“擴權強縣”改革，推動了縣域經濟發展與行政管理體製改革穩步前進，但同時，在這一改革過程中，由於利益均衡、政策執行難等多方麵原因，“擴權強縣”改革又存在著一些亟待解決的問題，對於這些問題的分析和解決，有利於進一步推進“擴權強縣”改革向前發展。
其一，區縣政府發展能力有待提高。隨著擴權強縣改革政策的推廣，區縣級政府有了很大的自主權，財權、事權和人權相應的得到了下放。但是同時也帶來了挑戰。
如何確保權力的正確運用，是目前急需解決的一個問題。區縣級領導及工作人員需要抓緊學習，提高掌控權力、運用政策的能力。重慶市一次下放如此多的行政權力，區縣級領導及工作人員如何合理運用，是確保改革政策發揮積極作用的難題。所以，需要區縣級政府進行培訓，提高對權力掌控人科學運用權力、運用政策的能力，使之真正依法用權、行之有效。此外，還要加強對國家和市各項政策及政策載體的培訓，使之加深理解，充分運用。特別是要加強對國家和市政府將要出台政策的預判，超前作好安排，當政策出台後能及時分享。如今後國家將加大公共財政力度，對經濟相對落後的縣是一個機會；加大對循環經濟的支持力度，這對資源型縣是一個機會。而這些機會區縣級政府能否把握住，成為縣域經濟發展一個契機，關鍵取決於區縣政府對待發展的能力。
其二，區縣政府權力監督機製有待健全。在目前城市發展和城市化進程快速推進的強勁勢頭下，各級各類城鎮都充斥著“開發熱”和“建設熱”，對於擴權後的縣級來說，建設的熱潮更是空前高漲，這很可能會忽視城鎮與區域之間的功能協調，忽視產業人口、環境與城鎮開發之間的容量協調，忽視基礎設施建設標準、時序和空間利用的協調，形成縣域開發的“遍地開花”和“無序建設”的局麵。縣級發展的自主權加大，可能會出現“開發熱”、“建設熱”，從而導致各縣之間盲目攀比，重複建設和無序開發，這不僅會造成大量耕地流失，而且會嚴重削弱財政資金的使用效益。
其三，垂直部門肢解縣級權力。在我國現階段“條塊分割”的行政管理結構下，“三權（人權、財權、事權）在上”的垂直管理部門總是各項改革中的壁壘，而這些部門，如土地、金融、工商、稅務等垂直管理的部門又都對當地經濟發展具有舉足輕重的影響。在“擴權強縣”改革的推行過程中，“三權在上”垂直管理部門的權力“放得慢，收得快”，對權力下放的政策，合我意就執行，有損部門利益就不執行。
同時，這種垂直管理體係削弱了縣裏的權力，縣裏無法對其進行宏觀調控，一半以上的部門都歸上麵管，縣級權力被肢解了，失去了基本的宏觀調控的權力，擴權政策在這種既成的事實麵前顯得無能為力。
（第四節 完善重慶市直管區縣行政體製的思路
按照黨中央和國務院提出的我國行政管理體製改革的戰略要求，從進一步改革和完善的角度考慮，重慶市直管區縣的行政體製還需要在以下方麵加大探索的力度，爭取創造更好的經驗。
第一，整合政府職能，理順部門之間的職責。(1)以精簡、統一、效能為原則，實行“大局（委）製”。加強綜合管理部門和公共服務部門，合並職能交叉、業務相近和職能單一的機構，精兵簡政，優化結構，建設精幹高效的責任政府、法治政府、服務政府、效能政府。(2)按照權責一致的原則和“一件事情以一個部門管理為主”
的原則，及時調整和理順政府各部門的職責關係，合理劃分部門之間的職責分工，解決多頭管理、政出多門的問題。促使各部門各就其位、相互補位，做到既有分工、又有協作。(3)按照重點突破、循序漸進的原則，先易後難，確保改革平穩進行。(4)按照實事求是、從實際出發的原則，根據政府機構設置現狀和深化行政管理體製改革的要求，條件成熟一個調整一個。同時，區縣政府機構調整遵循決策、執行、監督相協調的要求，參照市級機構設置，但必須結合本地實際，可作必要的調整。
第二，科學合理劃分市與區縣的職責權限。以是否有利於發揮直轄市整體功能、輻射功能和統籌協調功能，是否有利於理順關係、調動市與區縣的積極性，是否有利於簡政放權、增強區縣統籌轄區經濟社會發展的能力為衡量標準，對中央文件或法律、法規明確規定由地（市）一級行使的權力，原則上全部賦予區縣；對市級部門自行上收的管理權限，要按照有利於區縣發展的原則下放區縣；對中央文件或法律、法規明確規定省一級行使的權力，也要堅持從實際出發，可對部分權限采取授權或委托的方式交由區縣管理，逐步建立起統一領導、分級管理、分級負責、權責一致、運轉協調的市與區縣行政管理體製。