與置身於陸上複雜地形甚至地下的“固定目標”相比，背景反差強烈的水麵目標顯然更加易於被定位。最後，與可以分散布置的地麵武器係統相比，水麵艦艇是一個集成度極高的物理平台，這意味著此類目標對打擊的承受能力要低於陸上武器係統——以一、兩枚常規裝藥的導彈去癱瘓一個空軍基地顯然是難以想象的，但假如同樣數量的火力被投送到一艘航母上，則可以很容易的使其喪失起降艦載機的能力。這裏要注意的是，由於後一條，所以從係統的角度看，如果技術上可以將彈道導彈用於對海攻擊，其效費比的問題並不是十分明顯。
在彈道導彈攻擊海上目標的過程中，首先要考慮的是如何對目標實施精確的偵察及定位，這是攻擊活動目標的前提條件。
目前，對海上目標進行偵察定位的主要手段包括：海洋監視衛星、電子偵察衛星、成像偵察衛星、岸基超視距雷達、水下聲呐基陣以及無人偵察機等。由於使用單一偵察手段不能滿足作戰要求，因此需要綜合利用以上各種偵察手段，做到實時、準確地對目標進行監測和定位。
與通常意義上的戰術彈道導彈相比，這一偵察、定位係統顯然顯得過於龐雜，而它的建立周期與所需資源也是巨大的——而從後麵的討論中，我們會發現從技術的角度看，這一體係的建立實際也是彈道導彈對海打擊係統工程中，最為關鍵的問題。但是需要注意的是這一係統應屬於整個海洋作戰大係統中的一項“公共投資”，換句話說，即便不去開發彈道導彈對海打擊係統，也仍然需要建立這樣的一套體係，無論是飛機、巡航導彈、潛艇或是其他火力投送平台，這一環節都是必不可少的。彈道導彈係統的加入僅僅是可能需要在其中加裝或改變若幹接口係統，這對其整體效費比並沒有太大的影響。