1957年4月11日，毛澤東在中南海頤年堂的家中請馮友蘭、金嶽霖、賀麟、鄭昕、胡繩、周穀城、王方名等吃午飯。馮友蘭後來回憶說，那天其他客人都先到了，隻有他遲到了。“毛澤東問我說：‘方才找你找不著，你是在上課吧？’我說：‘不是上課。今天是任銳同誌的周年，我上她的墓地掃墓去了。’毛澤東說：‘任銳同誌是孫維世的媽媽？’我說：‘是的。’”任銳早年參加革命，是馮友蘭妻子任載坤的二姐。後來胡繩也到了。毛澤東說：“你們都是打過筆仗的人。”毛澤東問鄭昕是哪一省的人，鄭昕說是安徽的。毛澤東說：“你們安徽出過曹操，曹操是個大人物，他比別人高明之處，在於他認識到糧食的重要。”在上飯的時候，毛澤東說：“我這飯叫四麵八方人馬飯，其中有各種米，還有許多豆類，人、馬都可以吃，所以叫人馬飯。”
馮友蘭後來評價說：“曹操注重糧食的生產，這是眾所周知的，可是把它歸結為一句話，以為這是曹操的特點，這是前人所沒有說過的。這是‘讀書得間’，對於研究曆史的人是一個啟發。”這是馮友蘭初次到毛澤東家吃飯，他感歎道：“毛主席的生活是簡樸的。當時中南海的其他地方，如懷仁堂之類，都經過改建，油漆一新。頤年堂還是很陳舊的樣子……他的起居飲食，看樣子也不過是像一個生活比較優裕的教授一樣，真是書生本色。”
1962年4月，政協全國委員會開大會，馮友蘭在會上就他寫《中國哲學史新編》做了一個發言。4月15日下午閉會時，毛澤東和中央全體領導同誌接見到會的委員，並在一起照相。馮友蘭恰好站在毛澤東、劉少奇和周恩來的座位後麵。毛澤東就座時，看見馮友蘭就拉著他的手說：“你的身體比我的身體好。”馮友蘭說：“主席比我大。”毛澤東說：“不行了，我已經露了老態。”
毛澤東又問了一遍《中國哲學史新編》進展的情況，並說：“你的中國哲學史寫完以後，還要寫一部西方哲學史吧？”馮友蘭說：“我隻能寫中國的，寫西方哲學史的任務已經派給別人了。”毛澤東說：“對於孔子，你和郭沫若是一派。”說到這裏，劉少奇插話說：“你的發言很好，言簡意賅。”周恩來也向毛澤東介紹說：“這一次開會，他是三代同堂：任芝銘任老是他的嶽父，孫維世是任老的外孫女，是第三代。”毛澤東點點頭。
這次會見，馮友蘭感覺很好，說：“在這一次談話中，無論是就談話的內容還是談話的態度來說，毛澤東都好像是對待多年不見的老朋友一樣。”因此，他回家後，情不自禁地賦詩一首：
懷仁堂後百花香，浩蕩春風感眾芳。
舊史新編勞詢問，發言短語謝平章。
一門親屬傳佳話，兩派史論待衡量。
不向尊前悲老大，願隨日月得餘光。
“文革”中毛澤東保護馮友蘭
1966年6月，史無前例的“文化大革命”爆發了。運動一開始，馮友蘭就被打成“資產階級反動學術權威”，成了“牛鬼蛇神”，被抄家，被關進“牛棚”。
然而，1968年11月18日，馮友蘭突然被釋放回家。馮友蘭很想知道為什麼如此寬大處理了自己？
後來有人悄悄告訴他說：“毛主席在一次中央的會上提到你和翦伯讚。毛主席說，‘北京大學有一個馮友蘭，是講唯心主義哲學的，我們隻懂得唯物主義，不懂得唯心主義，如果要想知道一點唯心主義，還得去找他。翦伯讚是講帝王將相的，我們要想知道點帝王將相的事，也得去找他。這些人都是有用的。對於知識分子，要尊重他們的人格。’”
回家後，馮友蘭給毛澤東寫了感謝信，又於12月26日毛澤東生日，作《蝶戀花·韶山頌》詞一首：
紅日當空耀奇彩，照遍全球，開創新時代。五洲萬國祝壽愷，長領革命向前邁。
辜負期望十九載，反動路線，罪行深如海。承蒙教育今又再，追隨正路永不怠。
1971年6月5日，謝靜宜到馮友蘭家。“毛主席叫她告訴我說，我給他的信他看見了，謝謝我。毛澤東並且派她向我問候。這使我很受感動。我寫了一封感謝信，還作了一首詩，托謝靜宜轉達。”這首詩是這樣寫的：
善救物者無棄物，善救人者無棄人。
為有東風著力勤，朽株也要綠成陰。
1972年8月，文芷來采訪馮友蘭後，寫成《“朽株也要綠成陰”——馮友蘭訪問記》，收入《中國知識分子近言錄》。
1973年，“批林批孔”運動開始後，馮友蘭心裏又暗自緊張起來，害怕自己這個“尊孔派”又要成為“眾矢之的”了。後來他又想，自己何必怕呢？隻要和群眾一道“批孔”，這不就沒有問題了嘛。在這種思想指導下，他寫了《對於孔子的批判和對於我過去的尊孔思想的自我批判》和《複古與反複古是兩條路線的鬥爭》兩篇文章。前文，是在北大哲學係全體師生大會上的發言；後文，是在北大老年教師“批林批孔”大會上的發言。這兩篇文章，在當時“批林批孔”的大背景下果然很受歡迎。
不久，馮友蘭這兩篇文章同時被刊於《北京大學學報》1973年第四期。接著，《光明日報》於12月3、4兩日，予以全文轉載，並特地加了“編者按”。再接著，《北京日報》也轉載了全文及“編者按”。後來，全國各大報刊都紛紛轉載，連馮友蘭自己也被弄糊塗了。