全國範圍的土地改革完成後，農村經濟出現了欣欣向榮的景象。但是農業生產受到了個體經濟的極大限製，因為小農經濟分散落後，工具簡陋，增產緩慢，難以抗災。這就使不穩固的小農經濟時刻有向兩極分化轉化的可能，並且當時兩極分化已有發生和發展。一些富裕中農力求變為富農，一些貧農因各種原因而出賣土地重新成為雇農。
麵對生產力與生產關係新的矛盾的出現，客觀要求必須及時調整生產關係，否則農村生產力就難以進一步發展。為此，中國共產黨及時號召農民組織起來，並於1951年9月，召開全國第一次農業互助合作會議，1953年年底又發布了《中共中央關於發展農業生產合作社的決議》。在這個決議的指導下，中國農村的互助合作運動蓬勃開展起來。在這一運動中，國家按照積極領導、穩步前進的方針，以及自願互利、典型示範和國家幫助的原則，引導農民自願聯合起來。並且創造了經過社會主義萌芽性質的互助組，再到半社會主義性質的初級農業生產合作社，再到社會主義性質的高級農業合作社，由低級到高級逐步過渡的形式，引導農民逐步擺脫私有製。這種變革既使農民願意接受，又避免了農業生產力受到破壞和損失。到1956年底，入合作社農戶達1.17億戶，占全國總農戶的96.3%，其中參加高級社的占87.8%，基本上實現了農業合作化。從1953年起，國家開始實施國民經濟發展的第一個五年計劃，這標誌著國家工業化的起步。此後的幾個五年計劃，受政治幹擾，曆經曲折，但還是堅持在國家工業化戰略總體目標下探索解決農民問題。這推動了農業生產的發展，農民收入增加，以甘肅為例，1952年，甘肅農民人均純收入為66.77元，比1949年的55.34元，增長20.65%，年平均遞增6.45%，到1957年甘肅農民人均純收入達92.71元。朱文興，白明.西部大開發—農業.農村.農民［M］.北京：經濟管理出版社，2002年，第226頁.
農業合作化運動“使中國廣大農民群眾徹底擺脫了小塊土地私有製的束縛，走上了合作經濟的廣闊發展道路，開創了建設社會主義農村的新時代”具有偉大的曆史意義。首先，農業合作化把汪洋大海般的小農個體經濟改造為社會主義集體經濟，實現了土地公有，避免了兩極分化。其次，農業合作化運動興修了許多水利工程，進行了大規模農田基本建設，增強了抵禦自然災害的能力，推動了農業生產的發展。再次農業合作社在促進生產力發展基礎上改善了農民生活，進一步鞏固了工農聯盟。
第二階段，從農業合作化完成到十一屆三中全會的召開（1957年—1978年），在“左”的思想指導下，中國農村在這個時期逐步形成了高度集中的農村經濟管理體製——“人民公社製”。
1958年人民公社化後的20年間，中國農村經濟服務於工業化建設，走過了曲折的路程。在這一過程中，農民群眾雖然付出了極大的艱辛，但農村經濟發展緩慢，且多數地方沒有擺脫貧窮落後的麵貌，農民生活水平沒有得到應有的提高。到1978年還有2億多農民沒有解決溫飽問題。造成這種局麵其原因是多方麵的，除了曆史方麵的、自然條件方麵的問題外，主要是農村人民公社體製以及與之相聯係的政策方麵的因素。以政社合一，“三級所有，隊為基礎”統一經營，按工分分配為特征的人民公社，通過行政性的積累和投資體製，進行農田水利等基本建設，興辦公用事業，使農民得到某些利益，在消除極端貧困現象方麵起了一定的作用。但是，這種體製政社不分，高度行政化，經營管理過於集中，排斥市場機製，農民缺少自主權，這種土地製度並不適合當時農村生產力的發展水平，更不適合農業生產的特點，片麵強調以糧為綱，取消農村集貿市場，取消家庭副業。在人民公社體製下，大規模的經營使農戶的勞動貢獻與所得報酬嚴重脫節，造成了貧富拉平、吃大鍋飯、多勞不能多得的結果。“幹與不幹一個樣，幹好幹壞一個樣，幹多幹少一個樣”，是當時的生動寫照。農民積極性沒有充分調動起來，致使農業生產下降，農民收入減少。到1961年，甘肅農民人均純收入僅為66.68元，分別比1956年和1957年下降41.76%和28.08%。朱文興，白明.西部大開發—農業.農村.農民［M］.北京：經濟管理出版社，2002年，第254頁.