9月27日，周恩來任政協全體會議主席之一，會議一致通過了《中國人民政治協商會議組織法》、《中央人民政府組織法》，以及國旗、國都、紀年、國歌的決議，會議決定：中華人民共和國國都定於北平，改名為北京；采用公元紀年；在國歌未正式製定前，以《義勇軍進行曲》為國歌；國旗為五星紅旗，象征中國革命人民大團結。9月29日，政協會議一致通過了《中國人民政治協商會議共同綱領》。
第一屆第一次全國政協會議正式會議隻開了十天，但卻肩負著成立新中國並組建第一屆中央人民政府的艱巨重任。9月30日中國人民政治協商會議第一屆第一次全體會議勝利閉幕。會議選舉產生了63人組成的中央人民政府委員會，180人組成的中國人民政治協商會議第一屆全國委員會。毛澤東為中華人民共和國中央人民政府委員會主席，朱德、劉少奇、宋慶齡、李濟深、張瀾、高崗六人當選為副主席。陳毅、賀龍、李立三、林伯渠、葉劍英、何香凝、林彪、彭德懷、劉伯承、吳玉章、徐向前、彭真、薄一波、聶榮臻、周恩來、董必武、賽福鼎、饒漱石、陳嘉庚、羅榮桓、鄧子恢、烏蘭夫、徐特立、蔡暢、劉格平、馬寅初、陳雲、康生、林楓、馬敘倫、郭沫若、張雲逸、鄧小平、高崇民、沈鈞儒、沈雁冰、陳叔通、司徒美堂、李錫九、黃炎培、蔡廷鍇、習仲勳、彭澤民、張治中、傅作義、李燭塵、李章達、章伯鈞、程潛、張奚若、陳銘樞、譚平山、張難先、柳亞子、張東蓀、龍雲，共56人當選為第一屆中央人民政府委員。
會議閉幕後，周恩來參加了下午6時在天安門廣場舉行的人民英雄紀念碑奠基儀式，並代表主席團在奠基式上致詞：“我們中國人民政治協商會議第一屆全體會議為號召人民紀念死者，鼓舞生者，特決定在中華人民共和國首都北京建立一個為國犧牲的人民英雄紀念碑。現在是1949年9月30日，我們全體代表在天安門外舉行這個紀念碑的奠基典禮。”在毛澤東宣讀碑文後，毛澤東、周恩來等一一為奠基碑鏟土。
10月1日下午2時，在中央人民政府委員會舉行的第一次會議上，中央人民政府主席、副主席和全體委員宣誓就職。周恩來被任命為中央人民政府政務院總理兼外交部部長，毛澤東被任命為中央人民政府人民革命軍事委員會主席，朱德被任命為人民解放軍總司令，沈鈞儒被任命為中央人民政府最高人民法院院長，羅榮桓被任命為中央人民政府最高人民檢察署檢察長，林伯渠被選舉為中央人民政府委員會秘書長。中央人民政府責成他們從速組織政府機構，執行政府各項工作。
10月1日下午3時，在天安門廣場舉行了開國大典，中華人民共和國從此誕生。
二、政務院的成立和內部機構設置
《共同綱領》和《中央人民政府組織法》為中央人民政府政務院的成立確立了基本原則和組織框架，但是政務院如何組建，領導幹部如何配備，大量工作人員從何而來，組建後如何開展工作，是一係列亟須解決的現實問題。建國之初，周恩來作為政務院總理，主持政務院全院事宜，具體領導了組建政務院的各項工作，親自設置了政務院下屬機構。
關於政務院下屬機構的設置，周恩來經過慎重考慮，經與毛澤東研究後決定：
首先將1948年組建的華北人民政府撤銷，以這個班底作為中央人民政府的基礎。參照華北政府的設置和行政管理經驗，擴建政務院各個部門，並從其他大行政區陸續抽調一部分得力的幹部來充實和加強政務院各部委。如東北區的李富春、高崗，西南區的鄧小平、賀龍，西北區的彭德懷、習仲勳，中南區的鄧子恢、李先念，華東區的陳毅、饒漱石、譚震林等，陸續調到政務院擔任各部門的領導工作。
關於政務院的組織結構和職權，周恩來在《關於政務院的成立和政府機關的組織與幹部問題》報告中明確指出：政務院由總理1人，副總理4人，秘書長1人和政務委員15人組成。政務院在中央人民政府領導之下進行國家事務工作。現在是戰爭時期，軍事方麵不屬於政務院而屬於人民革命軍事委員會。政務院作為國家管理機構的首腦部，包括很廣泛，不僅有它所屬的各部、會、院、署、行，還有指導各行政部門的三個指導委員會，另外還有人民監察委員會。按照《中央人民政府組織法》的規定，中央人民政府在政務院下設立了4個委員會和30個部、會、院、署、行的行政組織體係。4個委員會是：政治法律委員會、財政經濟委員會、文化教育委員會、人民監察委員會。對政務院下設的30個專管行政部門，周恩來曾專門解釋說：“這個數目看起來很不少。清朝隻有6個部，後來又分為8、9個部，北洋軍閥政府的國務院，也隻有8、9個部，但每個部下麵卻設有許多機關，有些機關連部長也管不了，直接由最高當局來指揮，造成官場上互相衝突、互相牽製的現象。這種情形，我們新中國是不允許的，所以政務院下設有30個單位。事實上蘇聯今天有60個部，比我們更多，當然我們也不是要模仿蘇聯，一切還是由本身的需要出發。”我們新中國第一屆政府“一共是30個單位，重點在於財政經濟，其次是文化教育”。