目前科索沃有兩所大學——普裏什蒂納大學和米特羅維察大學。兩者中要算1970年成立的普裏什蒂納大學規模更大，曆史更久遠，直到1991年這所大學都采用阿爾巴尼亞語和塞爾維亞語授課。1991年這所大學所有的高級職位都被塞爾維亞族人占據。阿爾巴尼亞族人在最短的時間內被驅逐出這所大學；與此同時，在國家承認的由塞爾維亞族人統治的普裏什蒂納大學之外，一所阿爾巴尼亞語大學秘密投入運營。1999年戰爭結束後，普裏什蒂納大學處於十分糟糕的狀態。
2002—2003年度普裏什蒂納大學有15個係和7個高級學院，共有23175名在校生和952名教師，其中615名為全職教師。科索沃在校學生數目占總人口數的比例與該地區其他國家相比——阿爾巴尼亞除外——明顯偏低。在科索沃，每100000居民中有1053名大學生，馬其頓為1350名，克羅地亞2641名，斯洛文尼亞4243名。
戰前普裏什蒂納大學的框架條件已屬困難，水平也較低，這在戰後也成為普裏什蒂納大學的主要特征。聯合國科索沃臨時行政當局特派團起初不得不接受其舊有結構，直到2000年1月才能夠為其注入新的活力。適應和接受歐洲高等教育基本原則和管理的過程尤其困難。盡管如此，該校還是有所進步的。比如博洛尼亞原則已經被完全接受，法學大學課程完成了改革，新成立了社會科學院。但在普裏什蒂納大學很多領域的日常工作中還存在有賄賂、腐敗和管理混亂的現象，所以要使這所大學成為符合歐洲標準的大學，必須要進行進一步的改革。
普裏什蒂納大學拒絕接受塞爾維亞語為授課語言，這一結果導致人們不得不在該市主要使用塞爾維亞語的區域米特羅維察另外建立一所大學。位於米特羅維察的這所大學是由聯合國科索沃臨時行政當局特派團2002年2月用國際援助在普裏什蒂納大學采礦係的舊址上建立起來的。這所學校與普裏什蒂納大學幾乎沒有共同點。盡管最初該校尋求與聯合國科索沃臨時行政當局特派團進行密切合作並且希望不要把米特羅維察大學視為塞爾維亞族管理的眾多平行機構之一，國際管理部門在校長高耶克·薩維奇（Gojko Savic）取得了一些進步之後就退居二線了。塞爾維亞在2003年12月大選之後組建了新的政府，塞爾維亞女教育部長利耶爾雅娜·克裏奇（Ljilja Colic’）於2004年4月23日撤去了極富合作精神的高耶克·薩維奇而任命拉蒂沃耶·帕波維奇（Radivoje Papovic’）為該校新任校長。帕波維奇曾是米洛舍維奇“塞爾維亞社會黨”的骨幹，1991年至1999年擔任普裏什蒂納大學校長。在他任職期間阿爾巴尼亞族人被驅逐，該校出現了持續的塞族化。對帕波維奇的任命受到了聯合國科索沃臨時行政當局特派團方麵的強烈批評，特派團取消了對該大學的承認。此外，歐洲大學聯合會（European Universities Association，即EUA）和歐盟TEMPUS項目也將該校除名。新校長帕波維奇領導下的這所學校是完全獨立於科索沃機構和聯合國科索沃臨時行政當局特派團之外、明確倒向塞爾維亞的教育機構。學校的運營也依靠塞爾維亞方麵的資金。