襄陽獻炮和揚州總管
《馬可·波羅遊記》中最大的疑點是“襄陽獻炮謝”和“揚州總管說”。
馬可·波羅在《馬可·波羅遊記》中寫道：蒙古大軍攻打軍事重鎮襄陽城，但遭到強烈抵抗，因而久攻不下。馬可·波羅便獻計說：有一種武器，威力非凡，裝置好後，可向城上守軍發射大石。蒙古軍采用了他的建議，製造了這種“拋石機”，結果一舉拿下了襄陽城。
這件事在中國《元史》和波斯的《史集》中都有記載，但提議使用這種新式武器的不是馬可，而是一位從波斯來的回回人亦思馬因，此炮也因此而被稱為“回回炮”。
我們到底該相信《元史》和《史集》呢？還是該相信《馬可·波羅遊記》呢？答案肯定是前者。
又，據曆史記載，攻襄陽城的時間是1273年，而馬可·波羅到達中國的時間是1275年，他怎麼可能提前兩年向元朝獻炮呢？《馬可·波羅遊記》的記載顯然失實。這就引出了一個問題，《馬可·波羅遊記》的可信程度到底有多大？
馬可·波羅在《馬可·波羅遊記》中還說，他曾接受大汗的任命，官位是總管，治理揚州三年。此事也不足為信。著名的《馬可·波羅遊記》注釋家玉耳也說：“揚州居帝國中心，地位重要，而且純為漢人城市，馬可·波羅竟治此城三年，而不懂漢語，簡直是不可能的。”而且，“其時馬可·波羅不過23歲，到中國才兩年，絕不可能出任這樣高位的行政長官”。再說，揚州為十二省城之一，是元朝的大都會，總管是級別很高的行政長官，擔任職務三年，時間不可謂短，可是，在浩如煙海的元代史料及《揚州方誌》中，卻找不到一條有關馬可·波羅當揚州總管的記載，這也是不可想象的事情。
元世祖二年規定：“以蒙古人任各路達魯花赤（最高長官），漢人充總管，回回人充同知，永為定製。”這個規定已經非常清楚，揚州總管的重任不可能落在馬可·波羅這樣一個洋人肩上。
是否來華，觀點各異
除了上述兩點之外，人們還懷疑：
1.17年時間不可謂短，馬可·波羅卻把中國北方豐富多彩的景象，描寫成白茫茫的一片，而且對蒙古皇帝的家譜也不甚了解，說得極不準確。
2.中國極具特色的茶葉和漢字，還有四大發明之一的印刷術，當時歐洲人並不了解，作為一本搜奇誌異的旅遊書，對此卻隻字不提，也實在令人費解。
3.馬可·波羅對中國許多地名都使用了波斯叫法。因此，許多人認為，馬可·波羅並沒有到過中國，僅僅隻到過中亞的伊斯蘭國家，同許多曾到過中國的波斯商人和土耳其商人有過接觸，或是看過波斯人的《導遊手冊》，等等。就憑借著這些道聽途說的資料，他湊合成了嘩眾取寵的《馬可·波羅遊記》。可是，主張馬可來過中國的學者也證據確鑿。他們認為：
1.對於中國的某些城市和建築，馬可·波羅有相當準確而細致的描繪。如元大都的興建和建築格局，盧溝橋的建築工藝等，這些描述，如果不是親見親曆，是絕不可能憑借道聽途說寫就的。
2.《馬可·波羅遊記》中記載了至元十九年三月發生的刺殺奸臣阿合馬事件，如果他當時不是身在京城，他的描寫就不可能如此詳實和逼真，而且和史實基本相符。
3.雖說在史料中找不到馬可·波羅來華的直接證據，但《永樂大典·站赤》條中記載了至元二十七年八月尚書阿難答等上書，提到了“兀魯斛、阿必失嗬、火者取道馬八兒往阿魯渾大王位下”的事，此事也從《蒙古史》和波斯《史集》中找到了印證。有趣的是，《馬可·波羅遊記》中也記載了此事，而且二三位使者的名字都完全一致，這完全可以證明馬可·波羅當時確在現場。可不可能是馬可·波羅從《蒙古史》等書中轉錄出來的呢？不是。因為當時的他不可能看到這兩種由後人編寫、結集的史書。
以上兩種說法各執己見，都持之有據，輕易否定任何一方都是不可能的。於是就有了第三種說法：
馬可·波羅到了中國，但是隻到過北方，而沒有到過南方；他關於大都的描述準確而具體，而對於南方城市的描寫非但沒有細節，而且流於公式化。他在中國的17年，並沒有像他說的地位很高，而隻是一個向忽必烈提供歐洲故事的小人物。當然，他有可能從各種商人、旅行家、使臣口中聽到各種小道消息。
如果這種假說成立，那麼，馬可·波羅不遠萬裏，曆盡艱辛，畢竟到達了中國；而且是他，第一次向西方係統地介紹了東方。這是功不可沒的。他是西方探索東方的先行者，是世界上最偉大的旅行家和探險家之一。