為了報複，瑪麗決定與博斯威爾伯爵結成政治上的聯盟，以對付他丈夫達恩利的蓄意挑釁。
不久，與女王分居的達恩利染上了天花。為了表示夫妻的情分，她不僅派禦醫為他診治，還將他接回愛丁堡休養，並將他安置在城外一處荒僻的別墅裏。每當公餘之暇，女王還親自去他的別墅探望，似乎還表達了百般的情愛。
一星期後的一個夜晚，突然一聲驚天動地的巨響，清晨，人們發現達恩利的別墅已成為一片瓦礫，而主人的屍體卻完整無損地躺在近處的一棵樹下。這說明達恩利事先有所警覺，企圖在爆炸前逃開，但隻走了幾步，便陳屍在花園裏了，屍體完好，仿佛被窒息而死。這一暴行的發生，人們自然將懷疑的目光射向瑪麗和她的情人博斯威爾身上。事隔不久，瑪麗便和博斯威爾舉行了婚禮。
誰是凶手？為什麼迫不及待地趁達恩利病危之機痛下殺手？至今仍是一個不解之謎。然而，瑪麗縱然有一千張能言善辯的利嘴，也澄清不了這個也許不應由她承擔的罪責。
達恩利公爵被殺死後不久，蘇格蘭的新教徒乘機起兵反對瑪麗，蘇格蘭女王兵敗卡伯裏，被俘後遭到監禁和廢黜。蘇格蘭人把瑪麗1歲的兒子立為國王，是為“詹姆斯六世”。
1568年5月，瑪麗逃到英格蘭求助於表姐伊麗莎白。在伊麗莎白一世看來，這個癡情的表妹算是自投羅網了。原來，自從德國教士馬丁·路德發動宗教改革之後，一種新的基督教信仰—新教誕生。新教和天主教之間的血腥衝突綿延不斷，歐洲的所有大國和廣大民眾都深受牽連。
伊麗莎白的父親亨利八世因為與教皇有著個人恩怨，斷然地自立新教，同維護天主教的羅馬教廷斷絕一切關係。與此同時，由他任命的坎特伯雷大主教克蘭默宦布，亨利八世與他信仰天主教的妻子—凱瑟琳王後的婚姻無效，轉而與信仰新教的王後侍女安妮，波琳結婚。安妮·波琳加冕之時，已經懷有身孕，作為報複，羅馬教皇則宣布開除了亨利八世的教籍。
在天主教的眼裏，伊麗莎白是個不合法的繼承者。其父亨利八世與安妮·波琳結婚僅三個月就生了伊麗莎白，她最多不過是亨利八世的私生女。而且，人們有充分的理由懷疑她血統的純正性。更重要的是，亨利八世與前皇後的離婚以及與安妮，波琳的結婚，都沒有得到教皇的同意。而且不久之後，她的母親安妮又因不貞與失節，被亨利八世處死。因此，羅馬教皇和所有天主教國家都否認伊麗莎白繼承千位的合法性，必欲顛覆之而後快。
恰巧相反，這個自投羅網的瑪麗，竟是個狂熱的天主教徒。從血統上看，她是英王亨利七世的曾外孫，是受到羅馬教皇和所有天主教國家支持的英國王位的合法繼承人。她是伊麗莎白王位的潛在威脅和公開對手。
更使伊麗莎白不快的是，瑪麗生有一個兒子，王位後繼有人，而自己卻至今未嫁。按照英國的王位繼承法，即便是瑪麗無所作為，伊麗莎白死後，王位也必將由瑪麗繼承。更為可怕的是，瑪麗的到來，將會給已經被鎮壓下去的天主教徒帶來複辟的希望。
思之再三，伊麗莎白決定將這位自投羅網的表妹軟禁起來。這一軟禁就是18年。
是陷阱，還是罪有應得？
瑪麗的到來果然給英格蘭帶來了軒然大波。
1569年，英格蘭北部的兩位伯爵聯手圖謀將瑪麗救出，以取代伊麗莎白出任英格蘭國王。但他們的軍隊根本就不堪一擊。
兩年後，女王的情報人員又破獲了一起“裏多爾菲陰謀”，這跟瑪麗也或多或少有著某種聯係。
特別是1580年，教皇格列高利十世宣布把異教徒從世界上清除出去不算罪惡之後，暗殺伊麗莎白的陰謀陡然地多了起來。
此時的瑪麗，表麵上整天裏以繡花、養狗、玩鳥打發日子，但實際上並沒有擺脫天主教派反對新教派統治的一係列陰謀的政治漩渦。英國的天主教徒把複辟的希望寄托在刺殺伊麗莎白，扶助瑪麗登基的陰謀得逞上。據說，英王的反間諜機構的首腦沃爾辛安著手布置了一個陷阱，蓄意讓瑪麗卷入一起企圖謀殺伊麗莎白的陰謀案件中。他們利用每周向軟禁瑪麗的城堡送啤酒的機會，將秘密信件用防水紙包裹嚴實後，置入啤酒桶內運送到瑪麗的住所。愚蠢而輕信的瑪麗果然中計，她又以同樣的方式將回信送出城堡。這樣，英王的間諜機構很快得到了瑪麗參與複辟陰謀的密信。信上這樣說：找六位先生開始動手。