9月5日 周恩來修改中央碰頭會討論過的《關於黨政幹部任免審批手續的暫行規定》，並報送毛澤東審閱。
9月8日 周恩來召集中央碰頭會，討論通過中共中央《關於縣以下農村文化大革命的規定》。
9月22日 周恩來召集國務院各口、各部委黨組成員會議。在會上他提出：幹部要經得起考驗，要清醒，不要怕“炮轟”，要敢於承擔責任，接受委屈。
10月28日 周恩來在中央工作會議全體大會上講話，對紅衛兵等問題的一些具體政策規定作了解釋。
11月15日 周恩來到毛澤東處開會，談“文化大革命”中的檔案材料處理問題。
11月19日 周恩來工交座談會並講話。會議根據周恩來多次講話和意見，由穀牧起草出《工交企業進行文化大革命的若幹規定》（又稱《十五條》）。
12月1日 周恩來審閱中共中央、國務院《關於大中學校革命師生進行革命串連問題的補充通知》，並送毛澤東閱批。
12月15日 周恩來參加林彪主持的中央政治局擴大會議。會議通過中央文革小組起草的《關於農村無產階級文化大革命的指示（草案）》。
1967年
1月11日 周恩來參加中共中央政治局會議，會議通過《中共中央關於反對經濟主義的通知》等五個文件；決定徐向前任全軍文革小組組長。
1月13日 周恩來出席中共中央政治局會議。會議通過《關於在無產階級文化大革命中加強公安工作的若幹規定》（即《公安六條》）。
1月28日 周恩來主持中央政治局常委、中央文革小組成員碰頭會，討論中央軍委“八條命令”稿。同日 中央軍委頒發八條命令。
2月2日 周恩來召集副總理開辦公會，商議為中共中央、國務院起草的《關於革命師生和紅衛兵進行步行串連問題的通知》。會後，將通知送中央文革小組和毛澤東審批。
2月10日 周恩來召集有中央黨、政、軍負責人及中央文革小組成員參加的碰頭會，討論並通過了中央軍委《關於軍以上領導機關文化大革命的幾項規定》。
2月18日 周恩來接見財貿口司局長以上幹部，他提出：奪權發生了偏差，我們要糾正。奪權隻能奪“文化大革命”的領導權，中央的權、黨的領導權不能奪，政府的財經、公安、外交、國防大權不能奪。
2月22日 周恩來審改中共中央關於中央軍委“八條命令”補充說明的《通知》。
3月28日 周恩來在懷仁堂召集會議，主要討論了關於軍隊支左、支農、支工、軍管、軍訓等問題。
6月5日 周恩來召集擴大的中央常委碰頭會，討論中共中央、國務院、中央軍委、中央文革小組通令（草稿），《中共中央關於“抓叛徒”問題的通知（二稿）》等文件。
7月10日 周恩來在聽取廣東問題彙報時指出：要搞大聯合。談到香港問題時說：香港不同於澳門，在香港動武不符合我們現在的方針。
9月3日 周恩來召開中央文革碰頭會，討論通過《關於不準搶奪人民解放軍武器、裝備和各種軍用物資的命令》。
12月9日 周恩來召開中央文革小組碰頭會，討論《關於公安機關實行軍管的決定》等文件。
1968年
1月11日 周恩來審改中共中央、國務院、中央軍委、中央文革小組對全國各鐵路局達成革命大聯合協議的通知。
3月6日 周恩來審閱河北省革命委員會關於設置工作機構的報告。報告經毛澤東批準後，周恩來為中共中央、國務院、中央軍委、中央文革小組草擬了轉發批語。
7月17日 周恩來到毛澤東處開會。毛澤東指示中央文革碰頭會討論國際形勢、國內形勢、九大和八屆十二中全會等四個問題。
10月13日 周恩來在中共八屆擴大的十二中全會開幕式上宣布全會議程：（一）九大準備工作。（二）修改黨章。（三）國內外形勢。（四）劉少奇專案審查報告。
12月26日 周恩來簽發中共中央、中央文革小組《關於對敵鬥爭中應該注意掌握政策的通知》。
1969年
2月1日 周恩來參加中央文革碰頭會，討論九大的準備工作。會後，起草《中央文革碰頭會為九大進行準備工作的議程》（草案）。
3月9日 周恩來主持召開有各省、市、自治區，各大軍區負責人參加的九大準備工作會議第一次全體會議，宣布準備工作會議的分組名單和任務。
4月1日 周恩來就九大開幕式上主席台的人選致信毛澤東、林彪。同日 中國共產黨第九次全國代表大會在北京開幕，周恩來被選為大會秘書長。