同從前一樣，最為緊迫的問題之一還是塞爾維亞族人平行教育機構的問題。科索沃塞爾維亞族人和阿爾巴尼亞族人之間深刻的互不信任在教育領域導致了完全相悖的發展，兩個平行體係之間既沒有合作也沒有信息交流。科索沃各學校出具的成績單或者畢業證書都不被塞爾維亞族的學校承認，反之亦然。但塞爾維亞族教育機構的平行管理也要歸咎於科索沃塞爾維亞族人缺乏融入科索沃機構的可能途徑。
科索沃塞爾維亞族地區和飛地中的所有學校都教授塞爾維亞教育和體育部規定的課程（也就是說課本來自塞爾維亞，成績單用塞爾維亞語出具）。塞爾維亞族教師的工資既來源於科索沃教育、科學和技術部，也來源於塞爾維亞教育部提供的資金。具體來說，米特羅維察市塞爾維亞族區的教師從聯合國科索沃臨時行政當局特派團的資金和科索沃的固定預算中拿到的平均工資是156歐元，此外他們還能從塞爾維亞教育部得到290歐元的補貼。這一補貼是米洛舍維奇在1999年戰後引入的，被稱為“科索沃補貼”（kosovski dodatak），其作用是促使科索沃塞爾維亞族人留在科索沃。北米特羅維察大學的教職工在校長帕波維奇就任之前也享受這一補貼，因此他們的收入明顯高於普裏什蒂納大學教員的收入。在科索沃北部的塞爾維亞族地區總共有815名從事高等教育的人員，649名初級和二級教育機構的人員從塞爾維亞的預算中領取薪金。
重要的教育指標在不同人群中存在重大差異。科索沃塞族人的文盲率為1%（男性）和4%（女性），而科索沃阿族人的文盲率為3%（男性）和9%（女性）。在羅姆族人、阿希卡利人和埃及裔人當中，文盲率為8%（男性）和25%（女性）。平均受教育年數也有著明顯的民族差異：科索沃阿族人平均在學校就讀9.33年，塞族人10.61年，少數民族羅姆族人、阿希卡利人和埃及裔人隻有6.89年。
教育領域的另一個重大問題是年輕人結束培訓後事實上很少有機會擠進勞動力市場。科索沃每年有大約40000人離開學校進入勞動力市場。青年失業者數目尤其巨大。根據聯合國開發計劃署公布的官方數據，在15至24歲的年輕人當中，有63%的人失業，而實際未被掌握的真實數字應該比這個數字還要高得多。15至19歲的年輕人的失業率高達85%，這一數字還在急劇升高。年輕女性的就業狀況更為糟糕，官方數據表明她們中的2/3處於失業狀態。青年人中的高失業率導致越來越多有深造意願的和相對受過較好教育的年輕人流入歐盟國家。
教育領域中的腐敗也是個大問題。總是有信息表明，中小學和大學的入學許可被人操縱，成績、畢業證或者有素質的教師被錢財收買。普裏什蒂納大學裏不斷出現關於對女學生性騷擾的報告。在校舍建設、教學材料購置和外國資助的教學項目當中常常會出現資金管理不善和資金挪用的現象。由於教育領域的管轄權已經移交給科索沃臨時自治機構，聯合國科索沃臨時行政當局特派團自2002年起在打擊教育領域腐敗方麵的能力十分有限。應提及的是，聯合國科索沃臨時行政當局特派團對教職人員外快收入的態度助長了教育界的腐敗風。
教師培訓方麵也存在有很大困難。教師們大多秉承了傳統的重複性、以教師為中心的權威式教學風格。與課程本身相關的還有教材的問題，這些教材中有一部分已經過於陳舊而且並不專業，還帶有以前社會主義的色彩。此外，力求曆史課程客觀化的意識較為薄弱。曆史課上總會一如既往地把本“民族”理想化，曆史事件往往經過了人為選擇和人為改動，其基礎是本民族的傳奇（如塞爾維亞族的阿姆斯費爾德傳奇或者科索沃阿爾巴尼亞族的斯肯德貝克）。教育領域的這一“嚴重的意識形態導向”明顯影響了科索沃及其周邊地區戰勝過去和民族和解的進程。
如果我們把科索沃的教育體製放在一個更為寬泛的層麵上去看，那麼我們就可以發現教育領域進步緩慢的原因以及“軟件領域”的典型因素：這些因素是勞動力密集型的；它們占用了大部分預算並且人員支出的剛性很大；教育領域內實施的各項改革和措施的作用通常隻能從中長期的角度進行評價；另外教育領域對短期項目來說有極大的吸引力，對長期項目來說這種吸引力就明顯小得多。