12月19日 周恩來主持政協第三屆全國委員會常委會第46次會議，對第四屆全國政協主席團、秘書長名單和會議議程、開會方法等問題作了說明。
12月20日 周恩來出席中共中央政治局常委擴大會議。會議主要討論農村社會主義教育運動、當前農村的主要矛盾等問題。
12月20日-1965年1月5日 周恩來出席政協第四屆全國委員會第一次會議，會上當選為政協第四屆全國委員會主席。
12月21日-1965年1月4日 周恩來出席第三屆全國人民代表大會第一次會議。會上作《政府工作報告》，會議決定周恩來繼續擔任國務院總理。
1965年
1月5日 周恩來在政協第四屆全國委員會第一次會議主席團第四次會議（擴大）上講話，講話提出政協在政府工作中的作用和機關要革命化。
2月15日 周恩來主持國務院第153次全體會議。在講話中指出：每搞一項工作，都要統一領導，各方協作。會議通過設立第二輕工業部，提請全國人大常委會審議決定。
2月22日 周恩來提出關於改進國務院外事辦公室工作的建議，對適當精簡機構，提高幹部質量做了具體指示。
3月18日 周恩來主持政協第四屆全國委員會常務委員會第一次會議。他指出：要做到實事求是，主張政協領導人不宜兼職過多。
8月23日 周恩來主持國務院第158次全體會議。他指出：備戰、備荒，落實到為人民，要依靠人民，為人民是最基本觀念。會議同意召開西藏自治區第一屆人民代表大會第一次會議，正式成立西藏自治區，並提請全國人大常委會審議。
9月18日-10月12日 周恩來出席中共中央工作會議。會議討論通過了“以國防建設第一，加速三線建設，逐步改變工業布局”的第三個五年計劃方針。
10月24日 周恩來出席政協第四屆全國委員會常務委員會第三次會議。和宋慶齡等被推選為孫中山誕辰一百周年紀念籌備委員會副主任。
1966年
1月6日 周恩來就公安警衛和機要保密工作指出：保衛工作要講黨委領導、群眾路線，反對垂直領導、神秘化；機要保密工作要講原則，要有製度，保密也不要神秘化。
1月16日 周恩來在全軍政治工作會議上作報告，闡述當前國際形勢和國內備戰、備荒、為人民的問題。
5月4日-26日 周恩來出席由劉少奇主持的中央政治局擴大會議。會議通過了《中國共產黨中央委員會通知》（即《五一六通知》）。
5月26日 周恩來參加由葉劍英主持的首都工作組第一次全體會議，研究和決定首都工作組的任務、組織、當前工作安排、工作方法以及增強首都警衛力量等問題。
6月3日 周恩來參加劉少奇主持的中央政治局常委擴大會議，會議製定了內外有別，注意保密等八條規定。會議還決定派工作組到大中學校協助領導“文化大革命”。
7月7日、8日 周恩來聽取國務院各口“文化大革命”情況的彙報，他在會上指出：“三線”建設與一線，二線不同，不能受“文化大革命”的影響。
7月24日 周恩來參加毛澤東召集的中共中央政治局常委和中央文革小組成員會議。
7月29日 周恩來出席北京大中專院校師生文化革命積極分子大會（又稱萬人大會）。會上，周恩來談了工作組撤出後學校中的“文化大革命”的機構問題。
8月1日 周恩來在八屆十一中全會上發言，談了四年來的經驗和自己對這次“文化大革命”的認識。
8月3日 周恩來主持中共八屆十一中全會全體會議，全會通過根據毛澤東的意見製定的《關於無產階級文化大革命的決定》（簡稱《十六條》）。
8月12日 周恩來出席林彪主持的中共八屆十一中全會閉幕會。會議改組了中央領導機構，決定增補政治局委員、候補委員；改組了中共中央書記處。
8月26日 周恩來出席北京市大中學校紅衛兵聯絡總站成立大會。在會上他講話指出：應該成立總的聯絡站，各區成立分站。聯絡站的主要任務是幫助和保護紅衛兵，宣傳、解釋黨的政策。
9月2日 周恩來起草《有關紅衛兵的幾點意見》（未定稿），對紅衛兵運動提出十條要求。
同日 中共中央批轉公安部黨組根據周恩來的意見製定的《關於在無產階級文化大革命中公安機關和群眾關係的四個問題》。
9月4日 周恩來主持中央碰頭會，研究擬給新疆維吾爾自治區黨委並告西北局的兩個特急電。