各方麵對於我的批評我都完全接受，但是我也要表示，我願意隨著新中國的誕生，努力改造自己，作一個新的開始，使我能跟著你及中國共產黨，於新中國的建設中，盡一份力量。
……我計劃於五年之內，如政協共同綱領所指示的，以科學的曆史的觀點，將我在二十年前所寫的《中國哲學史》，重新寫過，作為一個新編。誠如你所說的，我們不但要知道中國的今天，還要知道中國的昨日。
我願以此項工作迎接將要來臨的文化高潮，並響應你的號召……
馮友蘭為什麼要寫信給毛澤東呢？
他晚年回憶道：“當時有許多人向毛澤東寫信表態，我也寫了一封。”
開國前後，毛澤東異常繁忙，但他還是很快給馮友蘭寫了回信：
友蘭先生：
10月5日來函已悉。我們是歡迎人們進步的，像你這樣的人，過去犯過錯誤，現在準備改正錯誤，如果能實踐，那是好的。也不必急於求效，可以慢慢地改，總以采取老實態度為宜。
此複。敬頌
教祺！
毛澤東
10月13日
馮友蘭後來回憶說，接到毛澤東回信，他有兩點很意外的感受：其一是，“我不料毛澤東的回信來得如此之快，並且信還是他親筆寫的，當時頗有意外之感”；其二是，“信中最重要的一句話‘總以采取老實態度為宜’，我不懂。而且心中有一點反感，我當時想，什麼是老實態度，我有什麼不老實”。多年後，馮友蘭反省道：“經過了30多年的鍛煉，我現在才開始懂得這句話了。”馮友蘭認識到掌握馬克思主義的立場、觀點、方法“談何容易”，至於要應用到哲學史的研究工作中“那就更困難”，要真正學習並應用馬克思主義，就必得“馬克思主義‘化’了才行”，“這樣的‘化’豈是三年五載的時間所能完成的？沒有這樣的程度，而要重新寫《中國哲學史》，那也不會新到哪裏，充其量也不過是用馬克思主義的字句生搬硬套而已”。於是，他終於認識到：1949年給毛澤東信中所說的“要用馬克思主義的立場、觀點、方法，在五年之內重寫一部中國哲學史，這話真是膚淺之至，幼稚至極”，“明眼人一看就知道是大話、空話、假話。誇誇其談，沒有實際的內容，這就是不老實態度”。
馮友蘭還進一步反思自己走過的曆程，認為：如果我從解放以來，能夠一貫采取老實態度，那就應該實事求是，不應該嘩眾取寵。寫文章隻能寫我實際見到的，說話隻能說我所想說的。改造或進步，有一點是一點，沒有就是沒有。如果這樣，“就可能不會犯在批林批孔時期所犯的那種錯誤”。
毛澤東多次接見和鼓勵馮友蘭
1956年1月14日，黨中央召開了關於知識分子問題的會議。毛澤東在會上也號召團結知識分子“向科學進軍”，迅速趕上世界先進科學技術水平。為了繁榮和發展新中國的科學文化事業，1956年4月，毛澤東在中央擴大會議上提出了“百花齊放、百家爭鳴”的方針。中國的知識分子無不歡欣鼓舞，迎來了思想改造後的第一個春天。
馮友蘭作為黨外人士的大知識分子、全國政協委員，在這一時期應邀參加了一係列政治和學術活動，因而與毛澤東有了多次直接接觸和交談的機會。
1957年2月27日至3月1日，最高國務會議第十一次擴大會議在中南海懷仁堂召開，出席會議的各方麵人士共有1800多人。馮友蘭作為全國政協委員列席了這次會議。毛澤東在27日下午的會上，以“如何處理人民內部的矛盾”為題發表講話。講話分12個問題，從下午3點一直講到晚上7點，他談笑風生，講得深入淺出，講出了許多新觀點、新思想，深深打動了在場的每個人，會場氣氛非常活躍。
馮友蘭親耳聆聽了毛澤東的精彩報告，這使他不禁聯想起“談笑間，檣櫓灰飛煙滅”、“指揮若定失蕭曹”的詩詞名句中的周瑜和諸葛亮。馮友蘭充滿欽佩地說：“當然，毛主席的講話是心懷全國，眼觀全球，迥非周瑜、諸葛亮可比。但他確實是在談笑之間，指揮若定，雖然擔負著全國的革命重擔，但又有舉重若輕、若無其事的氣象。”
1957年3月6日至13日，中共中央在北京召開了全國宣傳工作會議，研究思想動向和意識形態方麵的問題，認真貫徹“雙百”方針。馮友蘭出席了這次會議，又一次聆聽了毛澤東具體闡述知識分子和“雙百”方針等問題的重要講話。
3月11日晚，毛澤東邀請了包括馮友蘭在內的部分大學負責人在頤年堂座談。此前，馮友蘭發表了《論中國哲學遺產的繼承問題》一文，其中對孔子說的“學而時習之，不亦說乎”做了抽象意義和具體意義的新解，認為這句話的抽象意義可以繼承。座談會開始時，毛澤東一看到馮友蘭進來，就主動地和他打招呼，並說：“學而時習之，不亦說乎？”可見，毛澤東已經閱讀過他的文章。會上，毛澤東請馮友蘭發言。馮友蘭提出了一些關於中國哲學史方麵的問題，說：“照現在講法，有些很難講通。”毛澤東說：“那是簡單化了。不可以簡單化。”散會時，毛澤東拉著馮友蘭的手說：“好好地鳴吧，百家爭鳴，你就是一家嘛。你寫的東西我都看。”一番親切的話語，使馮友蘭深受鼓舞。